HsaINT0019253 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000154473 | BUB3
Description
BUB3, mitotic checkpoint protein [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1151]
Coordinates
chr10:123162612-123170467:+
Coord C1 exon
chr10:123162612-123162828
Coord A exon
chr10:123162829-123163819
Coord C2 exon
chr10:123163820-123170467
Length
991 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTGAGT
5' ss Score
9.1
3' ss Seq
TTTTTCTTTTGAACTTGTAGGTC
3' ss Score
10.31
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGGTTCTGATGGCTTTGTAAATATTTGGGATCCATTTAACAAAAAGCGACTGTGCCAATTCCATCGGTACCCCACGAGCATCGCATCACTTGCCTTCAGTAATGATGGGACTACGCTTGCAATAGCGTCATCATATATGTATGAAATGGATGACACAGAACATCCTGAAGATGGTATCTTCATTCGCCAAGTGACAGATGCAGAAACAAAACCCAA
Seq A exon
GTGAGTATGCTTCACCTGTATTTGAGCCTTTTCTTGCATTCAACCCAGGATTTATTAATTTTTCTAAATTCATGAATAGCATTGTTGATGCCTGCTCGATATTACAGCTGACTGTAGGGTTGGAGTTGATGTTATCATGTTCTCCCAAGCTTTCAATATCCGTAGGTTGATAGACGTCTGATGGATAAAATTGTGCCTAGTTGTTTTGTAGAGAAGAATGTCAAACTCTTATTCTTCTTGAATAGGCTCTATTATTTGAATCTCTGGAGTTATTACCAGCTCATTGCTTCAAAATTAAGTTGAGGAATTCAAGAATAATTTATTTTAGTAAATTCTATTTAAGATGTTTAAGAATTTGAACTGCCAAAAATCTTTCCTCTCCACAGAGGTTGTTTCTTTAATATTAACACAAAGTAAGTGACCTTCAGGTCTTATTGGAAACTCAGAGTAATATGGCCTTGCCTGGAATTGCAAATTTCCTTAGTTTTGAAATTTTCATAGATGTCTTTGGTTCTTGGTTGTAACTGTTGACTGAGAAGAGCCATTTACATTTTTTGATACCAACAGGGCAAAGCTTTTTACTTAATTACCTCTACCAGGCTTTAAGGGAAATCTGATACTTCAGCATGTGTTAAACTATAAAATACCTACTCCAAGTATCTGCCCAGTTCCTTGTCCCCTCTCCCCAGGCCCTTAAAGGAAGTTCTCGATACATATTTGTAGAATAACTGAATGTTTTCAGGATTCCTGTACTTTGCTGAGTTAAAATGGATATGGTACCCTTGCTGATTGGTTGAGCCCCTAAGAGGGGGCAGAATATTAAATATTCCATATCAGATATGCTTTTACAGGTTTGACTTTAGAAAAGTCTTAGCATGTGAAGCCTGTTGGATAAAGGGCTGTGTTTGCATTTAATCTGTCACTTTTGTATCTCCTGTCCTGGCTGGCCATTTTGATCTCATGCTGTTCTTTTTTTCTTTTGAACTTGTAG
Seq C2 exon
GTCACCATGTACTTGACAAGATTTCATTTACTTAAGTGCCATGTTGATGATAATAAAACAATTCGTACTCCCCAATGGTGGATTTATTACTATTAAAGAAACCAGGGAAAATATTAATTTTAATATTATAACAACCTGAAAATAATGGAAAAGAGGTTTTTGAATTTTTTTTTTTAAATAAACACCTTCTTAAGTGCATGAGATGGTTTGATGGTTTGCTGCATTAAAGGTATTTGGGCAAACAAAATTGGAGGGCAAGTGACTGCAGTTTTGAGAATCAGTTTTGACCTTGATGATTTTTTGTTTCCACTGTGGAAATAAATGTTTGTAAATAAGTGTAATAAAAATCCCTTTGCATTCTTTCTGGACCTTAAATGGTAGAGGAAAAGGCTCGTGAGCCATTTGTTTCTTTTGCTGGTTATAGTTGCTAATTCTAAAGCTGCTTCAGACTGCTTCATGAGGAGGTTAATCTACAATTAAACAATATTTCCTCTTGGCCGTCCATTATTTTCTGAAGCAGATGGTTCATCATTTCCTGGGCTGTTAAACAAAGCGAGGTTAAGGTTAGACTCTTGGGAATCAGCTAGTTTTCAATCTTATTAGGGTGCAGAAGGAAAACTAATAAGAAAACCTCCTAATATCATTTTGTGACTGTAAACAATTATTTATTAGCAAACAATTGATCCCAGAAGGGCAAATTGTTTGAGTCAGTAATGAGCTGAGAAAAGACAGAGCATATCTGTGTATTTGGAAAAATAATTGTAACGTAATTGCAGTGCATTTAGACAGGCATCTATTTGGACCTGTTTCTATCTCTAAATGAATTTTTGGAAACATTAATGAGGTTTACATATTTCTCTGACATTTATATAGTTCTTATGTCCATTTCAGTTGACCAGCCGCTGGTGATTAAAGTTAAAAAGAAAAAAATTATAGTGAGAATGAGATTCATTTCAATGTAATGCACTAAAGCAGAACACGAACTTAGCTTGGCCTATTCTAGGTAGTTCCAAATAGTATTTTTGTTGTCAAACTTTAAAATTTATATTAATTTGCAAATGTATGTCTCTGAGTAGGACTTGGACCTTTCCTGAGATTTATTTTATCCGTGATGTATTTTTTTTAATTCTTTTGATACAGAGAAGGGTCTTTTTTTTTTTAAGTATTTCAGTGAAAACTTGGTGTAAGTCTGAACCCATCTTTTGAAATGTATTTTCTTCATTGCAGGTCCACCTAATCATCCTGTGAAAGTGGTTTCTCTATGGAAAGCTTTGTTTGCTTCCTACAAATACATGCTTATTCCTTAAGGGATGTGTTAGAGTTACTGTGGATTTCTCTGTTTTCTGTCTTACAAGAAACTTGTCTATGTACCTTAATACTTTGTTTAGGATGAGGAGTCTTTGTGTCCCTGTACAGTAGTCTGACGTATTTCCCCTTCTGTCCCCTAGTAAGCCCAGTTGCTGTATCTGAACAGTTTGAGCTCTTTTTGTAATATACTCTAAACCTGTTATTTCTGTGCTAATAAACGAGATGCAGAACCCTTGAATGTTGGATGTTTTTGAATGTTGGTAATTAATATAATTTACTTAAAAAGGCTTGTGTAAGGCAAAACTCGTCATCACAGGCATGTTGGGGGATGACATTTTACCTTTAAGTCCACTCTCCCTCGTTTAATTGTCTCCTCTGATGTGTGTTGGGGATTCAGTCCTGCATAAAGTGATTTGTTGGAGTTCAGCCATTTCCCTCATGCCCCCTTGTGCCCTCTCGGTGGATCAGCAGGGCCTTTGAGCCAAGTGTGCAGCTTCACTCAGGATGGGCAGAGACTATGTGGCAGCCTCTGGGGACCTTTTGGCTCAGTGCTTTACTAGTGCCAGCGCAGTAGTGCTTAGGTAGCTTGTGCATCCCCGTGTTGATGTAGTCATAGTCCACACAGAGCCAAATAACAGACCCTTCTGTACTTAGCCATCAAATACTAAATCACAGTGAAGCCCTTGGGAAGGTAAATAATGTAATAGCCAGGGACTGATGGTATTAGTTCTTTAGTGTGATTATGTGCTTCTAAAAGTCCCTAACCACTTGGTTGAGGACAGACCATAAGTTTAAAACATTGTATAAGTGAAAGAATTAATATAGTATTGTTATAGGTAACCAAATTATAGTAATGTGGACTTGTTTTTGAGGTGGTGAGGGAGGGCTTATTTTGTGGTTCCATCTGGATGTCCTCTTGTCTCTGGAAATCAAGTGTGCCTCCCTGCCATCTCTACATACCCCTTAACCAGCTCTCCACAATTTACTTGTTTATGGTTATAGCTACCTTTTCCCCAAGTTACCCAGGTGTAGTTACCTTGGCCTTCTCATTGGTTTCCCTCACCCACATTCTTTAAGTGTCTCTTCTGTTTATCTTTTCTTCCTACTGCTACCATCCCAGGGCCTTTTGGGTGAATGTGGCAGCCTCCAATTTCTGCCTTAAGTCCTCCATCTAATAGAGTAGTGACTTTTGAACCTTGTAGTTGTGACCCAAGTAAGAAATACATTTTGAACTACAGTTCAGAACACAGAGGTCAGTATATTATACATGACAGAAGGATCCTGAAATATGACTTGCCCTTCTTGCATGCGATGTATCTGGTGCATGTGTGCATTTTTTTCTTTGCTTTTTAAGAAATCCTGGCTATGTCACCTTGAATTGATTTTACAACAAATGCCTGTCACCTGTAATTTGCAAAAACTGCTTGATCAGATTCTAAAAAATTTCTAAAAGATTTTTAAAAAATGTATTCTGATGTCATACTTGGAATCCTCCACTGCTTCCTGTTGCTCATAGTCACCCTTCAGTGATTTCATAAGGAGGTGTGCTGCTTCCCAAGCTTCTAGATCATCAGGAAGGGGCCGCGGACTGTAAGGTGCTCTCAGAAGATGGGACTAACCTTTGTTGGGAATATAAATAAGTGGATGGGATGGGAAGTGACAGCAATATCTGGTTCTGAGTTCTGTTGTGTAAAAACTTAAAGGTATATTAGCAGGTTAGCCTTTGTTCTGTGGGAGATCCAGGCCTTGTTAGAAGGACCAAGGCCAGAATGCCCAGTTTAGCCTTAGCATTCAAACCCTTCATTGTTTTTCCTCCATTATCTGTTAAACTCCTGCTTTGCCAAAGGTATCTTCTATACCCTAATAACACTAGCTTCCTTCCCTCAGTGGGGACTCAACGCACATTAGCCTACTGAGAGCTTAGATCACTACAACGAATCCTTGTAAATTTGTTTAACTCAGTTTTCCCCAAATTCATTTAAGCCGGTTCTACTTTTTCTGGTCTTGTTCCCACAATCATTTTACCTTTTACCACTCCCCCAGAAAACACTGGGGTTCTTCTCTTACGCTGAGAGCCAGGTTACTTTCTTCACTATCACTCCGACGCTTGTGTTGATTCCCAAATCTCAGTCTGCCCAGGGTCATTCTCTTTCTGAATTGCTCTTTCAGGATTTAATTTGAATCCTGCAAAGTCCTGTTCAAGGCCCCCTTTTCCATGAAGCCCTTCTTCCTTGTTGCAGCTCACAAATAAGTGTGCCCTTTCTCAAAACACGTATGAAACACCTCCTGCTTGTATACCTTTAGCAGTAGTTCCTCATATTGCCTGGCATTTAAACATTTTTGTATGCGTACATCTTGCTTTCCTACTTAAAGCAAGAGCAGGACCACATCTTTTTGTATGCTCTGGCACATGACTGTTGGACCACTTTGATATTGCTGAATTATATAGACTCCTTTTAAAATAATTTGAAATATAATTTTGGAGTATAGACATCTTGTCCAGTGCACTAGACAGGTGACCTTTGGCTTTGTTCATTAAGCATTTAGTGTCTTAGAAGTGATATGTTTACTGCAGAAAAATTTGGATAGCATGCAAAAAATGAAACATACTATCACAATCCTATGATATAACTTAAAAATTTCTTTATAGCTTCATGGAGGTATTTGATGAAAATTGTATATATTTAAGGTATATAATGTTTTGATACATGTATACATTGTGAAATGATTACCACAAGGAGGTTACTAAACATCTCCATCACCTTGTTAAATTGAGTTAAACAAATTTACAAGTTGACAAATTACATTTACAAATTTATGTAATTTTTTACGCTTTTTTTTTTTCTCCTTTTTCTGGAGAACGGGGTCTCGCTATACTGCCCAGGCAGGTCTCGAACTCCTGGGCTCAAGCTATCCTCCCGCCTCTTGCCTCCCTAAGAGCTGGGATTATAGGCGTGAGCCACCCCACCCGGCCTATGTCATTTTTTTATGTGGTGAGAATAAATAATCTCAGCAAATTTCAAGTATACAATTCATTATTACTAAGATAGCCACCACACTGTATGTCAGGGCTCCAGAACTTACTCATCTCATAGGAGGCAGCTACTTTTAACATTCTTGGTGTATATCCATCCTTCAGGATTTTCTGTATATTTCTCTAACAGCAAAAGTTTTTGTTAGCTACATCATGTGAAATGCCTGGGTAGACAAATTTAAAGATGTTATTTGGGATGGTGTGACTTGCACAAGCCACACAGCCTGCATGGTGTCCACTTTGAGGGGGATGCCCATAGCTATACTTAGAAGTCATCCTCTAGAGCAAGCTTGTCCAATTTGTTGTCCATGGGCCACATGCTGCCCAGGATGGCTTTGAAGGTGGCCCAAAACAAATTCATAAACTTTTGTAAAACGTGAGATTTTTTGTGATTTTTTTTTTTTCGAGACACAGTCTCGTTCTGTCGCCCAGGCTGGAGTGCAAGTGGCGCGATCTCCGCTCATTGCAAGCTCCGCCTCTCGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCACCCGAGTAGTTGGGATTACAGGCACCCGCCATCACGCCCGGCTAATTTTTGTATTTCTTTTAGTAGAGACCGGGTTTCATCATGTTGGCCAGGTTGGTCTTGAACTCCTGACTTCAGGTAATCCGCCCTCCTTGGTCTCCCAAAGTGC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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000154473:ENST00000368865:7
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=1.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0040027=WD40=PD(32.3=13.7)
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
TGGGACTACGCTTGCAATAGC
R:
GCCCAAATACCTTTAATGCAGCA
Band lengths:
350-1341
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development