BtaINT0129751 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020573 | SCUBE2
Description
signal peptide, CUB domain, EGF-like 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:30425]
Coordinates
chr15:44130744-44145988:+
Coord C1 exon
chr15:44130744-44130950
Coord A exon
chr15:44130951-44145817
Coord C2 exon
chr15:44145818-44145988
Length
14867 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTGAGT
5' ss Score
8.95
3' ss Seq
TCATTTCCCCCTTTGGCTAGTCA
3' ss Score
5.28
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
TCAGTTGCAGGGCTGGGACATATTATGATGGAGCACAGGAACGCTGTATTTTATGTCCAAATGGAACCTTCCAAAATGAGGAAGGGCAAATTACATGCGAACCATGTCCAAGACCAGGAAGTCCTGGGACCCTGAAGACCCCAGAAGCTTGGAATGTGTCTGAATGTGGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020573:ENSBTAT00000027416:15
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.248 A=NA C2=0.052
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF075629=NCD3G=PU(0.1=0.0)
A:
NA
C2:
PF075629=NCD3G=WD(100=72.4),PF076998=GCC2_GCC3=WD(100=87.9),PF075629=NCD3G=PU(13.0=10.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development