DreINT0131550 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005775 | scn8aa
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000828-1]
Coordinates
chr23:27388480-27391673:-
Coord C1 exon
chr23:27391555-27391673
Coord A exon
chr23:27388570-27391554
Coord C2 exon
chr23:27388480-27388569
Length
2985 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TTCATATCC
5' ss Score
-14.87
3' ss Seq
TTTCCTTAACTGATACTCACAGT
3' ss Score
-4.13
Exon sequences
Seq C1 exon
ACATTTGTAGTCCTAAATAAAGGGAAAACAATCTTCCGCTTTAGTGCCACACCTGCCTTGTACATGATAAGCCCTTTTAATCTTGCTAGACGAATAGCGATTAAAATTTTGATACATTC
Seq A exon
ATATCCTTTTTCAGCCGTCTAAATGTTGTCTTTTTCTGCATGAAAAATGTCTGTTTATTGCATGGATTGATCAGAAACAACACTAAAGAGATCTGAGAATGATATGTTTCAGTTAGCAGTCTGTTTCACTGTGGGACTATAACAGCAAATCAGTGGGTGTGGATGTAGGTGTGAATTTTAGATGCATGACAACTGTTTTGTTTGACAACAGAATTGCCAAATAGAGACAAGGGAAAGGATGAGTGTAGCTCTGTCGTCTGTTTTCAGCACATTGTGTTCTGTTTTGACGCTGCAACTCCTGGCCAAGGACATTGAGGTCAAATTCCTAATGGTGTTCTTACACCCTTTAAGGGAAGGGGAACATCATTTGTAAGGATGGTTCAGAATAAAAAGGGTACATGTGATTAGGGCTACACGATATTGGAAAAATCTGACCTTGAAATGCCTTATTTTCTTTAATATCTATTGTGATATATATATATTTTTTCCACAAGATGACTTAAACAGCTGTTTAATAAGAATTCTGGTTTTGAAATTAAATAATCAAATGTAAAATAGCTCTGCATAGTCTTCATTAAATAAATAATTAAAAAAGATTATTTTTAATTTTAAGTTACAAATGCTACAATTTCTTGTGCCTGATAGATTTAAACTCTCTTAATACACTTAAACAGTCACAGGCTTAAAAACACATGTAAATGATAAACTTTTGCTCCATTATGGTAAAAACCTTTAATGACTGTGGCTCCTGGGCAACTATAATGACTATAATAAGCAGGGCGGCGCCCGGTCATTACCTGGATGGGAGACCACATGGGAAATCTAGGTTGCTGCCGGAAGTGGTGTTAGTGAGGCCAGCAGGGGGCGCCCAACCTGTGGTCTGTGTGGGTCCTAATGCCCCAGTATAGGGACGGGGATTTTATACTGCTCAGTGAGCACCGTCTTTCGGATGAGACGTTAAACTGAGATCCCGACTCTCTGTGGTCATTAAAAATCCCAGGATGTCCTTCGAAAAGAGTAGAGGTTTAACCCCGGCATCCTGGCCAATTCTGCCCACTGGCCTCTGTCCACTGGCTTCCTAACCCTTCCCATATCATAATTGGCTTCATCGCTCTGTCTCCTCTCCACCAGAGCTGGTGTGTGGTGTGCGGTCTGGCGCAAAATGGTTGCTGTCGCATCATCCAGGTGGATGCTGCGCACTGGCGTTGCATGAGAAGATTTCCCCCCATGTGTAAAGCGATTTTAGTGCCCAGAAAAGCGATATGTAAATGTAAGGAATTATTATTATTATTTTTATTATTATTATTATTATTATAATACCAATTCTACATTGAGATCCTGCGATGTGACTATTGCGGATACACACATTGCAATATCTATGCTAAAATGTTATATTGTGCAGCCCCACATGTGATGGTCACTTTAAGAAAGAAAAACTTTTCTTTTGAATGTAATGTGACCCAGGATGACAAAATTTTTGTCTTCAAAATTAATTTTTATAGTTGTTTTGAACCTTTAAATTAAAAGGTTTAATTTCAGGTAAAATTTCAGGTAAAGATAATAACGTTTTTCTTTGCTCATTTCACAAAGTCTCCATTGCTTTGCTCGTCATAGTAGTTCATAAGGATGCTATGCTCACTTTTGATTATATTTCATCCTTACTTTAAGATATAATACAGCAGTCTCAAAACTGGCCAGTATTGCACAAAAGTAAGACTTTCTGACAACATAGTAGCAAGATATGTGTTTTGTTCAGATTTTGATGCCACTTATTTCACATTAACTTGCAGTTCATTTAAAAGAATGAAGTATGGCCATTTTCAAACATACTCTATTGACCTTATTCTTCGCAGTCATTTTGGCTCGAGATTTTCAGTCAAATTCACTTCCATTGATTTTCTTTAGACGTTAAACCAGCTCATTATGCGGCTTCATGTTTTAAACGGATCTTTTCTTATTGTATTATTTTACTTTTATGTATAGTCATAAACATACTTGTTTGGATAGCAAGCGGTTGGACCATTTTCTGCTGTTTATTATTACTAGTCATTTTTCCCTGAATCGGAAGTTCCAAAATCGCAGAAACAGGCACACTTCTGCATTGAAGAATAAAGTCAATACCACAAGATTCAAACACTAATGTTTTGTGCTGTGAGCGTTAAGTAACGTAATGGTTAATAAGGTTGAAGGATCTGATCTGCATAAATAAATGACACAAATGAGCTGAAAACTGACTGGTATGTTGGCATTAGCGCCATTTAGTGATGCGTGTTGTATTATTGAATATTGACAATATATATACCTTTCTTGGTAACACTACCGGTACTTACTAAAGTAAATCATGTATAAATCAGCCCAGGCTTATTGCAAAAACCTTTCGTAGCTTATATATGTTGCTCTGGGTATATTTGGTTGCACATTTTAAAGAACAAATCTACTAGAGGGTGGTATCTGTTATTGCAAATCTAAAATGCGTTGCTTAGGGTATTTTTCTAGTATGTTTGAGATATTCTTGTAAACGTCTAAAAGAAGGCAGAGCTTGTCGTATAGATCACCTAGTGAATCACTGATCTAAACCCAAACAATAGTCTTTTTTCAAGAGCAAACATAAAAGAAAAGTACACTGCCATCACATAGCTTTACCTTGATTTTTCAAATGCTTTTCGATTGTCTTTTTTGTTGAACCGTGTTACACCGTACTCAGGCCAGTGAGCTCTGCATCAAAAGTACAAGACCGTAAAAAGTTAATTTCAACAATATGTGCTTACAAAAATATTTAATGGAGACTTTAAATGTAAATTTTGTCAAACCTAACAGTGCTTTATAACTAGTCAAAAATCCTTTTCTCTATTTGGCAATTGATTTATTTATTTGGTAATTTATTATTGATGAATGTCCCAACCTTTATATTTGCAAAGTAAAATGTATGTTGTAACTCTTTTTTTTTTCTGTGATTATTTCTGAATTTCCTTAACTGATACTCAC
Seq C2 exon
AGTATTCAGCATGTTCATTATGTGTACGATTTTGACCAACTGTGTGTTCATGACTTTTAGTAATCCTCCCGAGTGGTCCAAACAAGTAGA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005775:ENSDART00000022042:3
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PU(0.8=6.5)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]