DreINT0103408 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000032630 | neb
Description
nebulin [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-041111-216]
Coordinates
chr9:23001411-23007370:-
Coord C1 exon
chr9:23007254-23007370
Coord A exon
chr9:23001504-23007253
Coord C2 exon
chr9:23001411-23001503
Length
5750 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GCCTAATGA
5' ss Score
-14.94
3' ss Seq
ACTGTTCTTCTCTACTCTAGGTG
3' ss Score
12.63
Exon sequences
Seq C1 exon
CTTCAGTACCAGATTGACCTTAAAAAGAGTAAGGGCAAAGTTTCAGCAGTACAGAACACCCCTGAAATGCTTCGTGTTAAAGAAAATACAAAGAATTTCAGCTCGGTACCTACTGCC
Seq A exon
TAATGAGTTTTTTTTTTTTTTTCTGCCTTCTAACAACAAGTCCTTTTTCTGTTCACACTTCTTGCTTTACAAAACCTTTTTCTTTTTTCTCAGCTGCAACCACAAGTTAACATTTTAAGTTAACATTTCTTGACTTTCAGCTCTTTTTATATAATATTAATTTAGATCTTCTAGAAGACCTGAATCTAATGTAGTCATTAACTTGTAGTCATAAACTAGCAAAGCCACTAACGGTAATCATTCAATTTGATGCTCTTCTTGATCTTTCTCCATCCTAAACAGTAGCTCTAACCATTTGAAAAGATTAATATTTACGTTATATTCTAAGCTGGGTTCATGTTACAGGAGTTTTTAAATTCCAACTTGATATTAAATCACTTTTCCTTCCCAAGCGAGAAAACCTGAAATTTCTGGTGCATCAAACATTACAAGATATTATGATCGTCGGACCAGAGGGAGTACTTCAAATGCTCTAACACTAAGAGCCTTCTTCTATTTAAAATGCTAAACATCAAACATGCTTAATATGAGGTTAAAAATTTGATTTGTAAACATTCATGCTGTATACTAATTTGAATATACAATATACAGTTGAAGTCAGAATTATTAGCCCCCCTTTGAATTTTGTTTCTATTTTAAATGTTTTCCAAATGATGTTTAGCAGAGCAAGGAAATTTTCACATATATCTGATAATATTTTTTCTTCTGGAGAAAGTCTTATTTGTTTTATTTTGGCTGGAATAAAAGCAGTTTTGAATCAGTATTATTAGCCCCTTTAAGCTATATAATTTTTTCAATAGTCTACAGAACAAACCATCATTATGCAATAACTTGCCTAATTACCCTAATCTGCCTAGTTAACCTAATTAACCTAGTTAAGCCTTTAAATGTCACTTTAAGCTGTATAGAAGTGTCTTGAAAAATATCTAGTCAAATATGATTTACTGTCATCATGGCAAAGATAAAATAAATCAGTTATTAGAAACGAGTTATTAAAACTATTATGTTTAGTGATGTGTTAAAAAAATCTTCTCTGTTAAACAGAAATTGGGGAAAAATAAATAGGGGGGGGGGGGGGTAATAATTCTGACTTCAACTGTATAATTATTTGTACTTGATAGTATTAAAAATAAAATTAACCATATTACTTTATGTTGAAAAGTGTATGCCACAGGCTCTTGGATGGTCTACTATTTCCGATAGAAATTCGAAGTGTAGAACTGTCTGTACTCTAATGACTAATATTAACCACGACACATGCATTTTGGATGGATGTGAATTGAATTAGAATTGCAAACGGGTAAAAAGAGTAAACAACTACAAACATGGCGGATGTGTGAGAGAAACCATAAAGTAGAGAGGCTTTGGTAAAGATGGTTGAATGATTATTAATATCTAATATGCAAAATATTTTAATCAGAATTTCCATGTTTTATCTGCAATATCTATGTGAACCTTTATCAAGTTAGGCCTGAGGAGATTTTTTCAGCATGAAAGATATACAAATTTTAGATGAACCTGCTGCTTAAATATCCAATAAGCTAGGTAATTAAAAAAGAAATGTGGATGATGTTTGACAGGGCTTGTAAATAAGCAACATAATAGTCTGTTAATAAGGAAGTATTTCCCAAAGCTTGGATAGTCTTGTTAGACACTCAAAAGTATTTAATTTTTCTTCTCAAAAAGTACTTACTATATAGAACGTAGTCCAAACTCTTTCCTGGAGGGCCGGTGTCTTGCAGAGTTTAGCTCCAACTTGCTTCAACATGCTTGATTAGTTGCTCCAGGTGTGTTTTATTAGGGTTGGAGCTAAACTCTCCAGGACACCGGCCCTCCAGGATTGAGTTTGGACACCTCTGTCATAGGTGAATTGGGAAGCAGCACCAGATAATTCATACTAAACATGCCAATCTGATGGAGATCCTGGACAAGATATTTCTCAGATTATAAGAGGTAAATCAAAGAAAAATAAGCCAAAAATTCCTGTAGTGTAAGCCTGGCTTTACTCATGTTGCAGGTTTGTTTCTGTCTTCGTTGATGTGTGTTTGAACGTTTTTTTGTTTTCTGTGTTCGTCCATCTTTTGTCAAATGTTGTGAGGGCACATTTTAAAACCTCCCCAGACAAAACCAATTTAAAACCTACCCTGAGAGATACAAAACAAATGTTAATGCCTCCTTATGCTTGTACAATCCTGAAGATCCAGTACAAAGAGGAGCTGGGGCAAGGGACAGCCATATCTGAAACCCCAGAGATGGAGAGGGTTAAACGCAATCAGGAGGCTATTAGCACGGTACACTTCTGTGACCCCATCATCCACCCTGTTGAATTGCCCCCCAAAAATGACATAACGCCTCTTAATTACTGATTTAATCCAAATGACCTCAGCATCCTTGGAAATTTATGTCAAATGCCAACATTCATTTTAATTTAGACCATCTAATATAAATAATTTGAAATAAATAGTCACCAACACTCATCATTTTTTAATAACATATAATACCATGGTCCATATATGTACTTAATCTTTTTCAAACACTGACTAAAGACTAGTGTTGCGTTTGTTGTCTATCTTTTTCTCTTTTTTCCCTTTTCTTCCCATTTTTTGCATAAATGTGTTGATGTTCTGACTTTATCACTGACTTGATCTTGTCAACTATTTCATGCTCATCATGGACCTGAAATGTGTATTAGATTAAATACAAGGATTCATTAAGTCAAGGCATTTCTATACCTGACCTTCCTGAGGTGAAGCGGGTTCGGGAAACCCAGAAGAACATCAGCTTGGTAGTGTTTTTGTTTTTCTCTTTTGAGGAAATTTTTTTGCTTTAATCAAATTATACTCCCAATCCTCATCATTCTTTCGAATCTCATTTTTCTTTTTCATCTTTTTTTTGTTGTTGTTGTTAGGATAAACAACCCTTAAAAACCAAAATGTTCCCCTCCTCTAATTTTATTATTGTTTTTTTCCCCTACACTACTGTTCAAAAGTTTTTTTTTTAAATTAGGTTTTAGTTTAGTTTTTAAGTTTTCAGTCATTTTAAATATTTTTATCTGAATGTAATTTATTCCTGTGGTAATAAATACAGTTTCAGCAGCCATTACAGTACTTAAATTCCAGTGTCACGTAATCCTTCTGGAATTTATATAAATAAATAATTAAATCCTTGAGAATTTTAAAAAGAGGGCTTTTATTTGAAATATAATTTTGTTTTTATCATACTATCTTTTTTGCAGTATTGGATCAATTTAATCCTTTCCTAGCTATGGGCTATTTGCACAGCTAGTGAGCCATTAGCCAATGATAAACTCCAGATGAAAGCTTAATGTGACTATTTTGAATTTCATAAGGGTCCTTTTACAGCATTGATGTAATTTAAATATAATAGATTAAATAGACTTACTCATCCATTTGGTTGTTAAATCATAAAAAGAGATGAAAGATTGTTTAAACAGAGGCGCCGTCATTAGCCGCAGGCTAGCACAAAAACTATTGAAAATACTGGGGTAAAATTAATTTCCATATTTTAAAGAGATGGCGTGGAAAAATATAATTTAATGCAGTGCTTTTTGTTGTTTTTGTCAGGCAGTGAAGATTGCTGCTTTTTCTAAAGAAATCAGATCTTAAACACATCGATTTTGTATAGGATGACAATTCACCGGAAGTGCAAGGACTGGCTGACGGAAATTAAATGTCTGTGTGCATATACCCCATTGAATGGAACAAAGATAGAATAATTCATCTTATCTCAGACATTTGAATGCTACTCTTTATACCACTTCATATGAATAACCAAATTACCACACTTTTTTTGTAGAAATCCATGTTATTTTTTTTGACATTTTATGTTTTCAACACTTTTGTGTTCATGTAAATTATGATTTCATAATTGTATATAAAACTATTTTGTTTTTGCATACTAATATTAAAAGATCATTCACATTAATTAAAATCTAAATTAGTTTTTACCTTTCTTTTTTGCCCTATTGCCTCTGTGTGTTTGAAGATTCATTACAAAGAAGATTTGGGAGGAGGAACGGCTATTTCAGAAACCCCAGAGATGGAGAGAGTTAAACGAAATCAGCAAAATATTAGCACGGTACACTGGGGCGTCAGTCTTTATCCCACCCATAAAATATCCCCTGTTCTTCATCTCCCCATCATCTAAAAAAAACCTTGAGCCATATGTTTACTAGTCCCTCTAGTGATCCCAAGAACAAATCCATCATTTATAACAATAGAGAGTAACTCTCGAGTAGCTCATGTGACAAAATCTTGTCTTCCCTTTTTTAATACTTAACATTTAGCTGTAGGCAAATAGGTTTTCCATGTAATAATTAAGTGCCAAACCATAACTAGTTCTCTAGTCTTAATTTGTACTGTTCATCAACAACTTTACTGTTTATTTGTTTGTTTGTTTGGTTGGTTGCTTGGTTTTTTCAATAAATATGCTTTACTCCAAACCCTAGTAACCTGCCTACGAAGGCACCATTTAACAACAGCATAGCCCTGCTACTGAATCGTAACTATTTGCAGATTGTAAATATATAATTGTATACTTTTACAAACATATATAGTACATATATATGTGCACTTTTGCCTATAGACATATTAAGAAATACACAACTTACCTAGCACTTTGCCACTTAGAAAATACACAACTAATCTGCATGAAAAGATACTATAGTAATTTATAATAAATACTACAAAGCTTTTGAACCACGCTAGAGTAAAGTGTATTATGCTGTATATATTATATTATTTACAACTCCTTGGTAATGATTTAGGATGCTGTATTATAAAATGTAATGAGTTGATGAACTATAATAAATACTGTAATATTGTATTAAAGTACATTCCAATATTGTAGTATAGTATTTTGGTAAAATATACACTATAGTTTTTGAAAACTACAGTATTGGGTCGTTTATATATATCACTTTAATTGTTTTGTTACCATACTGTAGCAACAATAGTATTACCACAGCAGATTTTTTGAAA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Seq C2 exon
GTGTTGTATAAGGATCTGTCGGCCAAGGGAACGCCTGTGGTGTTCACTCCAGAGATGGAGCGGGTCAAACGGAACCAATTGCACATTAGCTCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000032630:ENSDART00000143888:128
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.383 A=NA C2=0.183
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0088013=Nebulin=PD(37.9=28.2)
A:
NA
C2:
PF0088013=Nebulin=PD(18.2=12.9),PF0088013=Nebulin=PU(55.2=51.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]