Special

MmuINT0132040 @ mm9

Intron Retention

Gene
Description
RAS protein activator like 2 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:2443881]
Coordinates
chr1:159065314-159076408:-
Coord C1 exon
chr1:159076321-159076408
Coord A exon
chr1:159071007-159076320
Coord C2 exon
chr1:159065314-159071006
Length
5314 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CCACGATTGGTGTGTTGTAGGAA
3' ss Score
7.25
Exon sequences
Seq C1 exon
GCTAATGGCTGTGGAAGAAGAATTAAAGAAAGATCATGCTGAGATGCAAGCAGTTATTGATGCAAAGCAGAAAATAATTGATGCACAG
Seq A exon
GTAAGCAGGCCCTGAACTTAGTGAAAACACTTGTTTTAATAGCTTTTACTCTCTGACTTCCCATCCTTGCAAATGGCAAATCAGTAGAAAACAAGATACTGGAAGTTTCTTGGCATTATCCTTTGAATATTGGATGAGTTTCCATATGACCTCCATATTGATATAGCATTAATATTAGTGTGTAAAGTACTGTGTATTTAATGTAGTTGTTTGACAAGTCTTAGCAAGGTACATGATGAAGTTGGCTTCTCTCCTTGAGGAAAGGAGGGCATTCTCTAAGAAGGAAACTGTAGAAAAGTGCACTGCATATATCTGGGTTGTGACCTACACTAACCATTGCTTGGCTGTGTTCTGCACGGTCTTGTCAGTCACATCCACTGCCATCCACGCCTAGTCACAGCAAAGGAATTGTAGAGGAAAGATAAGGTTGTAGGAGACAGCTTTCCTTGTTATCCTTTTGGTTCAAGGGTTGGCATTGCCGCTTGGAATGTGCTTGGCTGCCCTTCTTTGTTGGTGCTATGCTCAGAAAGCCTCTGGATAAAACTATTTTTAAAAATATTGATAAAATTAGAACCTAGGTTTCTATTGATGACAGCTTACACCTAGTAGAATGATACCCTTCACAAGGAAACACACCATTGATCAGAGCAAAATCTAGTATATATGGAATATTTCCAATTCCTTGTTGCTTTATCACTGTAGAGTATGATTTATTTCTTATATGGAAATAAGTTACAAAAGGCAATTACAGTTTTGATAGTGATTTATCTAACCACATCTCCGGGGAAAACTAGCCAAGCCCCCAGTATTCTTACACATGCCCTTCAACAAGCAAATTTTCTTATGAGCTCAGTGTAAAGTGGGTTTATTTTTCAAACTAGGAGCACAGCTGTGGGAGGGCGCTTCCCAGGCGTCATCTGTCTTGAAGCCTTGAAGCACACTGGGCTTAGAAGCTCGTTGTGAGATGTGATGCTTTCTTACATACATAGCTCCCAAACTGTTTTAGAGTCAAATTCTGGATGTTTGACCTCTTTTGAGCCAGAGAAATATATGCTATGATTACCTTACATGCCCTTCTTACTTTTATTCTTTCAAGGTATTCCCAAGGTAAGCTAGGAAGAATAGTAGAAACAAGGCCATATTGCCATATTATCAGATTTAAAAAAAAATATATCACTCCTTAATCTTAAGAGAAATAGCATAGATAAAGATAGTAATTTCCTCAAGAAAACTAGTGCTGAAAAGTTTCCCCTTTGGATTCGCGGTATAACAATGTGAAGCAATGTGAGCCTTATTAGTAATCACACAGCGAGATCTTAGTGCTGGAACACAGCAGATTTCAGCCAATTTTAGTGCAGTCTTAAGCAGAGGGAACTTGCCAGCAACACAGTATGACTCTGTATGCTGGCTGGCAGGACAGCTCCAGCACTAGTTTCCAGGGAGTTTCACCTCCACCTGTCTCCAGTTTTGATGTTAAATATAAAGCAGAAAGTGGTCAATAAAGATGGAATCCAGGAAGGGAATTTGATTGACCAGAAGTCAGAAGCTCTCAGAGGTGGAAACAATGGTATCCTCAGAGCTCAGGCAGTCAGACTTATGGTCTGGCAGTTTGCTTTTCCAATGGCTTGGTTCTCTGGACTATTTCCATTGAACCAAGGTACCTTCCATAAACCAATACACTCACTGACTACACAACCATGAAGACCACTCTCAACTAATGGGTCAGAACATTCTGGGTTTGATTAAATGTGATGTGCTTCCCACTAAAGCATAGGCTTTATTATAGTATAAATCCCTCTATGAAAGCTAATATAGATCCATCAAGAATACTCAGACTGAACCACATTTGAAAACTGCTGCACAAACTATAAATACCAAGGCAGCTCAAAATATAATAGTGTCTTAAAAGGGAGCATTCTCAATCCAAGCTGCTGGCTTACTGGTACATAGAATCGTAGAATAGCAAGACTGTACATACTTATTCATTGTAATGAATGGCTTATTATCAGATTATTTTCTGCAAGAACAAATCTTATCTCTTAAGTGAGTGTTGAAGCAGAGTAGTCCTCTTGGCTTCATTTCTTCAATGATGACATGTTTGGGAATAATAGTCTACCTAGGAGGCAATCTATACTTTGATATATCAGCCCTGTGTCTTACTGTCAATAATAGTAAAAAATCATTTCTAAAATGGAAATAGTTACTTTCTTTGCACTAGGATTAATTATATCATTTTTCAGAACACTAGCACTCAGGTACCCAGGAGTGGTTTTCATCTCTCGTGGCAGCCCCTGCTCCTTGACAGGGAGTTCAGCTTCTCCCTCTCCATGAGTCAGTTCATGCTGCAAAGCACAGGCCCACATCAGTAGTCCCTTTCTAGCAGGACTGCAAACGGATGAGTGGCAGAATCACCCGTCCTGAACCTCACAGCTCACTGGGGTCACAGTGATAGCACCAAAGACTATACGAAGTGTGGCACCTTTCACCCCTGTGACAGGATGGAGAACAGAGAGGGGCTTCTTCCTATGAGAAACAAAGCAGCTGCCTAGTTACTATTGCAAGTGATATCTCCACTGTGTTAAATTACAGGTCATAAATGGAAATGAGATTATTCAAACAGGCAAGTAAACCCTGTCGTTCTCTAGCTGAGCAGTCCCCAGCCCTGGCCAGTGCACTGGCCTCCTACACATTCCAGCTCCGGGCACTCCCGTGTTAAGTCCTTCCTGTCAGGAATGTTAGATTGCTTTGCATTCTAACCCAGGCAGAATCAAATGGCATAGCAACTTGGGCCAGCTGAGCCTTGGTTTCCTGTTTGAGATTGTTTTTAGTTTAGTGGGGGTATTTTTTATTCCATTAATTTCTGTTTCATTTTGAAAGCTGGCAGTGGGGAAAACAAAGGGAGTTTCTCTGCTTAGAAACTTTGAGATATCTAGTAGGGGAGGTTGTTTGCTATCAGTTATTTGCAGGTAATATATAATCGCAATCCTTCTCAGGCTCTTTTTTTACCTTTTATGACTAAACTTGATTTTTAAAAGAGCTGGGAGATTGTCTTGTTTTGTTTTTGTGACTGCTTGATTTTTTTATGAACCCCAGGACCAGTGTTTTTCTTAGTATTGGGGCCTTATCATTTGTTACTGAACTAACTTTCCTTGCCTATTCTAAAAAAATGCCAGTTATGGTAAAAACTTTTTATTTATATAATACATAAGAAATTTGATACTGACAAAAATGAAACAAATATTTATTTAAAAATGTAAGTACCGTTTATTCCATTTAGGGGTAATTACATAGTGTGAAGAGGGGAATTATATTTGGAATCTACCTCTTAGTTTTTAGCCTATCCTTACTTATTGTCTTTGAAAAGACCTGTATTTGTTCTCCCAGTAAATTCCACTAACTATAATTTTTAAGTAATTACTATTTTTTAAAAGGATAATAAATCTGTCTTTGAGTTACTCCTGTTCTTAAAACAAGTCATCTTTCTTTTTTCTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTCTTTTTGGGTTTCTGGGTTTTTTTGTTTTTTTTATTTTATTTTATTTTTTTTTTTTGGTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCATTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCGGCTTGTTTTTTTAAGACAGGGATTTTTTATGTAGCCCTGGCTGGCCTGGAACTCAGTCTGTAAACCAGGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCCACCTGCCTCTGCTTCCTGAGTACTGAGATACAGGTGTGTGTGTCCACCACCTCCTAGCCACAAGTCATGTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTAAATATATATATATATAGTAAGTGGATAGTTAATAATACTGATTCTGTATCTTACCACCTGAGTCTTGCACCAGAGAATGGGAATTATTTAAAGGAATAATAATAGCAGTAGTTGGGTTGCTTTTGTTTTTTCATACATTTAAACTGAAGCCACCAACCCCTTCTGCCATAAAGACAACTTCCTGCTTGCAACAAAGAGGGGAGGGGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGGGGCAAGCATTGCTTGATGCTGTAGTCACCTATGGCTTTACCCAGACTCCCTCACCAGCACCCGCCCACCCCGGTCCCCTGACCGTCACTAGGCTTGCTCTTGGCAGCTCGTGTCCCAGCAGAGCAGTACTAGGTCCCCAGCATGACTAAACTTTGTCCATGTCTTCCTGGATAAACTCAGAGAAAAGAAAGCTTCATTTGTGTTAAGGTTGGTCCTCATGGGCTATTTCCTTTTCAAATCGTGAGGATAGGACGAGATTGTCTTTCTCTGTCTTTATTTTCTGAAAAATAAGTAATTCATGTTTGTTGGGAAAGTCCCAGGGTATAAAGATGAAAGTCTCCTAACTTTTGTGAGACTGATAATGTTTTATCCTACTGTAAAACATTTGAGGGGGGGGGGGGAATGTCCATCCATCCCCTCTCTCTGGTGGATATGTGAAAATTCAACAACCCGTAGTTCCAAAAGCATTGCTTTTGTTTTATTTTATTTTAAAATCCAAGAGTAAAATGAAAGTGTGCCATTACTGGGCAGCTTTCCTGGAGTCACTGAGCTGGAATGGGTCTAGGAGCCTGTGTCCTCTGTCTGTTCTCATGTGTTATGTTTATAGCATCCCTTCCAGCCACATCTCCCTCCCCAGATTCAAACAACTCCTTGGTCTGAGCTTCTGGCTGCTCTTACCTCTTGCTCTTGCATCCTCACCTTGTTGGTGACTCTAGACTGCCACCATGCATTGTTTTAATTTTGAGCACAATGTGAATTCTTTCCGGATGTGACTGTTCTGCCTTCTTTGGGCGGTGACTCCATGGATCACGTGCACTTCTCTGCTGGGAAATGAAACCTCTGGTGCTTCTTTCTTTGCCACCTAATTTCCATGTTTCAGTTTTGACAAAAGCACTTACTACATAAGGCAGCTTGACTGATGGTGTCATTTTTACAGACAGCCTAGTAATGAATGCCACAGAGTGTTGTTGGTAAGAAGTCCTGTTATGCAGAAATGAGTAACAGAGATTAAGGGGAGGGGGTGCTGAGCCTAACCAATGTGCAGAAAGAGGCAGAGACGTTCCATTTGTTTGGGGAGCACCATGTGTACCATGCTGTGACAGAAAGTACTAAACTGTTGATTCAGTAAAGAAGGTGGCCTCTTCCATGCAGCCTGAATAAAGCCACGATTGGTGTGTTGTAG
Seq C2 exon
GAAAAGCGGATCGTGTCCCTGGATTCAGCCAACACGAGACTGATGAGTGCGCTGACACAAGTGAAGGAGCGGTACAGCATGCAGGTCCGCAATGGCATCTCTCCCACCAACCCCACCAAGCTTTCCATCACGGAGAATGGTGAATTCAAAAATAGCAGCTGCTGATGGCCTTGGTGACACAGACTGTGGGAGGAGGCAGAAGGAAGTTGCCCAGCTCTCCTATCCCAGCCCTTTAACCCTCCAGGTTTACAGAATGTTATTTCAAATGGCAGTGTGGTGAGAAACTCCTAAATGAAGAAAGGAACCTTGTCTTTCAGGGCTTAAAGCAAAGACTTGAAGTTTGATGCTTTTCCCAGTGTCTCTATGTACATAGGGAACTTAGTTCTGGGCCGTGTACAGAAATACCACTGTAATATACCAAAAGGAAGTTAATAATGTAGATTACCTTTTTAATTATTACTATTTTATTATTGTTTTTCTCTTATTGAAAGCACTGCAGTTGTTAGTGGAGGAAAAGTAGGAGCCAAGTGTGAGTGAGGAATAAGCCTATTGGTTCAGTAGGTAGAGTTCATGTATTAGATAGGAGCACATGGAGTACGATAGGACCTTGTCGGAATGGATTTTTTTCAGGGATTCATCTGCCAGTTTAAAAGCCCCACCATAGTCCTTACCATTAGGAAAACTTGCAAATACCAAGATACATACAAAACAGTAATTTATGCCACTGATCAACCAAGATGCTTCTAACAGACTGTAACCTGCTTTGGAGAGCCGCCGTTTCAGAAGACACAGATAAAAGTGGTTGACTGTACCAAAACTAGACTAGGAATGATTTCTCTTGAACTCCTGTCAATATTTATTTCCTCCATCTATAATGGACAGTTAGATGTGGGATTTTTTGATTTTACTCCAACTTTTTTTAAAGTGCTCTTTAGAGCTGACAGATTTGTAAGTACCGTGTCTCTATCTACTGTCTTCATGTTCACTTGTCCACTGCCCTTTCCTCCCAGGCTGGGAGCGGTCAGCACCAACAGGACTCACTCTCCCCTGGAGAGTGGCCATTCAAGTAGACCACTCATAAGCCATCTGACTAAATACCCTTTTTCCACACAGAAAAGGGCTAACTATACAGCAGAGCAGGAATCTCTGAATATCCCACTAAACGTTCTCTTCCTATTTGTCAGTTGTATTTTTCCTTAGGATAAAGGTTTTATCCACTATATTAGCAAATCTGTGGGCAGGGTAACCCGTCACCACTTAACATGAATTGCTTCCTCTTTCTATTTATCCTCTCCATAAAATTTTGGAAGCTATCTAAAACTGAGACATGCCCCTTAAAAATGATGATTAATCTTGCTAGAGAAAGGATGACACATTCTGGTTGTCATTCCACACTCATGGTAGACTCAGCAAGACTGACCTAGATTATCATTAATGACTTTGATATAGGACAGAAAATCTGTGGTTTTCTCCAGAGTGTGACATGTCATCTGGAAATCTGGAATGCAGGCTTGATTACCAGAGATATGGAAAGTTAGATGCAGGTTAAGCAAATATTTTATATATATATAAATATATATATATACATATATTCACACATGTACATACAATGTGCACATCAAAAATGGTCATATCTTCTGTGCTGTCAGATATACAGAGATAAATGTTTAAAAGGGTCTTGAATCTCTTTAAGCAAGATCTACACAGTTTTACAAGGGAAAAAAACATTTCTCGAATAAGTCAAAGTTTCATTTTGTTTTTTAAGTTATAAACTTCAAGAATTTTTTTCTAAGTAAAGGACGAGGGGGGAGACATAACGGAGCCATATGCATGGAGTATGTGTTTCTACATAACAGAAAACTTACGAGGAAACGAGAGAACATGTATAGTTCCCTCCTATTTGAAGCCCAGGTGTAGATACCAAGGCCTCCTTCCCCCCAAGTCCCAGGGGTGCATTCCAAGCCTCACTTGCTCCTCAGTTGACCTTTGGGTCTGACCTTGTACTTCAGCCACCTCACCAGAGCCCTCAGCCTACAACCTGTGAAAGGGTTTCTTCATAACTCTTAAAAGCAGGAGAATCCCACTATGCTTAGAACTTCAGGCTCCACGCCCACTTGAGCCTTCTCCTGACCCTCAGCAGTTCTTTTACATCTTATCTCTTCCCTCCAAGCTAAGGTCACAGTGTGGTTAAAATTACTTCCCAAGAAAGAAGGTTATTGATTCTTCAGTAATGCCCTGTATTGGAGCGGGGGGGGGGGGGGGGGGTAAACATAGATCTTTTCATGTTTGTAGCCTAGCAGTGTTTCCTTCATTCTTCAAAATCCTTCAGTACTACCACACAAAACCTAGTCAAATATCAGTGTTGGTGGCCAGAAGTATATAATGTGGATAATGTCTTGCTTTGAGGTAGGGAAGGTCTTCAAGTGCAGGTTATAGATTACAGAGAGCTGGCCATATTGATGAATGCAGTTTAACTATTAACATTTTGGGACCTTCTTAAAGAGCCTGTCTGTATTACAAGATTGAATGCCCAAAGCATATTTCAAGGTTCTGTAATGTTACCATGAATGAAGGAAAAAAGTAAAAAAATAAGTCTTAAGAGAGTTAGGGGTCGAAAGTTCAGCATTGTTGCCTGATATTAAATCTTAGATTATCCTTTGAGCCTACTCATATTTTTAGCCTATCAGAAATATTCTGAACTGGGGTATAGCTCAGTTGGCAGAGTGCCAGCCTAGCATTCCAGAGGCCCTAGGTTCAAACACCAGCATGGTCTGAATTGGGGGGGTGGCACAGACCTGCAGTCCCAGCACTGTAGGGATAGGAGCAGGAGCATTGGCAGCCCCAGGGCACCCACCCTCTGCCTCGGAAGTTTCCTGGCCAACCTAAGCTGCTTGAGACCCTGTCTCCAAACTGATAACAGAATGGTTTTTGAGTATTTCTTTAGAGAATGTTACAATCCTATAAAGTTTATTTTGGAATTGTTTTGAGTATAGGAGAGGACAGCAGTGGGTGTTTTCTATGTCATTTCTTTACCCTAAATAAGTTTCTTTATCCTGAACAAAAATCGTTTTGCTTTGCTTAGGAGGAGATGTTTTTATAAAGCTGATGGCTCCTAGGATCCCTGTGTTTGTCTACAGCTCAACACAGTAGTAAGGGGTGAGACTAGAGCAGGCTTAGGTGGGTGTGGATTTGGCACACACACACACACACACACACACACGTCACTTGAAGCAGATTTCAGAAGAGCAAAAAGTCACATTCCCATGAGAGTAGCATTACTTCAGTGTCTGTCCCCTGTGTACTGCTTGGGTCTGGGACAGTCTTTCTCGGAATGGAAAGTGGGGCCATTATGTTACTATAGCTCTTCTTAATACCGTGTATTCGCACAGCCTCCTCCTTTCCTCTGCTATGGAGTTGAACAGTAAAAACATGAGTGTTTCTCAGACGAAGTGCACATGTGTGCACTGGGGCTGAGCATGACTTCATAAGCAGTCTATACCAGTGGCTTTTATATGGGTTGGCGGCTCTCCAGAGCCCTGGCTCCCGCTGTGTCCATATGCACAGCCAATTGGGAGCAGGTTTTATTTGAAGTTCCAGAGAACAGTGCCATCAAGTGGGCTTGCATTAGTGTTTGCTCTGCTTCTGTCCAGATTTAGTTCTGGTTCCTCAGAACCATTCAGTAGACTGACAGAGCTACAGGCTGGACCGTAGACTAGCCATGTCACTAACTCAATTCAGCAACTCTCCAGCCCATCTCACGGCTTTCTCAGCCGTGTTACTTATTCTCAGCAACGTTGGGGACTGTCTTCTGAAGACAGATCAAGCAAGTTCAAAGGACATTCTGCTCTATAGCACTTGACTTTTCCTAGTCAGTAACTTGAACTTTCCTGCTTGCCTCAGCAGTAAAAGTCACCTTCCTACCCCATACCTGGCATACCTTTTTAAATTATTATTATTATTATTATTATTATTAATTTAAAGGACTTTTTTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTGGTTGGTTTGGTTTGGTTTGGGGGATTTTTTTTTTGGTTTTTTGGTTTTTTTGAGACAGGATTTCTCTGTGTAGCCCAGGCTGTTCTAGAACTATTCTGTAGACCAGGTTGGCCTCGAACTCAAGAGTTCCACCTGCCTCTGCCTCCAGAGTCCTGGGATTAAAGGTGTGTGCTGCCACTGCCTGACCATACATGTTTCTTAAAGCAAGTAATGTTTAGGCCCATTTTCTGTTTGAATAATTGTTATCAGTTCTTCTAGAACATTCTCCTGTCACTGATCCATCTAGGAAAGCACTTGAGCTTTGAAAGGACAAGGGTGGTGAAATTTGCATGAGAGAGAATAAATTTCTTTCAGAAAGATCCTGAGGAAGACACATGATCCAATCGCTTGTTGCTCAGAAGTTCAAGGAAACAAGTGGAGTGGCGTCCCCTGGCTCTTTCTAGGATGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAAGGCAGCTCCTGAGACAACATGTAACATGCCTACAGAAATACCACTCTTAGGACACTCCTTTAAAAAAAATGTTAATCTACTTTGTAAACCAGTAACTCCCAGACTTTCTTGAGGCTTTGTTTTTGTTTGGTTGGTTTTTAGATTTTAAAACATTCTATTCACTTTGAAATGTACTATATGTGTTATATGTATATATAAGTTATAGTGACTTGAACTCTGTTTGGCATAGGCTGAGAACTATTGTTGGTAGCATAGAGTGTACAGAGCAGCCGCTGACTGTCACCATCTGAGAGCAGGATACAGAAGGGAGTTTGGTTCCTCAGCAGTGAATGCCCAGGTGCTTGAGCAATGGCCCAGCCAGCCTCAGTGAGGACGGCAAGCCACCCAAGGAGAGGAGAAGAGAAACTGACCCGCTGTCCCAGCACACAGGTTTAATTTTGTACTCTTTCATTTCTTTATCAAATGACCTCATTATTCCCTAAAAAGTCT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000070565-Rasal2:NM_177644:17
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

Alternative protein isoforms

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.192 A=NA C2=0.676
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF120043=DUF3498=FE(5.8=100)
A:
NA
C2:
PF120043=DUF3498=PD(4.8=43.6)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
ALTERNATIVE
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Pre-implantation embryo development
  • Muscular differentiation time course
  • Spermatogenesis cell types
  • Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
  • Hematopoietic precursors and cell types