DreINT0181635 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000071868 | znf711
Description
zinc finger protein 711 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-081107-49]
Coordinates
chr14:11677110-11697008:-
Coord C1 exon
chr14:11696850-11697008
Coord A exon
chr14:11677245-11696849
Coord C2 exon
chr14:11677110-11677244
Length
19605 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAGGTAAGA
5' ss Score
9.14
3' ss Seq
TGTGTTCTGTTGTGTTGTAGGCA
3' ss Score
11.3
Exon sequences
Seq C1 exon
TGGATGAAGTAGGGGGAAAGCTTGACATTGAAGACACCTCTTTAAAGATCAGTGCAGATGTCGGCCAAGATGATGACGGCTCAAAGGAGGATGAGTTCAGCTCGGAGGTCATAAAAGTTTACATCTTTAAAGCAGATGGAGATGAAGATGTGGAAATAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GCAGCACGGAGGTGGTAGAAGAGAGTGATTTTCCTGGTAGGCACACTGTGATGGAGTCAGTGGGTTCAGGAAGGCTGCCCAGAGAGAAGATGGTCTACATGGCTGTAAAGGATGCCAACCAAGAAGATGATTTAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000071868:ENSDART00000106654:5
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.389 A=NA C2=0.652
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(17.3=100)
A:
NA
C2:
PF047048=Zfx_Zfy_act=FE(14.7=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]