DreINT0131556 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005775 | scn8aa
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000828-1]
Coordinates
chr23:27370279-27375456:-
Coord C1 exon
chr23:27375315-27375456
Coord A exon
chr23:27370486-27375314
Coord C2 exon
chr23:27370279-27370485
Length
4829 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CTGGTAAGG
5' ss Score
9.68
3' ss Seq
ATATTGTGCTTCGTCCACAGACA
3' ss Score
10.13
Exon sequences
Seq C1 exon
TCGCTGTCCTGAAGGTTACACATGCATGAAGGCTGGCCGTAATCCAAACTATGGCTACACCAGCTTTGACAGTTTTGGCTGGGCTTTCCTGGCTCTCTTCCGCCTCATGACGCAGGACTTCTGGGAGAACTTGTACCAGCTG
Seq A exon
GTAAGGGCGGGGTCTCTTTTCCCTCTTACATCACTTTAAGTTCCATTTTTTTTTTTTTATGCATATCAGAAATCTTAAAGGAATAGTTCACTCCAAAATGAAAATACTCATATACTCAATATACTCATATTCATGCCATTTCAATTGCATGAAAATTGTGTTCATCTTCTGAACAGAAATGCAGATATTTAAATAAAATGTGAGAGATTCTGTCTAACTACTAAAGGCCAGTTCACTCATTACTCATCACTATTACAGCTACATTTAAACAAGGAAACAAATGTAAGGATATAGTCCTCTCTAAATGCCTATTGCTAGGGATATTGTCACAAAGTTTTGCATTTACAGTAGTTGTATACAGGATATCTGCGGGGTCTTAAATAGTATTAAAAACAATATTTTAGGCCTTAAAGTTCTAAATTGACTGAAATATTGTGTTGTATGTCTTAAATCATTTTAACAGGTCTTTATTTTCCTATGTCTATGTAAAGCTACCCAATCAGGCCAACGCCCTTCCAATCACTAACATTTTATCTCAATAAAGGTTTTAACAAAAGGTTTATTTATTAACTCTGTTGACCAATTATGGTTTAATTTTTGTCCTTTGTGTTTAGACTTGTGTATTGTATATAGATTTCATTCATAATGGTCTTTAAAAGTCTTAAATTTGACTCAATGATAACTGTAGAAACCCTGTTTATACTATAATATACATTGTTATTTAGGGCTGCAAGATACTAGAAAAAGATGCAATATTGTTGTTGAATATTGTGATGATATTTCTTACGATGAAGAATTTGTTTAGAAAATTGCTATTTTTGTAAGCTATGTTTTTAAAATTAGTTATTTATTTAGTGATATTAAAATAAACTGGTAAAAGATATATTTTTGATCTAATTAATTCCAATTCAGAAAAAAAAGGTTATGGAGAAAACCTTAGCAGTTATTCTGACTCTGATTGGCTGTTGTCATTTTGCTGTCTTATGTCTCCACTCCCGCCATTTGCATCTATATTCAACTCTGGGTTCACCTTTGTGATGCTCCAGCCAATAGCAGAAGAGCAATTATAGAGAAAGGGGGGGTTAAAGTTAGTTAGGCCCCATCTGATTGGACAACCAATGCATAAAATAAATGGCTGAGATGCGTATATTGCATAAACTATTAACGCAACAATGATAATATTGCAATATACACTACCTGACAAAAGTCTTGTGGCCTATCCAAGTTTTAGGACCAACAAATAATAACTCGACTTTTAGTTGATCATTTGTTATCAGAAGTGGCTTATATGAAAGAGACAAGCCTCTAGAGTACGCTTATTTTACCTAAATAAAATATGATTATGCCTTGATTTTTAATTATTTAATTATGACTGTAAGGTCTGAGTTTGTGTTGACAAAAGTCTTGTCACTTAGCAGAAATAATGTACAGTATAGAATATAAAGTCATGGTGCAGAGGAAAAAATTATTTAATATTGTGTATGACTCCCATGAGCTTGGAGGACTGCATCCATACATTATGGCAATGACTCAAATAACTTATTAATAAAGTCATCTGGAATGGCAAAGAAAGTGTTCTTGCAGGACTCTGAGAGTTCATCAAGACTCTTTTAATTTATCTTTAATGCCTTCTCCATTATCTTACCCCACACAAGCTCAGTAATGTTTATATCTTGTGACTGGGCTGGCCAATCCTGGAGCCATCCACTCTGCAGATCTCTCACACATCCTCATACTGAATGTAACACCAAACCATGATTTTTCCTTCACCAAACATGACTGATTTCTGTGAGAATCTTGGGTCCATGGGGGTTCCAATAGGTCTTCTGCTGTATTTGTGATGATTAACAGTTCAACAGATGATTCATCTGAAAAATCTTCCTTCTGCCACTTTTCCAAATGACTAGAAGTCAAGTAATTACTTGTTGCTCTTGCAACTGGAATCAACGACAATACTTTTGTCAGGCAGTGTATTGTGCAGCCCTGTTGTTAATCACACCTTTAACTCATGCCCAACTCACCTTTAACTCATTTGTTTAGGATAAGCCGCAGTATATTCACTTCTGCAGACAGCCATTGTTTTGCAGGATGTGCACAAACACAGAGTCTGACCCCTCTGGGATCAGCAGCAGTAATGGACAGCTAAAAGTCTAAATAGCAAAAGGCTAAATAAAGCATTTGTGTACAAGTATAGGCATCTACACTCAATGTTGTTCACCTCAGCTTTCATATAATCTGATTAACTGTCCTGCCTTGGCAGCATTAATGTACCGAATGTAATTTCATTTAGAATCCCCTCGTTACTAATTAAATATTTTATTTAAAGTCCCTGGAGCTTGTTACATTACATGCTGTAGTTGCATCAAGTCATAAAGAGCCAATTAAAGGAGCTACAAGCAGCAATGTTTGTGATGTCCTTTTCAGGTGGATTTCTCATCCCATCTGTTCTAGTGTAATTGTAAAATAATATACTGTTGAAGTCAGAATTAATAGCCTGAATTATCAACCCCCCTCTATGTTTTTTCTGCAATTTCAGTTTAAAGGAGAGAAGATTGTCAACAAATTTCTAAACATATTAGTTGTAATAACTAATTTCTAATAACGGATTTATTTGATCTATGCCATGATGACAGTACAGAATATTTTACTAGATAGTTTTCAAGATATGTATTCAGCTTAAAGTGCAATTTAAGGCTTAACTAGGTTAATTAGGCAAGTTAGGGTAATTAGACAAGTCATCGTACAACAGTGGTTTGCTCTGTAGCCAATCAAAAAAAATATTGCTTAAGGCATCTAATAATATTGATCTTAAAATGTTTTTTAAAAAATTAAAAACTGCTTTTATTCTAGCCAAAATAAAACAAAAGACTTTCTTCAGAAGAAAAAAATATTATAGGAAATACCGTGAAAAATTCCTTGCACTGCTAAACAGCATTTGGGAAAAATTTGAAAAATAAAAATAGCAGGGCTTATAATTTTGACTTGAACTAAATAAAAATACACTTTAAACATACAATTTTAGCATTTTAAAAAATCATAGATACAATTTTAATGTTCGTTTTTTCAAGAAACAAAAAACTAATAATTATAAATAAGTAATAATTAGTTTTCTTATGTTGTATTATTATGCTATTTTACAAAAGTATGTTATATATTGTATTGTGTTGTATTTTATAATACTGATTGATTATCTATTATACAATATCAGGTTTTCAGTTAATTATTTATACTTATAAATTACAAGTTGTTATTATTTATGCTTAGAAATACTTTATACTGTTATTTATATTATACATTTATACTGGTAATGGCAAAATTATTGGTCCTCTTGTGAAACTTTAATTCCTTAAATAAAAAAAAAAAATCCCGAGTGCTTTTTAACAGAGCAAGGAGATCTTTACAGTATTTCCTATTATATTTTTGCTTCTGGAAAGAAAGTCTTACATCTTTTAGTTTGGCAAGAATGTTAGCAGTTTTATTTTTTTAAATCACTTATAAGGTCATTATTATTTAGCCCTCTTCTTTTTTAATATTGAATACAGAACAAACCACTGTTGTCCAATGACTTGCCTAAATAACCTAACTTGCTTAGTTAGACTAATTAATTCAGTCAAGTCTTTAATTTGAACTTTAAAACAAATATATAACGAATATTATATTGCAAAATAATTAGTAAAATATTATGACCTATCATCACATGGTAAAGACAAAATAATTAGCTATTACAAATTAAAACTAGTTATTAAAACATTCATTTATTTATTTTCTTGTCGGCTTAGTCCCTTTATTAATCCGGGGTCACCACAGCCGAATGAACCGCCAACTTATCCAGCAAGTTTTTACGTAGCGGACGCCCTTCCAGCCGCATCTCTGGGAAACATCTACACATACACACTCTCATACACTACGGACAATTTAGCCAACCCAATTCACCTGTACCACATGTCTTTGGACTGTGGGGGAAACCGGAGCACCCGGAGGAAACCCACGCGAAAGCAGGGAGAACATGCAAACTCTACACAGAAATGCCAACTGAGCCGAGGTTCGAACCAGCGACCCAGCGACCTTCTTGCTGTGAGGCGAACTACCCACTGCGCCACTGCCTCGCCCCCGTTATTATAACAATGTGCTAAAAACAAATCTTTTTGTTAAACAGCACTCTGGAAATAATTCATATTATCACAGGTTCACAGGAGGGCTAATAATTCTGCCTTTAACTGTAAATTGAAATTGGAATTTGTATTCAGTTAAATATTAATTATTTGTCTAATAGTTGTTAATTTAACACTCAAAATTTGAATGGACTGAATCGTATACACCCTGCATTCAGCAACATAATGTGTTGTGTTCCTAGAAGAAAGGTAATTGCAGTTCTTTTAAAGCTGATGAGAAGAATTGCCACTCCTCATAAGTTAGGCTTAGCAGTTTGCCATTATTTTGCCAGGCGAACCAGCTGTACTGTTAAAAAGCATGAAATTACAGGTCACCCATCTGTTCTATTTAATTTTTTTCTAATCTGTCTTTCTGTTTGTGCACCAGCATCTCAGGGTGCCAGTGCCTTGAGCCAGTCTGTTTAATAAAACCCATGCATGTATGTGTGAATATATGCATGTGTATTCACATTATACGCACAAGTAGGTCAAACAGATGCAGCTGAGGCTCAGAAAAATGATTTGACATTTGCATTTCTTCCAGCGAGTTTCATCTCTACAACCATGTCTACAATTGATCTGCTTGCATGCATATTGGGTTTATGAGGTTTTGAAAATGATCATCATTTTCCACAACAATCCTGCTGTGTAATAAAAGATATTGTGCTTCGTCCACAG
Seq C2 exon
ACACTGAGAGCAGCAGGGAAGACCTACATGATTTTCTTTGTGCTGGTCATCTTTGTGGGCTCCTTCTATCTTGTGAATCTGATTCTGGCTGTGGTGGCCATGGCATATGAGGAGCAGAACCAGGCCACCATGGAGGAGGCGGAGCGAAAGGAGGCGGAGTTTAAAGCCATGCTGGAACAGCTGAAGAAACAGCAGGAGGACGCACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005775:ENSDART00000022042:9
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.145
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(18.7=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=PD(12.3=44.9),PF0043013=ATP-synt_B=PU(76.5=89.9)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]