DreINT0131451 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000062744 | scn1lab
Description
sodium channel, voltage-gated, type I like, alpha b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-060906-1]
Coordinates
chr6:10029098-10034915:-
Coord C1 exon
chr6:10034424-10034915
Coord A exon
chr6:10029231-10034423
Coord C2 exon
chr6:10029098-10029230
Length
5193 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGC
5' ss Score
9.85
3' ss Seq
CTGCATGGATGCCTGTTTAGAAG
3' ss Score
2.07
Exon sequences
Seq C1 exon
GTGTTGAACTTGTTCCTGGCCTTGCTGCTGAGCTCTTTCAGTGCCGATAATCTGGCCGCCACCGATGACGACAGCGAAATGAACAACCTGCAGATCGCCGTGGGCAGAATACAGAAAGGTATCGCTCTGGTCAAGTCCACTCTCCGTCAGTTCCTGCAAAGCCTCTTCTTGGCCGGCTCTAAACCACGCTCCCTAGATGAGGAGAAGCCCCTTGACGACCTCCACAGTGACGGCAAAGAGAACTGCCTGTCCAATCACGCTCCGGTAGCCGTCGATCTCACTAAGGACTATCTGAAGGAGGGCTGTGTCTCTCCTGGTAATGGGGTGGAGAGTCATGTAAAGTATGGAATTGAGGAAGGCGACTACATGTCGTTCATCCACAATCCCAGCCTCACGGTTACAGTACCGATAGCGGTGGGAGAGTCGGACTTTGAAAACCTGAACACGGAAGATTTCAGTAGCGAATCATCTGACGTGGAGGGAAGTAAAGAG
Seq A exon
GTAAGCCTGATTTCAATGACTAAACAGACATTTTTACTTTTAATATGCATTAAAATTCTTGTTTCAGTGTCGGAGAGAGTTGCTATATTTATCGTAATGTAAAAAAAATATGATATTTAATGGTGAATCTTGTTGATTTAGGTTTGTTTGTGATTCATCAGGAGTCAGTGTCTCTTTTGGCTGTAGGAGACAAACAGTTGTGTCGAGCCACATTGCCATTACATCATTCTCTGCACTGAGCTGCAGCCCATTGTGTGTGTATGTGTGTACATGTGTGTTCTACTGTGCCATGGGCTTCAGGCCAGTCTGACCCTGTTCATCTGCAGCTAGTTAAGACAGACCTCTGGGCACTTTAGCAGGTAGACTTACTGTGTATACTCATTATATCAGTACGCATTCTCATAAACATGCACTGTCTGGCACACACACAACCTCTCGCACACTCTAATGTGTATTATTTACGACCAACTGAGCAGGCATGGCATCATGCATCCAGACTATGAATGAGGCTGTTGAGGAAATTGCTAAATTCAGCATCCTTGCCCAGGGTGAAATTGAGTATGCTTAACTCTGTGTTTGTGTGTGTGTACAGGTTTATGAGGATACAAATTTGTATAACGACATGGGTATGATCTTATTGTACTCTTTTTAAGTGGTTTTCGAAGACATGCCTTGTATCCTCATAATTTAAAACTCTTAAAAATAATACTTTTATGAGGATATGTACTTGTATAAAGATATGGGTATGACCTAGTTCTACTTGTTTAAGGTAGTTCACGAAGACATCCCTTGTGTCCTCGTAATTCAAAACTCTTTAAAATTATACTTTGATGAGGATATGTCATTGTATAAAGACATTACTATTACCGTATAAAGACATTACTATTACCTATAGTTGTTCTCTATTAAGGTGGTTAATGAAGACATGCATTGTGTGCTCATAATCCAAAACTCTTAAAAATAATACCTTTATGAGGATATGTACTTGTATAAAGATATGGGAATTACCTAGTTGTACTCGTTTAAGGTGGTTTACGAAGACACGCCTTGTGTCCTTATAATTCAAAACTCTTAAAAATAATACTTTTATACTTTTTTGAGGATATGTAATTGTATAAAGATATGGGTATGACCTAGTTCTACTTGTTTAAGGTAGTTCACGAAGACATCCCTTGTGTCCTCGTAATTCAAAACTCTTTAAAATTATACTTTGATGAGGATATGTCATTGTATAAAGACATTACTATTACCTAGTTGGTCTCTATTAAGGTGTTTTATGAAGACATGCATTGTGTGCTCATAATCCAAAACTCTTAAAAATAATACTTTTATGAGGATATGTACTTGTATAAAGATATGGGAATGACCTAGTTGTACTTTATTAAGGTGGTTTATGAAGACATGTATTGTGTCCTCATAATTCAAATCTTAAAAATTATACTTTTATGAGAATATGCAATTGTATAAAGACATGGGTATGACCTTTTGTACTCGTTTAAGGTTGTTTACGAAGACATGCCTTGTATCCTCATAATTTAAAACTCTTAAAAATAAAACTTTTATGAGGATACGAACTTGTATAAAGATATGGGAATGACCTAGTTGTACTCGTTTTAAGGTGGTTTACGAAGACATGCCCTGTGTCCTTATAATTCAAAACTGTTAAAAATAATACTGTTATACTTTTTTGAGGATATGTAATTGTATAATGATATGGGTATGACCTAGTTGTACTTGTTTAAAGTCGTTTACGAAGACATCCACTGTGTCCTCGTAATTCAACTCTTAAAATTTATACTTTTATGAGGATATGTCATTGTATAAAGACATTACTATTACTGTACAGTATTCGTTTTATAGAAATACTATATCTCTTTCAACACCATTTGGAGGTGTCAATGTTGCTAAGCAACATATGTAAAACAACGTGAAGACTTGTGTGACCACTTTTATGCCTCTCCCAAGCTTGAAAATATAATTGTCTGAATCATAGAAACGCTACATTATGATCGTGTGGGGGGTTGAATCGAGATCGTGATCTTTTTTCGATTAATCATGCAGCCCTGATATGTTATTGTAAAAAGACATGGGTAGGACCTAGTTGGACTCTTTGAAGGTGGTTGATGAAGACATTCCTTGTGTCCTGGTAATTCAAAACTTTTAAAAATAATACTTAACTTCTATACTCTCATCAGGATAGGAAATTGTAGAAAGACATGGATATGACCTAATTTTACTCCTTTAAGCCTTGTGTCCTCATAATACAAAACGTTTAATCATACTCAAGGAGGAATTTTGACATTCACATTTTAGGGTTGGGGAAGAGGTAGTGTGAGGCCATATAAAAATCGGTCTTTACAGTATAAACTGCATTACGCCTATGGAGAGTAGTAATGTGTCTGTATGTGTGTGTGTGTGTTGTTGTATTCCAGCCCATTTCCATACTCTTCCAGCAGTACTGTCACTGTGCTTAATCTTTTCTCTCTCCCCACTTCTAACTTGATCTATTTCTATATCTTAATTGAAGTGGATGAGTGTTGCAGACGTTATTATCCATGTTATGTGAAGTGTGTATCTCCTCTCTGTGTGTGACCTGTTATTGCAGCGTTATGACAGACGAACCCCAGGTTTTCTCTGAAAGAGCCCTGTAAGAGACTCACCTTCCTCCTCACCCACACTAACCATGGAGACTGCCTTTGTCATCTAAATCAGACCAAACTCTCGTCTATCTCTCTCTCATTTTATCTCTCTTTTTGGATCGGATTGCCCTTTTGTTTTTCGTTTCTCAATGCCTGTGCCCTTCCCTCCCTCTTAAACAACCCTATTTTGCACCGAAGAGAGACAGCTGTCAGCCTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTGGTTGGTCGTTTTCCACATGACTTTGTGTTTCTGTTGTAGCACTGGGCTTCTTTGCAGTACCTTCAGTCATATGGAATGAGCAAGATCATCATTTTACATCAATAGCCCATCGAACATCTTTCTGTTACATTAGCTTGTTTTTGTTTTTTCGTACAAGCTATCAGTGAGCATTCAGAGCTAAATTACTCCAAAGTGGGAAGTGGTTGAGTGTGCATGTGTATGTGTGTGTGTGAGAGGAGAGGTGAGCTTTGATAATCAGGAAACCTTACTTATTGCAGTACAACAGTTACTACATTGGTTGATACTGCATATTAGAAGGAAGAAAGCTAGTTGATTTAGCATTGTGTAAACAATTGGGTGGTGGTTGCAAATACTGTAACTTATATGCATATTAGATGGCTGATTATCATAATGCTATTTACAATATGCAGATATTCCTACTGTTTAATATAATGCACTGTACACTGCTGCAGTAGTGGGAATCTGTCTTGATAGCAGTCAGCCTCTAGAATGTGTGTAATTACATTTGTGCCGTTTGATTGTGCATATACAGTACAATCAGGAGGTTCTGCTCTCCGAGCCAATGGTTAATTTAGAAAGATACTTGATGATAATTTGACTTCACAACTTCTGTGCCTCCTTATACGTGTTACATCTGTTCCTAATCAGATCTGAAGGCATGAACTGGATGTTAGGGAGTAACAGGGGATTAGGAAGCCAAATCAGAACCTTTACACTTTAATCCATCAATTAGATTTGCTTCAGATCCGACATAAAAACAAATCTTTGAGATTATTGAGAAGCTCAATTAGGGCAGGTTGTTCAGGTATGCTCAGCCTCTTATATCACTACTGTGATTAAAATGTTAGAGACTTTCTGGAAGATTCTGAAATTGCACACAGCATGCTTACATCATTCCCCCGCGCCGCATTAGCTGGGTGCCACAGCAACCAGTGCTCCAGCTCAGTTTTAGACAGCATTCTCCTCTATGTATTTTTGATATTATTTAACCTTGTTGTTTTTCTAACTGACCCATTTATGAATGCAGTAGAGGGTCAGTAACTGACCCACACATCAGTTAGCCTAAGAAGTACACTGTGGTCAGGAATACTTCACTATTGTGTCAAATAATGAGTTCAAACCCAATTCCTCAGGTCTGCAATAACATCAAACAATATAACCAGCAAATATTTTCATTGCAGAAGCTTTTATATTCTTGTTTTGCAAAACAACAGTAGCTGCATTTCTGTTACCCCTCAAATTGCGCAAAATGAAAACTGCAAATTAAGAAAAAAAAAACCTCCCATGTACCGTCTTTATTGATTAAACATTCGGATACAATAGATGTAAATCTATTAACATCTTTCACCATGATTTTCAGGAAAAAATCATCTGTTTTAAGTCTAACATCCTAAACACTTATCAAAATTTAGCAAATAGCACAAATCTTTTGCGCAATTCTGTAATGGAAACCAAGCTATTGTCTTTAACCACTTCAATAACATCTTAATAGTAACCATTACTATAAAACTTATGTCATGCAGTGGGAACTGATGGGTTAATTTTCCCAAGAACATATTACTTGTTTTCCCCTTGTTAGTTTCCAGTTAAACTCGTTTTCCCTAAAATGCTGTCTCAGACTTAGCATGTGGCTCTGGTGTTAGTTAACGCTAATGCGGCTCCCCTCCTCTTCAAACTGACTGGCGGACCAAAGCTTGACCACTGCTTAACGGAATGGACTTCCAGCCTGTGTTTTCATGTCAATCAAGGGATTGCACTCAATGGGGTGGGCTCATGTGATAATCTGAATCATGCCAATCCAAATGTATTGGGATTATCCAATAGAAACCATTTGTTTTGTTTTTTTTGGGAAGGGGTGGGGCAAGGTAAGGGGTTGTCATTTGCACTGGACATGAAAATACTCAAAGCACTCAACATTTGATGACAAGATCACAAGCTTGGATGAGAATTAATGCACCTTGAGAAACAAAAAAACATGCATGAGGAAGGAATGAAGGCACATCAAATGTACCCACAGCTGACTGTGAGATTAAACGGTGAAGCCAGAGGCGCTTGTCTTCATGCCTGGCTGCTAATTAGAGAATCAATTCAATGAATCAAATCAACCTCTAAATCCACGGGCTTGTAGGTACTTTTGAATGATCTGAAACTGCATGAGACTTGAGAATTACTGCAAAAGGAATCTGGACGAGATGGTGTGCTGCAGTCCAGCCTAATCTTGTGCGCGTATGTGTGTGTGTGTTTTGTTTGTTTGCTTTTTTGTGTCTGATCGTGTGGCTGCATGGATGCCTGTTTAG
Seq C2 exon
AAGCTACCTGTCGATACGGTTCTCAGTTCCTCGGAGGGGAGCACAGTGGATATTCGCCCCCCTGGAGAGGGGGCAGAGTCTGTCGAATTGGAGCCGGAGGAGTCCCTGGACCCAGAGGCCTGCTTCACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000062744:ENSDART00000151247:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.162 A=NA C2=0.422
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=4.9),PF065128=Na_trans_assoc=PU(60.9=85.4)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(19.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]