BtaINT0129520 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000021339 | SCN8A
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10596]
Coordinates
chr5:28256627-28270758:-
Coord C1 exon
chr5:28270396-28270758
Coord A exon
chr5:28256760-28270395
Coord C2 exon
chr5:28256627-28256759
Length
13636 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAAA
5' ss Score
2.91
3' ss Seq
TTGTTTTCTTTTTTTTTAAGGCT
3' ss Score
9.69
Exon sequences
Seq C1 exon
TCACTGCTCAGCATTCCAGGCTCCCCATTCCTCTCCCGCCACAACAGCAAGAGCAGCATCTTCAGCTTCAGGGGGCCCGGGCGGTTCCGGGACCCGGGCTCGGAGAATGAGTTTGCAGACGACGAGCACAGCACGGTGGAGGAGAGCGAGGGCCGCCGGGACTCGCTCTTCATCCCCATCCGGGCGCGCGAGCGCCGCAGCAGCTACAGTGGCTACAGCGGCTACAGCCAGGGCAGCCGCTCTTCGCGCATCTTCCCCAGCCTGCGGCGCAGCGTCAAGCGCAACAGCACAGTGGACTGCAATGGCGTGGTGTCCCTCATCGGCGGCCCCGGCTCCCACATCAGCGGGCGTCTCCTGCCAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCTACAACTGAGGTGGAAATTAAGAAGAAAGGCCCTGGATCTCTCTTAGTTTCTATGGACCAACTGGCTTCCTATGGACGAAAGGACAGGATCAACAGTATATTGAGTGTTGTTACAAATACACTGGTGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000021339:ENSBTAT00000061543:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.397 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0310514=SPX=PD(28.9=46.3),PF119333=DUF3451=FE(52.6=100)
A:
NA
C2:
PF119333=DUF3451=PD(16.7=84.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]