GgaINT0091345 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000006112 | SCN5A
Description
sodium channel, voltage gated, type V alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10593]
Coordinates
chr2:5544395-5559148:+
Coord C1 exon
chr2:5544395-5544865
Coord A exon
chr2:5544866-5559001
Coord C2 exon
chr2:5559002-5559148
Length
14136 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAGGC
5' ss Score
9.88
3' ss Seq
CCATTTAGGATTATTTCCAGCAG
3' ss Score
0.47
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGCTCAACCTGTTCCTTGCCTTGCTGCTCAGCTCTTTCAGTGCTGACAACCTTTCGGCACCAGACGAGGATGGAGAGATGAACAACCTGCAGCTTGCCTTTGCTCGGATCAACAGGGGTCTTCAGTATGTGAAACACACCACGTGGGATTTTTGCTGCAACGTCCTCCGGCATCCCAAGACAACAGCTGAGAAGAAGGCAATGATGAAGCTTGCTGCCCAGAATACAGGTGCCCTTAACAATTGTGTCAACAGCCACCCAACTGCTGAGCTTGGCAAAGAGATGGAGAATCACAAAGAGAACCACACAGAGGATGGGACGAATAAAAATGTGGAGAAACACCTGGGAATTACAGACAACGATGACTTTATGACCAATCCTGACCTATCAATTTGTGTTCCTATTGCTGTGGGAGAGTCTGATATCGAGGAGGAAGATGAGGAGCAAAGCACGTTTACAGAAATGGAGCAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
CAGGAAAAGCAGCTGCAGCTGAGGGGGCAGCGATGCCAAAGCCCAGGCGCCCGAAGTCAGAACTCTGAGATTTGTGAAGAGTTAAGTGAGTTGCACGTGGATAAGCAGTTGAAGGCTGAGCCACCACCTCCAGTAGGGCAAAAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000006112:ENSGALT00000031281:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.433 A=NA C2=0.776
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.1),PF065128=Na_trans_assoc=PU(49.6=84.7)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(17.9=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]