GgaINT0042405 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000009681 | Q5ZHW3_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr6:33105103-33110826:+
Coord C1 exon
chr6:33105103-33105319
Coord A exon
chr6:33105320-33110500
Coord C2 exon
chr6:33110501-33110826
Length
5181 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TAAGTGAGT
5' ss Score
6.43
3' ss Seq
ATGCAGTTTATTTATTTCAGGTC
3' ss Score
6.61
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGGTTCTGATGGGTTTGTAAATATCTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGGCTGTGTCAGTTCCATCGGTATCCCACAAGCATAGCATCACTTGCCTTCAGCAACGATGGAACCACCCTTGCAATAGCTTCTTCATATATGTATGAAATGGATGACATTGAACATCCTGAAGATGGTATCTATATTCGCCAAGTGACAGATGCAGAAACAAAACCTAA
Seq A exon
GTGAGTATGCATCGCCTGTGTTTGAGCCTTTCTGAGCGTTCATCCCAAGATTTTATTAATTTTCCTAAATTCATGAATAGCATTATTGATGCCAGTAGATAGTGCAGCTTGACAGTAGGGTTGGTTTTGATTTTATCTTGTTCGCCCAAGCTTTCAATATCCGTAGGTTGATAGACGTCTGATGGATAAAATTGTGCCTAGTTGTTTAGCAGGAGAAGAATGTCAAACTCTTATCCTTTTTGAATAGGTGCTATTATATGAAGCTGTGGAGTTATTGCTAGCTCATTGCTTCAAGAATTAAGTGAGGAATTCAAGAATAATTCATTTGAGTAAATGTCACTGTGTTTGGATATTTAGGACTTGGAATTAATGAAATCTGTACACGCTCTGTGTGCACCCAGCTGTTACAGAAGGGGATGGATGTGTAAAATTGAGGGCTGGCTTTTTCAGTTGCTGCGTGTTGGAGTTCACAGCCCTCTGATAATGCACTTTTCTGTCACTGTTGCTGTCAAAATGGGGCAAACTGATTTATGGGGTAAAAGATTCCTCTTAAGCTTGTTTAGGCATGAATGTTACATTAAAAATTGCCATCGTGGTGCAGAATTGCAGAACTCCAGCACAGGAGTAGTACTTTTTATTTTCAAATCCTTGTAGTTTGTCACTGTTTGTTTTTTTTATTACTCAAACTTTTTGCCCTTTAACTGAGACAACCAGCTATTTAATGTCACAAGTAGCTATACAAATAAATAAGCGATACAAATTCTTTATTTTTAAGCCAAGACCATTCCTTCTTTCCCTTAAGTGAGTTGTACGTTGCTTTGCAGCTGCCATTTCCTTACAGTAGAGATGTGAGGTGGAAGTTACAAAGGAATAAATGCATCGTTTCTTATTTGGAGATGATTGTTTTAAAACAATCTTGTTACTCATGGGAAAAGGAAGACGTAACTATTTCAATATTTCTGTGGCTTCCTCACTTACAAAAGTCCAAAGCTGATTTTTCTTCATTTATATTAAAAATTAGGTTGTGCTTGTTACATATGTTGGGGAGGAATTAAAGAAAGAAAAAAGAGGTGATAAAAGACTACTTGCTGCTGTTGGTTTTGTAATTGCAAGAGCTGCTTTCAGTTATTCTCGTTCCTTGCTAGTTATGATTGCTAATTCTGTAGATGCTTCATTCTGCCGTAGGAGGAGGTTAATCTACAATTAAACAATATTTCCTCTTGGCCCTCCATTATTTTCTGAAACAGATGGTTCATCATTTCCTGGGCTGTTAAACACAGCAAGGTTAAGGTTAGACTCTTGGGATTCAGCTAGTTTTGAATCTTATTAGGCTGTAGAAGGAAAACTAATAAGAATACTCCTTAATATCATTTTGTGACTGTAAACAATTATTTATTAGCAAACAATTGATCCCAGAAGGGCAAATTGTTTGAGTCAGTAATGAGCTGAGAAAAGACAGAACATATCTGTGTATTTGGAAAATAATTGTAACGTAATTGCAATGCATTTAGACAGGCATCTTTTTGGACCTGTTTCTATCTTTAAATGAATTTCTGAAAACATTAACAAGGTTTATATGCTTTCCTGACATTTATAAGTTGCTTGTGCCAACCTTAGTGCACTAAGAATGATGCATATATTTCAGTATTGCAGTAGTGTGAGTCATCTCTGTTGTAGTCTAAAAATAAATTGCTTGCTGCTAAAGCTACTGGTCTTCTATGTTTTCGTAGTGATCTTTGTGCATTTCTGCACCGCACATCCTTAAATGGAGCTGTATGATATAAACTTAGCATTAGGTTTTTGATTGCTGAATTATTATGTATTGGTACAAGTGAATGTGGTCTGTCTGCACATTTCTGCACTTTAAAATACTGAGTGTTTTACCTGTTTATGATCACTGTAAAAAGTGCTTGCTGAAATGCAGTTTATTTATTTCAGGTCTACTTAGAGAAGAGATATCAGTGGAGGTCTACAAGAGTTGCCCACCTGTTCCTAACAAGACTAAGATGAAGTAATAGAAATGGGAAGAACAGCCTGTTTAGATGTTATTTTTAACTATTTCTTTGTATATTGTCCTATGTCTTAATCCATTGTTACTTTTCTGCTTACATATGGTCTCATTAGCACTTTTGCTCAACTTGTTCCCTCCCGTAGGTAATTTTCTGTATACCTTTATAAACTTGCAACCATTTTGTAGTATTGTTCATTATGAAATCCTGCAGCGGTCTCAGATGTTCAATAAATATCCTTAGATTTTTGAAAGTATGTTGTGTAACAATCTTTTTTGAAGCACACATTAAGACCAGAGCTTTAACCTACCAGGATTCTTGAGTTCTAGTGGTTGGATTCGTGCTTCTGTTCTGAGATATCAATGCCTGTCCAGTCAGTGGGAGTACTGTATTACCTTTAAGAAAACAAATTGGCTGACAACAGAAATGGTAACAAATCATTCCAGAGAAGGTGGACGTGGAGAGGAAGCTGGACTCTGCGGGAAGCTAACAAGCTTGAGCTGTTATCAGGTAGTGATAGTGGCTTTTTTTTCTTTTTCTTGCTTTGAGGGTTAATGGCTACAGAATGTTGGGCAAAAGTTGATTTTCCGCTGTCAATATAGAAAGTGATAACACTTTCCTTTTTTTTTTTTTAAAGAGAATAATATTTTTACTGGCTTTTTGATGGGAAGTGGATGATAGTTTGGGGCCGGAACCTAAATATGGGAGCTGAAGGCTGAGAGTAGAATCCCTAGTCTGGGAGATGGCTGAGTGTTGAGACAACAGACTTTGTTATTAGGTCTGCCCTAACTGTTAAGTGTTCCAGAGCACAATGTGTATATGTGTGCAAGTATAAATACTTGTATATTTGCAGAGCAAATGTAGGCAGTATCTCTTCTTCAATTTCTTCTCAACCAAGAGAGCGGTATGTTGCAGAATATAGGATTGAGCCCATAGATTTTATTTTATTTTTTTGTTACTTAGAAGTACAACACTGACATTGAGGAAAAGAGAAGAGACCCAAAATGAGGATGGTAGAACAGGCTGGGAATAATGAAAAGGTACGTTTTATGTTAAAAAGGGGATCTGTGAAGAGAGCCTAGAGTGGGAAAGTACAGAGGTATAAGTGTTAAGTGTGGAAAGCTAAGTGAAGTAACAGGTGAAGGAAGGTAGGGGCAGACAGGAGAGGAATGAGGGGCATTGAAAATGGCTTGGCTAATACTACAGACACGTAACCTGTGCAGTTTTTCAGTGGTAAATATCATGGAAAAAAAGAAAAGGCCTTAGCTTGAGTAGTGATGTACTATGCTTACGAGGTGAACAAAGGTGGTCACAAAATGTAGAAGGAGGGCGACTGGATTATATTTTGGCTTATAAATGGTTAAGAAATTTCTGTGGTGTGTTGGTATCTTATGTAGATGCAGCCTGTAGAAGGCAGCGCGGCAACCTGGTGTAACTGCAGAGAGGAGAAATGTGGGTTGGTCAGCGATACAGCTGTGTCTGTTAGGTATGAATATATGCTTTTTAGTGTGTGTGAGATGAATCTTCCTTTTAAGCTGTCTTCTAGAAACACAGGTCAAGGCAAAGGTTCGCAATGCAGAGAAATCCTGACACGAACCTTTAGAGATCTACATGGTAAGCAGCGTAACAGAGAGGGTATGCTAACTCATAGAGGAGTTGAGATCTAGAAATGTTCCTGAAGTCATTGCTTTTTGTAGGACAGGGGGCTGTGGAGAAAGACATGGAGTCATAGCTGTCATCCTAATAGGGCCATCCATCACTGTTAACTGCCTGCAGGAAGAAAGATCACGGCTTGGCTCTCACAAGAGCCTCATAACACTGGGATTAGGAGCCAAGTGGCACCAGTGCATCAAGTGTTACAGAACTCTGCTGGTAAACATACTTTCTCTATTGGCCTCTACTTCAAGATAATCAGTGTATGGCTACTACATAGAGCTCTGTAGCTCTGTCACATCTCAGATGTGATGTGTTTTGTTGTTGCTGCAATTATATATAAAAAATGTGTCCTTAAGATGTGCATTTTCCAGAGCAAAACCGGTGCCTGCGCTGATCTTAAATATCTGAACGCACAGATTTGAGTGATGCCATTGAGAATGATCTTTGCAGATCAGTGTAGGGATTGCTAGCTCCATCCTGCTTAGCTGTCTCCTGCTTCTACAAGAAGCCAGAAGTTTTATTGCCTTGAGAAAACATCAGGTTTTCTTTAGATGGTCATACCTTTTTCGTGCATATGTGCTGGAATTCACTTGTTATGTATTAATTGTATACCGCGTTCTCAGGTCGACGTACTAATTAGGCCCCGCCCTGCCACTCATCGCAGGACTAGATGTAAATTCCTTAAACATTCTGCTGGAGATGAACTCCCTCATAAACGGCATGATGAATCCTGAAGCGCCAGCGGCATCAGCACCTTGTCACCATGCGTATAATATTTGTCCATGATGAAAACGGGCACTGATAACATTGTCCATATTGGGCAGCGTTTACATTCGAAATGGATGAAGCTNNNNNNNNNNAAGGTTAGACTCTTGGGATTCAGCTAGTTTTGAATCTTATTAGGCTGTAGAAGGAAAACTAATAAGAATACTCCTTAATATCATTTTGTGACTGTAAACAATTATTTATTAGCAAACAATTGATCCCAGAAGGGCAAATTGTTTGAGTCAGTAATGAGCTGAGAAAAGACAGAACATATCTGTGTATTTGGAAAATAATTGTAACGTAATTGCAATGCATTTAGACAGGCATCTTTTTGGACCTGTTTCTATCTTTAAATGAATTTCTGAAAACATTAACAAGGTTTATATGCTTTCCTGACATTTATAAGTTGCTTGTGCCAACCTTAGTGCACTAAGAATGATGCATATATTTCAGTATTGCAGTAGTGTGAGTCATCTCTGTTGTAGTCTAAAAATAAATTGCTTGCTGCTAAAGCTACTGGTCTTCTATGTTTTCGTAGTGATCTTTGTGCATTTCTGCACCGCACATCCTTAAATGGAGCTGTATGATATAAACTTAGCATTAGGTTTTTGATTGCTGAATTATTATGTATTGTATTGGTACAAGTGAATGTGGTCTGTCTGCACATTTCTGCACTTTAAAATACTGAGTGTTTTACCTGTTTATGATCATTGTAAAAAGTGCTTGCTGAAATGCAGTTTATTTATTTCAG
Seq C2 exon
GTCTACTTAGAGAAGAGATATCAGTGGAGGTCTACAAGAGTTGCCCACCTGTTCCTAACAAGACTAAGATGAAGTAATAGAAATGGGAAGAACAGCCTGTTTAGATGTTATTTTTAACTAAACTATTTCTTTGTATATTGTCCTATGTCTTAATCCATTGTTACTTTTCTGCTTACATATGGTCTCATTAGCACTTTTGCTCAACTTGTTCCCTCCCGTAGGTAATTTTCTGTATACCTTTATAAACTTGCAACAATTTTGTAGTATTGTTCATTATGAAATCCTGCAGTGGTCTCAGATGTTCAATAAATATCCTTAGATTTTTG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000009681:ENSGALT00000015757:8
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.105 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=PD(22.2=75.0)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]