GgaINT0046954 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011009 | SCN2A
Description
sodium channel, voltage gated, type II alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10588]
Coordinates
chr7:19335025-19345457:-
Coord C1 exon
chr7:19344978-19345457
Coord A exon
chr7:19335146-19344977
Coord C2 exon
chr7:19335025-19335145
Length
9832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
ATGTGGGGTTTAATTCACAGAAA
3' ss Score
6.45
Exon sequences
Seq C1 exon
GTACTCAACCTGTTTCTGGCCTTGCTCCTGAGCTCCTTTAGTTCAGACAACCTTGCAGCTACAGATGATGATAATGAAATGAACAACCTCCAGATTGCTGTGGCAAGGATTCAGAAAGGCATAGATTTTGTGAAGAGAAAAGTGCGTGAATTCATCCAAAAAGCCTTTGTTAGAAAGCAGAAAGTTTTAGATGAAATCAAACCTCTTGAAGACCTAAACAACAAAAAAGACAGCTGTATTTCCAATCACACGATAGTAGAAATAGGTAAAAACCTTGCCTATCTTAAAGAAGGGAATGGAACTACCAGTGGCATAGGCAGCAGCGTGGAAAAATATGTTGTTGATGAAAGTGATTACATGTCCTTCATAAACAACCCAAGTCTCACTGTGACAGTGCCAATTGCCGTTGGGGAATCTGATTTTGAAAATTTAAATACAGAGGAGTTTAGCAGCGAGTCAGACCTGGAAGAAAGCAAAGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAATTAAATGCCTCCAGTTCATCAGAAGGCAGCACAGTTGATATTGGACTACCTCCAGAAGGGGAACAGCCAGAAGTAGAACCTGAAGAATCTCTGGAGCCTGAGGCTTGTTTCACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011009:ENSGALT00000017933:14
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.100 A=NA C2=0.707
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.3=85.0)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]