DreINT0124799 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000036257 | rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070912-180]
Coordinates
chr2:35864003-35869204:+
Coord C1 exon
chr2:35864003-35864090
Coord A exon
chr2:35864091-35868053
Coord C2 exon
chr2:35868054-35869204
Length
3963 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTACTG
5' ss Score
9.04
3' ss Seq
CTTCTGTCTGTGTCCTGCAGGAG
3' ss Score
11.02
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTGATGGCCGTGGAGGAAGAGCTGAAGAGAGACCATGCAGAGATGCAGGCAGTCATAGATGCCAAACAGAAGATAATCGATGCACAG
Seq A exon
GTACTGCAGATGACCATATAAACAGCATGATTAGTCGCAAGAGAACTTTAGTGTGAGTTTGGAGATCATCTTTGTCTGGTTGTGAGGTTTTGTCTGGCCTGTATGTGCTGCACAGTGGAATGCTTTGAACTCGCTGCTAAACCTCAGATGGATTAAAGTAAACAGGCTTCTGACCGGCTCATTGTTGCTGTGTGCTACTGAATTTCAGGTCGCTAATGGAACTGAGGTAATACCAGCAGGCAAGTACAAGCAGACAGTTCAGCTAGGCTTGTGTAAACGCACCCCAATCCAACACCCATGCCTGGCCTGAACCTGTGCAACACTCGGTCCTCTTAGCCTTTTCGTTGCTCTCCACTTCAGATGTTATAATAAAATGAGGGTTAAAGGTGAAGTGTGTAGTTTCCGCTGTGTAAAATGCATTTTAGCTAAACTTAATGTGCAGAAACATCCTTGACTTGTTATAATATAAACTAGGTTGATATTGATCGGCCAATCAAGCAAAACTGTGCATGTATAAATATAATTAAATGTGGTATCATGCTAATGAATTAAACTTTTAATAAACCTAAGATGATCATTGAAAGAAATAATATAATATAACATAACATAATATAATATCAAATTATTAAAATGTGATTCATTAAAGGGCACCTATTTTACCTCTTTCTTTTGTGTCTCCAGAGTGTGTCTGTAAAGTTTCAGCGCAAAACACCCATCAGATTATTTTTATACCTTTCAGAATATTAGGTTTTCTGCTCTCAACACAATGTAGCTGTTTTTGTGGCCTGTGCCTTTAATGCTGGTTCTCCATGCCCACCGTTCCCACTTGTCTGTCAGAGTGTGCCTCAATATCCGGCAGCGTCAGATAAACAGCACAGTGAAAGACATGAAGCAGATCTCACGTAATGTTTGTGAAAAATACTACATTAAGAACTTTACCAATAATTATTTGATGTATTTGTTGAGTTAATTCAAGCCTTTCTGCAACAATGAGTCACGCACAGATACTATTTTATATATACTGTATCTTTGCACAGGGAATGTGACAGGATACGTTAAAATCCACTGCTGTATGGATATCAGTTGTGTTATTTACACAAAAAACTGATTTAACATCCAAACCCGGGATCGAATCATCTTGTTTTATAATTGTACTGACAAGCGGCTTTGGTGATAAAGACGGTGAAATCGCTGTAATAAACTATAAAATGCACTGTTTTAAAAATGTTTTAATCTTGTAAAACTTATTCTTGATCACATTTAATGATGATTGATGATCACAGAGAGCCGAACAGATCTTTTAACCCCAGTTGCTTTGCGCACGTCCTGTCTTGTTGATAAGAATATACGTGTTACTACAGAGACATGTTAATACATGGCTGTCAATTTGGTTGGCGGAGAAACCGCACTCTGATGTCACATTATGGTGGGCCTCAAGATAGGAAGATTTTAACGTCAGGAAATTTTAGAAAAGAGACTTATTGTGTTTCTATCACTCCAATATGACTGTGGACACACTATACCTACACACAGTTCTGTCCAAACAGCTTTCAAAAGATGATTTTTATCATAGGTGCCCTTTAATATTATTTATTTTAAAAAAGGTATGACTTGTTAAACACAAGATGATCATTGGAAGATAGTTAATAATACTAAAAATAAACTATAATACAACTAAAAATACACATTGATCATCAATTATTCACAACTGATTTGGCTCCCGTTGACTTGCATTGTATTTCTTTGTACATACACTATAACTGAAAACTGAAACATTTCTCAAAATGTCATCTTTTATGTTCCCAAATCATATGAGTTTGGAATAAAATTTTAATATATTAACTGTTTTTTTTTATTTTTTATTATCAAATGTTTTATTTTTATATTTTTGTTCATTTCTTTCAGTTGATATTGAAGCTAAAAAGCATTATTTGCAATTTACATGTGTTTACTTCACTGATATCACACACAATAATGTCTTTTAACTTTAATATCTCATAATTCTTCAGTTAGTTAAGAAGTCTTTATTAGTTAAAAAGTATTAAAGTATTATTTAAAGTCTTTCATGATATCGGGTTATTGATAGTAATTTTATTTTTATTGTTCATAACACAATGATTGGCACAGAAATTACACACTTTACATTTACTTGAACACATTTTCATACTTTAACATTTCCTAGCTTGTTTTGTCATTTTACATTCAAAATTAGCCACGGGTTAGTAAATGTTCTTGCTTTTCCAACTCTTTAAAGCTGTCAGAGCATCTCCTACACGTTCAATGTGAAGCTGACACTGTCAAGGAATGTGTTGATAGGAATCACTCCTAGCAGATGCAGTATCTGATATCTGTGATCTCTAGCTTTTGGCTGCTTTTGTTTTTGTTTTTTTGTTTTCCTCTCTTTTTTTTTTTTGCCTCGTCATCTCCTGTTTGCCCGTGCTGCCACACCCCCAGCACCCCAGTCAGTGTGTGTGCCCCCTACACAAGATGCCCTCTGCAGAGAATTGTTTTTCTACTTTTAAGATGGTCTCGCTTTTCTTCTGGTTGTGGTGTGTGTACGTTGTTTGTGCAGGATTTTAGGTTTCCTGTCTTTGCTGTCCTCACAAATGCGCTCGTGTGTATGTGGTTGTGCTTTTGAGGGCAGATTCTTGCTGCACATGTGATGCCTGACACTTGCCTGACTACCTGTCAGACTGACACCAATGATCAATCAACTGCTTTTGTTGTACTTATATGCATGTAAATAATCTATTTTACTATTATAAATACCTCCTATTTTTTAACACGTTTAGTTTCATTAACCGTGTCCACAGTTTTTGATATTTCTCAACTGTATATGTGATTTTTAATATTTAAAGGAATATACATGGCTAAATACAACCTAAATGTTTAGGAAGAATAAATGTTTTCTGAATTAGAATATATAAGTAGTGTGTGTATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATGGATAGATATAGATACAAAATGTATACGGGTGGATAGATAGACGGATGGATGGACAGACAGACAGATACAGATGCTAGATAGATAGATGGACAGAGGAATGGACGGGCAGACAGATGGATAGATGGATGGACGAATTGATAGATATGGATGGATGGATAGACAGATGGATGCATGGATGGACGGATGGATGGATGGATGGATGGATGAATGCACGCACAGATGAATGGATGGATAGATGGACAGACAGATGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGACAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGATAGAAAGAAAATAGTATCCAGTAGAATGTAGAGTATTATCAAGTGGTTCGCTTTAGAAATAATGTGTGTGCTAGTTTATGTGGTTTACGAGGACACAAAATAGTATAATGACACGGCCATGACCTTGCTGCACTCTTTAGGTGGTTTACATGGACATGCCTTGTGTCCTCGTGATTCAAATTGTTTAAAAATAATATTCAACATACAAAACTTGCCCCAGGGATGGGTGTAGGGTTAAGGTAAGTCCATATACTAAGCAGTTTTTACATAATAAAACACATTACACCTATGGAGAGTCCTTGTAAATCACATATTCAAGTATGTGGGATACTCAAATTATTCAGATATACCTGCTATTACATCTAAGTCACATGAACTTACAGACAACTATGTAAATGAGTAATTAGGAAATGATTGAATCATTAATGTAAATGTTTAAAGAAAATCAAACCTCTCTTCTAATTCGCCAAAGGCTTGTTGCAGCACATAACCTTGAATATTCCTTTAACTTGCTTTAAGAAAGTAGATGCACTAGCCTGATCTGCAGATGTTGATGTTTTTGTCTTCTGTCTGTGTCCTGCAG
Seq C2 exon
GAGAAGAGGATCAGCTCTCTGGATGCTGCTAACTCTCGGCTGATGAGCGCTCTGACTCAGGTGAAGGAGCGCTACAGCATGCACAACCTCCGGAACGGCCTGTCACCCACCAACCCCACCAAACTCTCCATCACAGAGAACGGGGAGTTCAAGAATAGCAGCTGCTGATCCAGGCTACATGCCTCAACTGACTGACTCTGACTACTGTAAACACACGCCATCGCAACGAATGTCTGCTTACCGATGTATATAAATGTTATCTAATATTGGTTATGTACAGAAATGCTACTGCAGGGGGGGGGGGGGGGTGTTTTGAAGTGGGAGAGTTAAGCATAGCGCCAGTTCTGAGTCAGTGAGATTGTGTTTGTTTGTTTTTTTAAATACTGATTAACTCGTAAATGCAGATTTCAGATTTTTAATTATTGCCTAAGATATATGAAGGAGATGTACATATATTAAAATAGAGTTGTTTTAAAAGAAAATATGAAGAAAAGCACATAGGTATCGGCCGTAGTTGTAAATGTCTTCAAGATGCAGAATCTGACAGGCAGAAATAGATGAAAAGGCGATTTTATGCACTCCGTTTTCTAACACGAATTTTCTATTTTTGTTTTGTTTTAATTATTATTTTATTTTCATCCCGCAACAAAAGGTCGTTACGGCTGATTTATGCTCGTTTAACTGAAAGGACACTTTTAGTTTTGTTCTCAAGAAGCTAAAATACATGTTTGTTAATGTGTTACTAAAAACATGACTGAAGCAGAGGGTTTCATCAAATAAAATACTGAATTAAATTAACAGTTTGAGTTTAATTTCAGATTTGTTAGCTGTTTGAATCAACATAACCAATGTACCATCATTTTGCTCCCTTGTTTTCTGTAAGTGACCAGAGTGCTGTGAAACCGCCAGTCTACAGTCTCACTGCCCTCTTGTTCTAGACAGCCTCACTGCCCTTCTTCTGGCCCCATTTATTATTTGTCATTCACTTTTATTGAAAGTCCTCATATTTCCACTGTTCTCACTCAGTCCACATGAGCATCAATGCCTTCAACACCCAACTCCTCAATGTTTGCTGTTCTCGTAGCGATATATTTGATGGTCAGTCTCAACGTTGAAAGCTGAGCATTGAATAAAGACCGATTTTGGCCTCA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000036257:ENSDART00000113489:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.222 A=NA C2=0.460
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120043=DUF3498=FE(5.4=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=PD(4.5=42.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]