RnoINT0169038 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004104 | Zkscan7
Description
zinc finger with KRAB and SCAN domains 7 [Source:RGD Symbol;Acc:1305242]
Coordinates
chr8:131940031-131950776:+
Coord C1 exon
chr8:131940031-131940124
Coord A exon
chr8:131940125-131947025
Coord C2 exon
chr8:131947026-131950776
Length
6901 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTAATG
5' ss Score
5.68
3' ss Seq
CTTACTTCTTTTGACAACAGGTA
3' ss Score
7.36
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGACTGCAGTGAACAAGGCCTGTATGCAGGAAAAGTGGAGTGTCCTGTGTGAGGCGGAGGTGGTGAGAGATGAGCACGGCCCGGCCTATCTGG
Seq A exon
GTAATGACTCCCAGTGACTAGCAGTCTGTCCTCTGCATCACATCCCCTGGATTCCTGTTTTGATTTGTTTTAACTTTTTATTATACATATTTGCAAACATGAAGTAGATGTGTATGATGAACCCCCCTGTACCTGTCACCCAGTTTAAAAATGATCATCATTTTCTTTATTTAATGACTGATCTAACTTGGGTTTTCTCAGCCATAAGAAAGAGTGCCTTAGGTTCTGGAAGTAAAGATCTTTGTGTTTGAGGACTTACACGAATGGTAACCCTGAACAGTTAGATTGGGTGGTGGGAAATGGTGGTCCGGGAGACAGAGCAGTCCAAGCACATGAGTTTTAAAATGTGACTGGACTGGCCAGGTGACTAACACGGACTGGCCACGTGACTAATGCAGCTGCACTCATCGTGTTTGTTTTCTGTGCCTTTCCTTCCACTAATACTCTTGAATTCTGAAACTGTCCCTATTGTAGCTTCTTCTCACCTCTGTTTGCAGTTCTCTTGTGTTTACTGCTCACCATAGCTTTGCCCGGCTCCATATCCATTCAGCTTTAGATCTTACAATTTTGGCCTGTTTTAGGGTCAGGATCTCTCTAGAAAGAACTCTGACCAAGACAATGATTAGTCTCTTCTGTGTTCTAGAAGTCTCTGGCCCAGGCCCCAACAGATGCTGATGACAAGCTGCAGATAGATAAGCTAGACTCGTCTTTCTTGTACCTGGCACAGATCTAATCACCTTTTACCTCCTGAGGCAAATTCCTTTCTATGAGATTCCCTTTGCAAGGCCTCAGACCCATACTGATTGATAAACTGAGGACAGTAGATAACTTAGAAGAGGGTGAACAAGAAAACTACTAAGTATTTTATAGTTTCATTTGTTAAGGATGTGTTGGCCTTGGCCTCATTGCAACATGGTTTAAAGGAACCAACATTTTGGTATTTGTTGGTAACCAGGAATGATTATGGCACAATTTCCCAGATGCTGCATTTGAATCTCCAAAACTACAGACCAGTGTTTAACTATTTGTTTTCTTTATTACTTGTAATTATTTAATTAAATTATTATTTAAGAGACAAGTTCACAAGGGCTTGCATTAAATTGTATTTCAAATCACTAGATTCTTTTAATTTTAGAACTGCCTTTGCCTAGTCCAGTATTCTAACTCTGATGTCCCCTTCAACACTGTTCTGAACCAATGTACATGCTCCCATGGCCACAGAACACAGATCCATCTGTGCTCGTCTCATAATGTCCACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCCGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCGGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCGGTCTGTGCTCAGCTCACACATATCACTCAAATCTCTCTGTGATCATCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGCGCTCAGCTCACACACGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGAACCATCTGTACTCAGCTCACACATGTCACACAGATCGGTCTGTGCTAAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGAACCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTCTCTGTACTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTTACACAAGCCACACAGAACCGTCTGTGCTCAGCTCAAAAATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCGGTCTGAGCTCAGCTCACATATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTCTCTGTGCTCATCTCACACTTGCCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCAAACACGCCACACAATTATGTCTGTGCTCAGCTCACACACACCACGCAGATTCATATGTGCACAGCTCACACATGCCACACAGATCCATCTGTGCTCAGGTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTAACACAGGTCCATCTGTGCTCAGTTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTACACAGATCTGTCTGTGCTCATCTCAAACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTCCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTCTGCTCATCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTTTACTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTTTACTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCATACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCATAATGTCACACAGATCCATCTGTTCTCAGCTCACACAACCACACAGATCGGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACTCAGATTTGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACACACATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACACACCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTCTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGAACCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATTTCTCTGTGCTCATCTCACACTTGCCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCATACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCTCATGTGTCACACAGACCCGTCTGTGTTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCATACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCTCACATGTCACACAGAACCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTCTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACATACATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTCTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACTCAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCATACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCATAATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACAACCACACAGATCGGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACTCAGATTTGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACACACATCCGTCTATGCTCAGCTCACACACACCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTCTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTATGCTCAGCTCACACACACCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCGGTGTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTCTCTGTGCTCATCTCACACATATCACACCGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTACACAGATCTGTCTGTGCTCATATCAAACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTCTGCTCATCTCACACGTCACACAGATCCGTCTGTGCTTTACTCACACTTGTCACACAGATCCGTCTGTGCTTTACTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGACCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCATCAGTGTTCAGCTCACACATGTCACACACATCCGTCTGTGCTTAGCTCACACATGTACACAGATCCATCTATGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACTTGTCACTCAGACCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCGCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATTCGTCTGTGCTCAGATCACACATGTCACTCAGACCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCATCAGTGTTCAGATCACACATGTCTCACACATCCGTCTGTGCTTAGCTCACACAGGTACACAGATCTGTCTATGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATTTGTCTTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACTTGTCACTCAGGCCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCATCTGTGCTCACCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAAATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGAGCCGTCGGTGCTCAGCTCATACATGTCACACAGATCTCTCTGTGTTCATCTCACACTTGCCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACACGCCACACAGATATGTCTGTGCTCAGCTCACACACACCACGCAGATTCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCATCTCCCACATGTCACTCAGATCTCTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATCCGTATGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGATCTCTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACAGAGATCCGTCTGTGCTCATCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTGAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGACCTCTCTGTGCTCCGCTCACACATGTCACACAGATCCGTCTGTGCTCATCTCACACTTGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCCATCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACTCAGACCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACACATCCGTCTGTGCTTAGTTCACACATGTGCACAGATCCGTCTATGCTAAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTTAGCTCACACATGTACACAGATCCGTCTATTCTCAGCTCACACATGCCACACAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACATGTCACACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCACACATGCCACAGAGATCCGTCTGTGCTCAGCTCACACTNAGTGCATTGTCACTCAGACCCCTCTGTGCTCACCTCATAATGTCACTCAGATCCGTGTGTGCTCAGCTCACACATATCATACAGATCTGTCTGTGCTCAGCTCATAATGCCACACAGATCAGACTGCTCGCCTCATACTGCATGTTCCCATTGCCATGTCACAAAGCTGAATCTCTGCTTGCCTCACATCATCACAGCACAAAGTCCTACCAGCTCACTGCCATTTTGCCTCCTTTATCTCTTACCTTCCTTTCCTCCCTGTCTCAGCTGAGTTCCTCTACTCTCTTCATAGGTGTTACTGTGTAGCTCTGTCTGGTCTAGAACTCTGTGTAGACAAGGCAGGCCTTGAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTCCTCTCAAGAGCCAAGATTCAAAGCACCACCACACATGGTCCAACATCTTTTTGGAGACATGTCATGGTTAGCCACTCACTAAGAAGACAGTTCCATGATGGCTCTGGAAGATGATATAACACCGTGCTACTAGCTCTGACTTTATAGTCTGTCTCCTACCTAGCTAGAATTAGCTCAGGTTTCCTCTGTCCTGCCTTTCCTCCCCATCCTCCTCTATGGACCATAGTCCTGGAGGAAAACAGGAACTTTCCTCTCCTTCTCAAATGTTGTTCCATTCCTTAACTATATAATATGACTTTTTTCAGCTACAAAGCAATAAATAAATAGAAAAAAATGTTTTCTTACTTCTTTTGACAACAG
Seq C2 exon
GTAAGAACAGGATGGGAAGTTCTGAGTACAGCCCCAAGCAGGGCATTTCTAAAGGATCACATTCACTTGACACATCCTCAGGAGGACTCTTTGGAGTGGCCCTGGTAGAACCAGAGTCTGGAGATATCTGTGAAGACCCTTTAGCACAGGTGGAAGGGTGTCCCTCAGATGAAGGCAGTGAACTAGAAAGTGATTTCCTGGAAAAGAATGATGAGAAAAATTCCACCAAAGACAGAATCGAGGACAGTAAAGATGTAAGGGAACGTCCAGAATCGCCCTCCAGTCCTGCTGAGCATCAGAGAGAAGCCAAGAGGCAGAATTCCTATCAATGTGATGAATGTGGCAAAATTTTTAACCGGAGCTCACACCTCCTTGGACATCGGAGAATCCACACTGGAGAGAGACCCTCTGAATGTAATGAGTGTGGGAAGACCTTCCTACAGACATCTCAGCTAATTGTTCACCTCAGAACACACACTCAGGAAAAACCTTATGAATGTCAAGAGTCTGGGAAGACTTATTGTCACAGTTCCCGTCTTATTCAACACCAGAGACTCCATAATGGGGAGAAACCTTATAAAGGTAATGAATGTGTAAAAGCTTCCATTCAGAGTTCCCAGCTCATAGACCACAAGGGAGCCCACGCTGCAGAGAAACCTAATGAGTCTGAAGAGGCATTCATTTGGAGCAAAAGTCTCCAACATCAGGTCCTTCATACCAGTAAGAAGCCCTATGAGTGTAATGAATGTGGGAAAGCCTTCTGTTCCAACAGAAATCTTACTGACCACCAGAGGATCCACACTGGGGAGAAGCCTTATGAGTGCATTGAGTGTGGCAAGGCCTTTAGTCGGAGTAAGTGTCTTACTCGACATCAGAGTCTCCACACTGGGGAAAAACCATACAAATGCAGTGAATGTGGGAAAGCCTTCAGTCAGAACTCTCAGCTCATTGACCATGAACGAATTCACACAGGTGAAAAGCCTTTCGAATGTAGTGAGTGTGGTAAGAAATTCAGTTTAAGTAAATGCCTTATTCGGCACCAGAGACTTCACACTGGAGAAAAGCCCTACAAATGCAGTGAGTGTGGAAAATCCTTCAATCAAAATTCTCACCTCATTATACACCAGAGAATTCACACTGGTGAGAAACCTTATGGATGTAATGAATGTGGGAAGGTCTTCAGTTATAGTTCTAGCCTTATGGTGCATCAGAGAACCCATACTGGTGAAAAGCCTTATAAATGTAAAGACTGCATGAAATCCTTTGGTGACAGTTCACAGCTTATTGTGCACCAGAGAGTTCACACTGGTGAGAAGCCTTATGAATGTATTGAATGTGGGAAAGCCTTTAGTCAGCGTTCCACCTTTAACCACCATCAGCGAACTCACAACGTGGAGAAGCCCTCAAGTCTGCTTCAGACAGTATCCTAAGGCATGGTTTCCTGGGACAGAGAATAATGAATTCTGACTTGGTTTGTTTAGACAAAGGAAGCCAGGCAGTGGTGGTGCATGTCTTTCTTCCCAGCACTTGAGAGGCAGGTGCAGAGAAACCTTGTCTTGAAAAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGATATTTATTTTACTCTCTTTCAAAAGAGTGCTTTCTATTTGGTCACTAAGGCAGGAGAATAATAATAACTTAGTAAAGTCCTTCCTTCCTTACTGCTGGAAAAGTAAAAACCACATATTATCACATATTTTTATTTACTTCTAGCTTTTTCTTTTTTAAAACTATCTTAAAACGTGTTTCATTTTTAAATTTTGCTTTCCACAATTTGCGATTTTCAGGCACAGTGATAATACCTCCTCTACTTCATTCTAACCTCTGCACTTCATCCTTTATTTAAAGACTTTCTGTAAGACTCTCATCACTCTTACTTCTTGCCTATAGCTCTCTGCACTTATTTTGCCCCTTCATACTTTTTATATGTGTGGGTGAATACCACTTAGGTGCCTGGCATCTACAGAAGAGGTCATCAGAGCCCCTGGAACCGGACTTAGAGCTGTCAGCCACCGTGTGACAGTGGGGATCAACCAGAGTCCTCTGGCTGAACTACCGAGCCATCTCTCCAGCCTTCACATTTGTTTTTTAAAGTTAGTCCAGTTTAGAGCTTATCACTTAAATCCCCCTCCCCAGAAAAAAAATTCCCTTTGTTAGTGTTTCTTCATAGCCTTGAAGATCTGTCCGGTTTAAGGACTTTTAATGTTTTGTTTATTTTTAAATGGAATATATTTATAATGTCTGTACCTGTGAGTGCACTGGTTCTAGAGGACAGGAGAGGGCATTGGGTCCCCTAGAGCTGTGGATTGTGAGGTACCTGACATGGGTGCTGGGAACTGAACTTGGGTCCTCTGTAATAACAGTACATATTCTTAACCACTGAGCCATCTCTCCAGCCCCAGGACTTTTTTCTTTACATGCTTTTCTTTTAAACCTCTGTTGATCTAATTTCAATGCTTTGGTACAACTGTTAAATTCCCTTGTAAGTATTTATACACTTTAACACTAGCGTGTAGGCTCATTGTGGGTATATATTTTTCATACATAGGTAGTTGTACTGATTACTAAATAGGTTTTAAATCTTTGCCCAAATAATCCTTAAATTAGGGACATACTCCCCTCTCCCCCAAGCTTTTAAGGTGAGAGGTGCATCTGCAGTCTCACATACCCCAAAACCCATTAATGTTGTCTATATCTACTCTATTGGTTTATTGTCCTTAAAAGGCTAAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTAACAGAGACAGCACATATTTGTATCTATTCAGCTGTGCACTCGTGACCCTCTTAGATGTGCATTGTGCTGCACACTGACTTGCTAAACACATTCTGGCTCTTCAGTGAGCAGATTGAGACCACAGTCAGAATTTACCAAAAGGCTTGTTGATGTCATGGCTGCACTGGGGTTATGGGCATACGCTGCCATGAATTCTGTGTGTATTCTGGAGATGTGCATTCAGGTCCTCGTGCCAGGTGGCATACACTCTGCCTACTGAGCCATCTCTCCAGACCTTGCATACACACATTTTCAGGAAATAATCTGAAAGAAAATGTGGGGAAATTTTCTATTCTAATATACAGTTATTGGCCCCTCAGGTATCTGTGATGTAGAAAAGCAGTCTTAATCTCGATATGGTAGCACATGCCTATGATCCTAGCATTTGGGAAGCAGAGACAGATCTTTGTGAATTCAAGGTCAACTTAGACTTCATAGCAAGTTCCAGACCAACCATGTTGAATCACTGTCTTCAAAGGAGGTGTGAAGTTAGGTATGACTTTACTTAGGTGTCTTTTTTTTTAAGTTATATTTTACATTCATGTGCTTGTACCCATGGAGATTACAGGACAGCTTGTGGGAGTTGGTTCTGTCAACCAAGTAGATCCCTCAGATCAAAGTCTGAAGTTGGGTTATCAGGCTTGGCAACAAGTGCCTTCACCTGCTGAGCCATTTCACTTACTTAGTTTTTAGAAACTACCCACTCACACAGGGACATATTGTGGGACACACTGTGACAGACCACAGCTTCCAGAATGAGATGTTTTCTAGGCTTTGTTGTTCGTTTTTTATTTTGGGTCAGGGGAGGCTGCAAGGGTGAAGGGTGAACATGGGGATGGAAATGAATGGGATAGGAGTGCATAATGTGAAACTCACAACGAATCAATAAAGTTTTTAAAAGTCTA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004104:ENSRNOT00000043784:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.188 A=NA C2=0.298
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.2),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=5.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]