BtaINT0117257 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000012111 | PRDM5
Description
PR domain containing 5 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9349]
Coordinates
chr6:4607965-4613446:+
Coord C1 exon
chr6:4607965-4608086
Coord A exon
chr6:4608087-4613366
Coord C2 exon
chr6:4613367-4613446
Length
5280 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
TCATTTGTGTTTTTCTTTAGGGG
3' ss Score
11.36
Exon sequences
Seq C1 exon
TTTTGAACAGCACCAGGAGACGTGCCAGGGAGATGCCAGGTTTGTGTGTAAGGCAGACAGCTGTGGGAAGAGGCTGAAGAGCAAGGAAGCCCTGAGGAGACACCAGGAGAACGTCCACACCG
Seq A exon
GTAAGGAGTCATCAGAGGGCTGTGTTTAAAGGGGCCTCCTCTCCCCAGGCTGCTATGGTCTGTTCTTAATTCTCACTCGCAAGGACAGAGCTTTCTTTTCCATTGTATTTCACACAGATGTAGAGCTCTGGAAGTGGAATTTTTCTTTCACTGAATATTATTTCTTTTTAAGTTGATTTCAGTGATAGTCATCATTTTTCCCATTTCTGAATTAATCATAACTGGAAACCTAAGCTAGGATCTGTTTGTGCTTGGTAGCCAGATGTATTAAGAATTAATACTTTAAGTAGTAATTTTAATGCTTCAGCATGTGAAATTTCTCTCATGGTAGATATATTTAAAAACTACTAACTGATGGCTCGTCTGCCTTAATATTTTCACAGTAAAATTCATTTTTAAAAAACTCTTACATTTCTGCTATATTGGGGAAGATATACTGGCTACTTTTTGACCTGCAAATTGAATATATTGGGATTTATAAAGCAGATACAATTTGAATTTTTTCAAATGGCTAGCTAAACAATAGCTAAACAGTTAGCAGCTTTGTTATTTAGATTTCATCTGCCTAGCGCACAGTAAATGCATTTTGGTTTAGGGGTTGAATCTGTTGCACTAAATTGAACAGGTTAATATTTCCAGAGTTAATGATCTGTTTCCTTCAGTGTCTTTTCCTTAAAGGAGACTGAGGTTCACGGCACTTCTCATATCTTTCTGTACTGATATTTTTCTCAGGTGATTACTATTGCTGTTGGCTTAAGGGTGGAAATGTCTTTTTGGATAGGAGGAAAGTATTATTTCTTTTCTTCTATCCTGTTTATTCTCACGTGCAGGGGAAAAGAATAGTTGGAACTCAGCTTCTGTTTCCTATATTTATTCAGTGTCCCAAAAGTGTCTCCTTTAATGCTAGTTGGGAAAGCTCGTATGAGCATGACTGCTGGGTCCAACTTCACATCACCGCTTTGGGCTGACTCTCAGTACCAGCCATGTATGAAAGCTCAGGGTGGCAGGAGGTACGGCCTTGTGAAATACAGCTTCAGAACGAGGTACAGCACTTAGACTTCACAGTGTCCTGACCTCTCTCTCCTTTTGAATGATACATGACTGATGTAGAAAAGGTGGCATTTTTCTGATTTCTTTATACTTGGGCCCTTTCTATGTCTGCAAAAGGCAGTCATGACTTTTTGATAGACCTGTCTCTTCATAGTTTTTGCTTTTTAATAGCTGTTATGGTTTAAAATGCTGTTCTTAATTTCCCCCATCTTTGTCTGCAATGTATTATAACAAATCTTTTATGTCATTTTTAAAGTTAACTTTGCTGAACTAAGTAAAAAACCAGATGCACAGTAAAACTCTGGAAACTTACATTCTTGTTATTGGGCATGTGGTCTTCAGACTGTGCTATAAGCATAATTTCTCTAAGACTTCTTGTAGTTGGTCTTGGATATTAAAATATGCTGATTCTGAAAACTCATGGTGATTTTGTAGGAGTGAATTTATAAAGGGAAGTTTTTTGTTTTTCTATGTTGTGGATTCTATAAAATATGAAACTTACTGTATTTCAGCCAAAGGCCACATGCATATTTTTTGCTGGAATTGGTACACAGTCTGCCTCTCATTCATAGCCTCTCTCTTGCTTCTTCTCTTTTGTCTGTGAACTACATGGCCATTTGGGGAAAGAATATTCCATATTCAGAATAATGAAAAAAACGCAGTGTTTGTACATATGGTTGTAGAACCCTTTACTCTAGAAAGACAAAGGTATTCAAGGAAAGAGAAGGTCTTGCAGCTTTACCACTGACAAGAACATATGTTCCTTGTTAGGTGATATGAATTGAAGATATTGAGAAGAGAGAAGATGAATTTTTAAATATGAATCACATTTTTCCATAGCACCTATAACATATGGTGGGTTGGTTCTCAGACCAGCTCCTGGAGGCACACTTAACCTACATTGTGCTGAAACTCACAGTACTTAAGTAGCTGTGTATTCAGTATGGTTGTATTAATTTTTCATGCATCTCCCACATTAGGTAGTAATGTGTTCCTGACTGTTTTTGAAAGCTGAATCGGAAAGTCAAATATCAGACTTACCTGAATATAATAAACTAAAATGGCATAAAGTCTGGTTGTAGCTTTGTAGTTGCTCTTGTCCTTGACCCTGGGGAAACTTGTAGGGTGGTGTCCTTTCCATTTACTCAAGAGGAAGCAGTGAGGGGGTTGATCCCCTTAAACCCACCTTAACCATCTTAACCATTCTTTCTCTTTTGATTTGATTCTGTGGTTGCTGACAAGAGATTTTGATTTTACAGGAGATAACATTTACCTACATTCTCAGGCAAACAGTCATAAACTTTCCCCATATTTCTTCTGAGGACTAGGATTCTAGAGGAGAGAAAAGGTTGAAGAGGAGGGATGGTATATTGTCTCTGACTCCAGCTGGTAGAGCAGTGGCAGAAGTATTGGGAAAGGTGGAGTGGGTGATTATGGAAATCTCACTTCTCTCTCTCTTCTCTCCCTCAAGCCTGACCTAACTGGTGGGAAAGAAAAAAGGTCTAAACTCAAAAAGTAGCTGGTTTAAGGGATAAGCGGGGACAACAGAGGACTGTGGATTAAAGTAAGGTTGTTGTGTTGTTCAGATGCTCAGTTATGTCTGAGACTCTTTGCAACCCCATGGACTGCAGCAGGCCAGGCTCCCCTGCTCTCCACCATCACCAGGAGTTTGCTTGAACTCATGTCTAATGAGTCGGTGATGCTATTCAACCATCTCATCCTCTGTCGTCTCCTTCTCCTCCGGCCTTCAATCTTTCCCAGCATCAGGGTCTTTTCCAGTGAGTCAGATCTTGGCATCAGGTGGCCAAAGTATTAGAGCTTCAGCTTCAACATCAGTCCTTCCAATGAATAGTCAGGGTTGATTTCCTTTAGGATGGATTGGTTTGATCTCCTTGCAGTCCAAGGGACTCTCAAGAATCTAATCCAACACCACAGTTCGAAAGCATCAATTCTTTGGCAGTCAGCCTTCTTTATGGGCCAACACTCACATCCATACATGACTATTGAAAAAACCATAGCTGTCACTATATGGACCTTTGTTGGCAAAATGATGTCTCTGCTTTTTAATACGCTGTCTCGGTTTGTCATAGCTTTTCTTACAAGAATCAAGTGTCTTTTAATTTCATGGCTGCAATTACTGTCTGTAGTGATTTTGGAGCCCAAGAATATAAAAGCTGTCACTGTTTCCATTTTTCCCCTTCTATTTGCCATGAAGTGATGGGACCAGATGCCATGATCTTGGTTTTTTGAGTGTTGAGTTTTAAGCCAACTTTTTCAGTCTCTTCCTTCACCTTCATCAAGAGGCTCTTTAGTTCCTCTTAGCTTTCTGCCATAAGGGTGGTATCATCTGCATATCTGAACTTATTGATACTTCTTCTAGCAGTCTTGATTCCAGCTTGTGCTTCATCCAGCCCAGCATTTTGCATGATTTACTCTGCATGTAAGTTACATAAGCAGGGTGACAATATACAGCCTTGACGTACTCCTTTCCCAATTTGGAACCAGTCAATTGTTCCATGTCCGGTTCTAACTGTTGCCTCCTGACCTGCATACAGGTTTCTCAGGAGACAGGTCAGGTGGTCTGGTATTCCGATTTCTTTGAGAGTTTTCCATAGTTTGTTGTGATCCACAAAGTCAAAGGCTTCAGCGTAGTCAGTGAGACAGACTTGGATGATTTTCTAGAATTCTTTGGCTTTTTCTATGATCCAGTGGACGTTTACAATTTGATCTCTGCTTCCTCTGCCTTTTCTAAATCTAGCTTGTGCATCTGGAAGTTCTTGGTTCACATACTTTTGAAGCCTAGCTTGAAGGATTTTGAGCATTACCTTTCTAGCATTTGAAATGAGTGCTATTGTGCAGTAGTTTGAACATTCTTTGATATTGTCTTTCTTTGAGATTGTAATGAAAACTAACCTCTTAGTTAGTTTTAGTCACATGTCCACTGCTAAGTTTTCCAAATTTGATGACATATTGAGTGCAGCAATATAATGCATCATCTTTTATGCAAGTTGGAAAAGAGGGTATATTCTTTCTCAGTGGCCCTTCATGTTTTAATAGATATGTATAAAGAATTGGTGACCAAATGCATGCTGTAAGATACTCATTTTGCTCAGGAGAATTTTCTCCTTTATTGGCCATATTACTTGTCAATCATCAAGAAATTTTTCTTGGCTGTACTATTTAGCATGCTAAGAAGAGTGCATTATATGAAATAAGTATCTTGAATGATAAGACAATAATTAATATGTTACTTTTTCTGAAGGTATTCCTCTCTCATAAACACAATCTTTTAAAAAATAATTTTGTGACCTTGTTTTCTACTGATTTTAGATTTCTTGCAAAAAAAGAGAGAAGGAGAGGACTGCATAGGGTTGAGGTTGTGACAGGAATAGGCATGGGTTAGTCATTTGGGAGCCAAGTGATGGATGCATGATAGTTCATTTTATTAATTGTTTACTTTATTGATTCTTTGAAATCAATTAAAAGTTGAAAAAATATCCTGTGGTTATATATATGATATTGTTATTACGTTGTATTTGAAAATCTTGTTTTATTCATTCTTTTGTTTTCCATAGCCACTATGAAGTTTGAAATGACCTACTGTAATTATAATCACTATGAAGAAGACAAAAATTGAACTTTGTAGGATTTATGTAATATTATGAATGTCACGTAATGTTTTACTATTCTTGATCTTACTTTATTCTGGTTTTTAACATTAAGATGGTTAATATATACTCAATGATCTTGCAAGCTTGTAGTACTGAAAAGAATAACCTATGAATTCCATTTTTAAAAACCCAGCTGATTAAATAAAATATTCTGTTAAAATATAAAGCAAGTGGCAAAATCAGCTTGTAAGTGAATAAATACAATGTTTTATGTACACATTTGATTAATTTTAATTTTTCATGGAAGTGTGCTTTACTCTTTTTATACTAAATTAGTACATGCAGAGGTGAAAAGCCCGTGTTGTATATGTAGAAAGTAGTATACCAAGCTAAACAGTACTCAGATTTTGAAAGAAAAGTTTCAAAATATAGCCTATTCTTTATCTGAATTTAATGGATATATTTACAAAACTGACAATTTTGGAGTTACAAGTGAAGAAGATGAAATACCCTTTTAGAAATTATATGTCACCTAGAAACATTTATCTAATGCTCCTGTTAATAGTTTCATGTAAATCATGATGATATTTTATTTTATTTCATTTGTGTTTTTCTTTAG
Seq C2 exon
GGGATCCTAAGAAAAAACTCATATGTTCAGTGTGCAATAAAAAGTGTTCTTCAGCATCAAGCCTACAGGAGCATAGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000012111:ENSBTAT00000049757:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.167 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF128742=zf-met=PD(28.6=14.3),PF138941=zf-C2H2_4=WD(100=61.9)
A:
NA
C2:
PF128742=zf-met=PU(87.0=74.1),PF144711=DUF4428=PU(38.0=70.4)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]