GgaINT0046954 @ galGal3
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000011009 | F1NN72_CHICK
Description
NA
Coordinates
chr7:21313130-21323562:-
Coord C1 exon
chr7:21323083-21323562
Coord A exon
chr7:21313251-21323082
Coord C2 exon
chr7:21313130-21313250
Length
9832 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
ATGTGGGGTTTAATTCACAGAAA
3' ss Score
6.45
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000011009:ENSGALT00000017933:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
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Domain overlap (PFAM):
C1:
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A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]