MmuINT0132040 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000070565 | Rasal2
Description
RAS protein activator like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443881]
Coordinates
chr1:157135182-157146277:-
Coord C1 exon
chr1:157146190-157146277
Coord A exon
chr1:157140876-157146189
Coord C2 exon
chr1:157135182-157140875
Length
5314 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CCACGATTGGTGTGTTGTAGGAA
3' ss Score
7.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTAATGGCTGTGGAAGAAGAATTAAAGAAAGATCATGCTGAGATGCAAGCAGTTATTGATGCAAAGCAGAAAATAATTGATGCACAG
Seq A exon
GTAAGCAGGCCCTGAACTTAGTGAAAACACTTGTTTTAATAGCTTTTACTCTCTGACTTCCCATCCTTGCAAATGGCAAATCAGTAGAAAACAAGATACTGGAAGTTTCTTGGCATTATCCTTTGAATATTGGATGAGTTTCCATATGACCTCCATATTGATATAGCATTAATATTAGTGTGTAAAGTACTGTGTATTTAATGTAGTTGTTTGACAAGTCTTAGCAAGGTACATGATGAAGTTGGCTTCTCTCCTTGAGGAAAGGAGGGCATTCTCTAAGAAGGAAACTGTAGAAAAGTGCACTGCATATATCTGGGTTGTGACCTACACTAACCATTGCTTGGCTGTGTTCTGCACGGTCTTGTCAGTCACATCCACTGCCATCCACGCCTAGTCACAGCAAAGGAATTGTAGAGGAAAGATAAGGTTGTAGGAGACAGCTTTCCTTGTTATCCTTTTGGTTCAAGGGTTGGCATTGCCGCTTGGAATGTGCTTGGCTGCCCTTCTTTGTTGGTGCTATGCTCAGAAAGCCTCTGGATAAAACTATTTTTAAAAATATTGATAAAATTAGAACCTAGGTTTCTATTGATGACAGCTTACACCTAGTAGAATGATACCCTTCACAAGGAAACACACCATTGATCAGAGCAAAATCTAGTATATATGGAATATTTCCAATTCCTTGTTGCTTTATCACTGTAGAGTATGATTTATTTCTTATATGGAAATAAGTTACAAAAGGCAATTACAGTTTTGATAGTGATTTATCTAACCACATCTCCGGGGAAAACTAGCCAAGCCCCCAGTATTCTTACACATGCCCTTCAACAAGCAAATTTTCTTATGAGCTCAGTGTAAAGTGGGTTTATTTTTCAAACTAGGAGCACAGCTGTGGGAGGGCGCTTCCCAGGCGTCATCTGTCTTGAAGCCTTGAAGCACACTGGGCTTAGAAGCTCGTTGTGAGATGTGATGCTTTCTTACATACATAGCTCCCAAACTGTTTTAGAGTCAAATTCTGGATGTTTGACCTCTTTTGAGCCAGAGAAATATATGCTATGATTACCTTACATGCCCTTCTTACTTTTATTCTTTCAAGGTATTCCCAAGGTAAGCTAGGAAGAATAGTAGAAACAAGGCCATATTGCCATATTATCAGATTTAAAAAAAAATATATCACTCCTTAATCTTAAGAGAAATAGCATAGATAAAGATAGTAATTTCCTCAAGAAAACTAGTGCTGAAAAGTTTCCCCTTTGGATTCGCGGTATAACAATGTGAAGCAATGTGAGCCTTATTAGTAATCACACAGCGAGATCTTAGTGCTGGAACACAGCAGATTTCAGCCAATTTTAGTGCAGTCTTAAGCAGAGGGAACTTGCCAGCAACACAGTATGACTCTGTATGCTGGCTGGCAGGACAGCTCCAGCACTAGTTTCCAGGGAGTTTCACCTCCACCTGTCTCCAGTTTTGATGTTAAATATAAAGCAGAAAGTGGTCAATAAAGATGGAATCCAGGAAGGGAATTTGATTGACCAGAAGTCAGAAGCTCTCAGAGGTGGAAACAATGGTATCCTCAGAGCTCAGGCAGTCAGACTTATGGTCTGGCAGTTTGCTTTTCCAATGGCTTGGTTCTCTGGACTATTTCCATTGAACCAAGGTACCTTCCATAAACCAATACACTCACTGACTACACAACCATGAAGACCACTCTCAACTAATGGGTCAGAACATTCTGGGTTTGATTAAATGTGATGTGCTTCCCACTAAAGCATAGGCTTTATTATAGTATAAATCCCTCTATGAAAGCTAATATAGATCCATCAAGAATACTCAGACTGAACCACATTTGAAAACTGCTGCACAAACTATAAATACCAAGGCAGCTCAAAATATAATAGTGTCTTAAAAGGGAGCATTCTCAATCCAAGCTGCTGGCTTACTGGTACATAGAATCGTAGAATAGCAAGACTGTACATACTTATTCATTGTAATGAATGGCTTATTATCAGATTATTTTCTGCAAGAACAAATCTTATCTCTTAAGTGAGTGTTGAAGCAGAGTAGTCCTCTTGGCTTCATTTCTTCAATGATGACATGTTTGGGAATAATAGTCTACCTAGGAGGCAATCTATACTTTGATATATCAGCCCTGTGTCTTACTGTCAATAATAGTAAAAAATCATTTCTAAAATGGAAATAGTTACTTTCTTTGCACTAGGATTAATTATATCATTTTTCAGAACACTAGCACTCAGGTACCCAGGAGTGGTTTTCATCTCTCGTGGCAGCCCCTGCTCCTTGACAGGGAGTTCAGCTTCTCCCTCTCCATGAGTCAGTTCATGCTGCAAAGCACAGGCCCACATCAGTAGTCCCTTTCTAGCAGGACTGCAAACGGATGAGTGGCAGAATCACCCGTCCTGAACCTCACAGCTCACTGGGGTCACAGTGATAGCACCAAAGACTATACGAAGTGTGGCACCTTTCACCCCTGTGACAGGATGGAGAACAGAGAGGGGCTTCTTCCTATGAGAAACAAAGCAGCTGCCTAGTTACTATTGCAAGTGATATCTCCACTGTGTTAAATTACAGGTCATAAATGGAAATGAGATTATTCAAACAGGCAAGTAAACCCTGTCGTTCTCTAGCTGAGCAGTCCCCAGCCCTGGCCAGTGCACTGGCCTCCTACACATTCCAGCTCCGGGCACTCCCGTGTTAAGTCCTTCCTGTCAGGAATGTTAGATTGCTTTGCATTCTAACCCAGGCAGAATCAAATGGCATAGCAACTTGGGCCAGCTGAGCCTTGGTTTCCTGTTTGAGATTGTTTTTAGTTTAGTGGGGGTATTTTTTATTCCATTAATTTCTGTTTCATTTTGAAAGCTGGCAGTGGGGAAAACAAAGGGAGTTTCTCTGCTTAGAAACTTTGAGATATCTAGTAGGGGAGGTTGTTTGCTATCAGTTATTTGCAGGTAATATATAATCGCAATCCTTCTCAGGCTCTTTTTTTACCTTTTATGACTAAACTTGATTTTTAAAAGAGCTGGGAGATTGTCTTGTTTTGTTTTTGTGACTGCTTGATTTTTTTATGAACCCCAGGACCAGTGTTTTTCTTAGTATTGGGGCCTTATCATTTGTTACTGAACTAACTTTCCTTGCCTATTCTAAAAAAATGCCAGTTATGGTAAAAACTTTTTATTTATATAATACATAAGAAATTTGATACTGACAAAAATGAAACAAATATTTATTTAAAAATGTAAGTACCGTTTATTCCATTTAGGGGTAATTACATAGTGTGAAGAGGGGAATTATATTTGGAATCTACCTCTTAGTTTTTAGCCTATCCTTACTTATTGTCTTTGAAAAGACCTGTATTTGTTCTCCCAGTAAATTCCACTAACTATAATTTTTAAGTAATTACTATTTTTTAAAAGGATAATAAATCTGTCTTTGAGTTACTCCTGTTCTTAAAACAAGTCATCTTTCTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTTTTGGGTTTCTGGGTTTTTTTGTTTTTTTTATTTTATTTTATTTTTTTTTTTTGGTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTGTTTTTTTAAGACAGGGATTTTTTATGTAGCCCTGGCTGGCCTGGAACTCAGTCTGTAAACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCTGAGTACTGAGATACAGGTGTGTGTGTCCACCACCTCCTAGCCACAAGTCATGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAATATATATATATATAGTAAGTGGATAGTTAATAATACTGATTCTGTATCTTACCACCTGAGTCTTGCACCAGAGAATGGGAATTATTTAAAGGAATAATAATAGCAGTAGTTGGGTTGCTTTTGTTTTTTCATACATTTAAACTGAAGCCACCAACCCCTTCTGCCATAAAGACAACTTCCTGCTTGCAACAAAGAGGGGAGGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGCAAGCATTGCTTGATGCTGTAGTCACCTATGGCTTTACCCAGACTCCCTCACCAGCACCCGCCCACCCCGGTCCCCTGACCGTCACTAGGCTTGCTCTTGGCAGCTCGTGTCCCAGCAGAGCAGTACTAGGTCCCCAGCATGACTAAACTTTGTCCATGTCTTCCTGGATAAACTCAGAGAAAAGAAAGCTTCATTTGTGTTAAGGTTGGTCCTCATGGGCTATTTCCTTTTCAAATCGTGAGGATAGGACGAGATTGTCTTTCTCTGTCTTTATTTTCTGAAAAATAAGTAATTCATGTTTGTTGGGAAAGTCCCAGGGTATAAAGATGAAAGTCTCCTAACTTTTGTGAGACTGATAATGTTTTATCCTACTGTAAAACATTTGAGGGGGGGGGGGGAATGTCCATCCATCCCCTCTCTCTGGTGGATATGTGAAAATTCAACAACCCGTAGTTCCAAAAGCATTGCTTTTGTTTTATTTTATTTTAAAATCCAAGAGTAAAATGAAAGTGTGCCATTACTGGGCAGCTTTCCTGGAGTCACTGAGCTGGAATGGGTCTAGGAGCCTGTGTCCTCTGTCTGTTCTCATGTGTTATGTTTATAGCATCCCTTCCAGCCACATCTCCCTCCCCAGATTCAAACAACTCCTTGGTCTGAGCTTCTGGCTGCTCTTACCTCTTGCTCTTGCATCCTCACCTTGTTGGTGACTCTAGACTGCCACCATGCATTGTTTTAATTTTGAGCACAATGTGAATTCTTTCCGGATGTGACTGTTCTGCCTTCTTTGGGCGGTGACTCCATGGATCACGTGCACTTCTCTGCTGGGAAATGAAACCTCTGGTGCTTCTTTCTTTGCCACCTAATTT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Seq C2 exon
GAAAAGCGGATCGTGTCCCTGGATTCAGCCAACACGAGACTGATGAGTGCGCTGACACAAGTGAAGGAGCGGTACAGCATGCAGGTCCGCAATGGCATCTCTCCCACCAACCCCACCAAGCTTTCCATCACGGAGAATGGTGAATTCAAAAATAGCAGCTGCTGATGGCCTTGGTGACACAGACTGTGGGAGGAGGCAGAAGGAAGTTGCCCAGCTCTCCTATCCCAGCCCTTTAACCCTCCAGGTTTACAGAATGTTATTTCAAATGGCAGTGTGGTGAGAAACTCCTAAATGAAGAAAGGAACCTTGTCTTTCAGGGCTTAAAGCAAAGACTTGAAGTTTGATGCTTTTCCCAGTGTCTCTATGTACATAGGGAACTTAGTTCTGGGCCGTGTACAGAAATACCACTGTAATATACCAAAAGGAAGTTAATAATGTAGATTACCTTTTTAATTATTACTATTTTATTATTGTTTTTCTCTTATTGAAAGCACTGCAGTTGTTAGTGGAGGAAAAGTAGGAGCCAAGTGTGAGTGAGGAATAAGCCTATTGGTTCAGTAGGTAGAGTTCATGTATTAGATAGGAGCACATGGAGTACGATAGGACCTTGTCGGAATGGATTTTTTTCAGGGATTCATCTGCCAGTTTAAAAGCCCCACCATAGTCCTTACCATTAGGAAAACTTGCAAATACCAAGATACATACAAAACAGTAATTTATGCCACTGATCAACCAAGATGCTTCTAACAGACTGTAACCTGCTTTGGAGAGCCGCCGTTTCAGAAGACACAGATAAAAGTGGTTGACTGTACCAAAACTAGACTAGGAATGATTTCTCTTGAACTCCTGTCAATATTTATTTCCTCCATCTATAATGGACAGTTAGATGTGGGATTTTTTGATTTTACTCCAACTTTTTTTAAAGTGCTCTTTAGAGCTGACAGATTTGTAAGTACCGTGTCTCTATCTACTGTCTTCATGTTCACTTGTCCACTGCCCTTTCCTCCCAGGCTGGGAGCGGTCAGCACCAACAGGACTCACTCTCCCCTGGAGAGTGGCCATTCAAGTAGACCACTCATAAGCCATCTGACTAAATACCCTTTTTCCACACAGAAAAGGGCTAACTATACAGCAGAGCAGGAATCTCTGAATATCCCACTAAACGTTCTCTTCCTATTTGTCAGTTGTATTTTTCCTTAGGATAAAGGTTTTATCCACTATATTAGCAAATCTGTGGGCAGGGTAACCCGTCACCACTTAACATGAATTGCTTCCTCTTTCTATTTATCCTCTCCATAAAATTTTGGAAGCTATCTAAAACTGAGACATGCCCCTTAAAAATGATGATTAATCTTGCTAGAGAAAGGATGACACATTCTGGTTGTCATTCCACACTCATGGTAGACTCAGCAAGACTGACCTAGATTATCATTAATGACTTTGATATAGGACAGAAAATCTGTGGTTTTCTCCAGAGTGTGACATGTCATCTGGAAATCTGGAATGCAGGCTTGATTACCAGAGATATGGAAAGTTAGATGCAGGTTAAGCAAATATTTTATATATATATAAATATATATATATACATATATTCACACATGTACATACAATGTGCACATCAAAAATGGTCATATCTTCTGTGCTGTCAGATATACAGAGATAAATGTTTAAAAGGGTCTTGAATCTCTTTAAGCAAGATCTACACAGTTTTACAAGGGAAAAAAACATTTCTCGAATAAGTCAAAGTTTCATTTTGTTTTTTAAGTTATAAACTTCAAGAATTTTTTTCTAAGTAAAGGACGAGGGGGGAGACATAACGGAGCCATATGCATGGAGTATGTGTTTCTACATAACAGAAAACTTACGAGGAAACGAGAGAACATGTATAGTTCCCTCCTATTTGAAGCCCAGGTGTAGATACCAAGGCCTCCTTCCCCCCAAGTCCCAGGGGTGCATTCCAAGCCTCACTTGCTCCTCAGTTGACCTTTGGGTCTGACCTTGTACTTCAGCCACCTCACCAGAGCCCTCAGCCTACAACCTGTGAAAGGGTTTCTTCATAACTCTTAAAAGCAGGAGAATCCCACTATGCTTAGAACTTCAGGCTCCACGCCCACTTGAGCCTTCTCCTGACCCTCAGCAGTTCTTTTACATCTTATCTCTTCCCTCCAAGCTAAGGTCACAGTGTGGTTAAAATTACTTCCCAAGAAAGAAGGTTATTGATTCTTCAGTAATGCCCTGTATTGGAGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAAACATAGATCTTTTCATGTTTGTAGCCTAGCAGTGTTTCCTTCATTCTTCAAAATCCTTCAGTACTACCACACAAAACCTAGTCAAATATCAGTGTTGGTGGCCAGAAGTATATAATGTGGATAATGTCTTGCTTTGAGGTAGGGAAGGTCTTCAAGTGCAGGTTATAGATTACAGAGAGCTGGCCATATTGATGAATGCAGTTTAACTATTAACATTTTGGGACCTTCTTAAAGAGCCTGTCTGTATTACAAGATTGAATGCCCAAAGCATATTTCAAGGTTCTGTAATGTTACCATGAATGAAGGAAAAAAGTAAAAAAATAAGTCTTAAGAGAGTTAGGGGTCGAAAGTTCAGCATTGTTGCCTGATATTAAATCTTAGATTATCCTTTGAGCCTACTCATATTTTTAGCCTATCAGAAATATTCTGAACTGGGGTATAGCTCAGTTGGCAGAGTGCCAGCCTAGCATTCCAGAGGCCCTAGGTTCAAACACCAGCATGGTCTGAATTGGGGGGGTGGCACAGACCTGCAGTCCCAGCACTGTAGGGATAGGAGCAGGAGCATTGGCAGCCCCAGGGCACCCACCCTCTGCCTCGGAAGTTTCCTGGCCAACCTAAGCTGCTTGAGACCCTGTCTCCAAACTGATAACAGAATGGTTTTTGAGTATTTCTTTAGAGAATGTTACAATCCTATAAAGTTTATTTTGGAATTGTTTTGAGTATAGGAGAGGACAGCAGTGGGTGTTTTCTATGTCATTTCTTTACCCTAAATAAGTTTCTTTATCCTGAACAAAAATCGTTTTGCTTTGCTTAGGAGGAGATGTTTTTATAAAGCTGATGGCTCCTAGGATCCCTGTGTTTGTCTACAGCTCAACACAGTAGTAAGGGGTGAGACTAGAGCAGGCTTAGGTGGGTGTGGATTTGGCACACACACACACACACACACACACACGTCACTTGAAGCAGATTTCAGAAGAGCAAAAAGTCACATTCCCATGAGAGTAGCATTACTTCAGTGTCTGTCCCCTGTGTACTGCTTGGGTCTGGGACAGTCTTTCTCGGAATGGAAAGTGGGGCCATTATGTTACTATAGCTCTTCTTAATACCGTGTATTCGCACAGCCTCCTCCTTTCCTCTGCTATGGAGTTGAACAGTAAAAACATGAGTGTTTCTCAGACGAAGTGCACATGTGTGCACTGGGGCTGAGCATGACTTCATAAGCAGTCTATACCAGTGGCTTTTATATGGGTTGGCGGCTCTCCAGAGCCCTGGCTCCCGCTGTGTCCATATGCACAGCCAATTGGGAGCAGGTTTTATTTGAAGTTCCAGAGAACAGTGCCATCAAGTGGGCTTGCATTAGTGTTTGCTCTGCTTCTGTCCAGATTTAGTTCTGGTTCCTCAGAACCATTCAGTAGACTGACAGAGCTACAGGCTGGACCGTAGACTAGCCATGTCACTAACTCAATTCAGCAACTCTCCAGCCCATCTCACGGCTTTCTCAGCCGTGTTACTTATTCTCAGCAACGTTGGGGACTGTCTTCTGAAGACAGATCAAGCAAGTTCAAAGGACATTCTGCTCTATAGCACTTGACTTTTCCTAGTCAGTAACTTGAACTTTCCTGCTTGCCTCAGCAGTAAAAGTCACCTTCCTACCCCATACCTGGCATACCTTTTTAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATTTAAAGGACTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTGGTTGGTTTGGTTTGGTTTGGGGGATTTTTTTTTTGGTTTTTTGGTTTTTTTGAGACAGGATTTCTCTGTGTAGCCCAGGCTGTTCTAGAACTATTCTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAAGAGTTCCACCTGCCTCTGCCTCCAGAGTCCTGGGATTAAAGGTGTGTGCTGCCACTGCCTGACCATACATGTTTCTTAAAGCAAGTAATGTTTAGGCCCATTTTCTGTTTGAATAATTGTTATCAGTTCTTCTAGAACATTCTCCTGTCACTGATCCATCTAGGAAAGCACTTGAGCTTTGAAAGGACAAGGGTGGTGAAATTTGCATGAGAGAGAATAAATTTCTTTCAGAAAGATCCTGAGGAAGACACATGATCCAATCGCTTGTTGCTCAGAAGTTCAAGGAAACAAGTGGAGTGGCGTCCCCTGGCTCTTTCTAGGATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGGCAGCTCCTGAGACAACATGTAACATGCCTACAGAAATACCACTCTTAGGACACTCCTTTAAAAAAAATGTTAATCTACTTTGTAAACCAGTAACTCCCAGACTTTCTTGAGGCTTTGTTTTTGTTTGGTTGGTTTTTAGATTTTAAAACATTCTATTCACTTTGAAATGTACTATATGTGTTATATGTATATATAAGTTATAGTGACTTGAACTCTGTTTGGCATAGGCTGAGAACTATTGTTGGTAGCATAGAGTGTACAGAGCAGCCGCTGACTGTCACCATCTGAGAGCAGGATACAGAAGGGAGTTTGGTTCCTCAGCAGTGAATGCCCAGGTGCTTGAGCAATGGCCCAGCCAGCCTCAGTGAGGACGGCAAGCCACCCAAGGAGAGGAGAAGAGAAACTGACCCGCTGTCCCAGCACACAGGTTTAATTTTGTACTCTTTCATTTCTTTATCAAATGACCTCATTATTCCCTAAAAAGTCT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000070565:ENSMUST00000078308:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.192 A=NA C2=0.644
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120043=DUF3498=FE(5.8=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=PD(4.8=43.6)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types