MmuINT0139782 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000023033 | Scn8a
Description
sodium channel, voltage-gated, type VIII, alpha [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103169]
Coordinates
chr15:100814120-100832597:+
Coord C1 exon
chr15:100814120-100814476
Coord A exon
chr15:100814477-100832464
Coord C2 exon
chr15:100832465-100832597
Length
17988 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTGAAA
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2.91
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Exon sequences
Seq C1 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000023033-Scn8a:NM_011323:11
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.302 A=NA C2=0.016
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0310514=SPX=PD(27.7=44.5),PF119333=DUF3451=FE(52.0=100)
A:
NA
C2:
PF119333=DUF3451=PD(16.5=86.7)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: