RnoINT0131559 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000005018 | Scn2a
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 2 [Source:RGD Symbol;Acc:3632]
Coordinates
chr3:51789816-51798933:+
Coord C1 exon
chr3:51789816-51790295
Coord A exon
chr3:51790296-51798812
Coord C2 exon
chr3:51798813-51798933
Length
8517 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TCTGTGGGGTTGGTTTTCAGAAA
3' ss Score
7.23
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTGAACCTCTTCTTGGCCTTGCTCCTCAGTTCTTTCAGCTCAGACAACCTGGCTGCCACAGATGACGATAACGAAATGAACAACCTCCAGATAGCCGTGGGAAGGATGCAGAAGGGAATTGATTTTGTTAAAAGGAAGATACGTGAATTCATTCAGAAAGCCTTTGTCAGAAAGCAGAAAGCTTTAGATGAAATCAAACCGCTGGAAGATCTGAATAACAAGAAAGACAGTTGTATCTCCAACCACACGACCATAGAAATAGGCAAGGACCTCAATTACCTCAAAGATGGAAACGGGACGACCAGTGGCATAGGCAGCAGTGTGGAGAAGTATGTGGTAGATGAGAGTGATTACATGTCGTTCATAAACAACCCCAGCCTCACCGTGACTGTGCCCATCGCCCTTGGAGAGTCTGACTTTGAAAACTTAAACACGGAAGAATTCAGTAGTGAGTCAGATATGGAAGAAAGCAAGGAG
Seq A exon
GTAGGAAATTTTAAAATAAAAGAGATATTCTGGTATGTATTTCTGTGGCTTCAACACCATTAGATATACCATAGTGCATAGTACTTTCCTGTAGGAAAACAGGAAATATCTACTGTAACATTTATATAGTAAGGTGTTTGATAATGTTAGATTACTCTGGCTCTGCAAGTGTTACCATGACTTTAATTTTTCAATACTCAACTTTCCAAACTCATGATATTAATATGAATTTTTAGGCACTTTAAAAACAAGTGTAGATAATGCATCGATGTATACACGTTCATCCTTATAGTTCACCACGGTAATGGTTTTAGTATGTACCGAAAGATAACTAGTGGGAAAATGATTCTTATTCTCATCTTATATTCTTGCCTGTACTGAAATACTTCATAAAAGAATATATTTATTTTGTCCAGACCTATTAACTCATGCTAAAGTTGACTTGGATTTACTTTCATGTTTCCTAAAGTTGATTTTTTTTTAAAAGGAAGAGAAGTTTGTGGTAGGGAAGAGTGGTAAACACTTGTCTAAACCAACTGAGTGCAGTCAACCTTTTTACACACAGAAACCCTCCGTATGTGATTGTATGCAGATTCTGAACTAACCAACTCAGTGTCTTCATAATATATTCTTTGATTTATGAGACGGTTAGGAATCCAGTGAACGATTTTGTTGTGTTTTGCCACTAATCCTTAAATTAATAGAAAAGCAGAGGCGCTGTCTATTTGCAATGTCCAAATCAACTTTTTTTTTAATAGACTTAGAGGTTGTGACTTGTTTGAATTGAATACTCTTTTGTGTTTTCTCCAAATTCAATTGACCCTTTATCAGCTTTCTAGAGTGCCTGGATTTATCATTTCAAATCCGTGCCCTAGTTCTGTAGGCTTTAACTCTTCTGCTACTTTGATAATATTGAATGCAATTCGTGTCATGATTTTTGAATGCCTGTTTCACTCCTTAACTCTTTGAATAATGCTGAATCCATGCTAGAGCGATAATCTTTCAAAGAGAGATTGAGATTCTGTAGTGTAATACGGTGACCTTCACTTGTGACCATTCTTACTTCTCACAGGGGTGAGACCAAGCTGGAGCCATCAAGAAAGCCGCTCTGGTGTTTTTTAAGCAGCCAGAGGCTCGAGCCACCACTTTTACCCAGGTTACCCAAGCAAGTTGCGCATATATAAATATACTTAGTGTCGAAATGACTTGACTGGCCTGCATGTTACTCAGCTATGTCCCTTGCCCATCCATTGGCAGTCCGATAAGCACAGCTGCTCCTAGGTTGGGTCATTTACAGCATGGTCAGGCAAGGCTGACAACCCTAACATTTTTTTTTCTTTTGTTTTAAGGAAAATGAATTTGGTTGCTAATTTCTTTATGTAGATTTTAATAGAGAGTATATACTTATTTAAATGTGAGCGTGCATGCCTTTGTGAATTTTGTAACTTCCAAATAATGGAACAAGTTTAGAACATGCTAGCAGCCAGGAAGAGGATTGTGGGTACGCTCCAAAAAAAAAAAAAAACACTGAAGAAAAGCTCTCTGTCCACTGCCCCTTGTTTTGTTTTTTTTTTAATTTAATATTTTGTTTTCTTCTATAACTTTTAAAACATATCCCCTGTAAGTGTGCTCTGTCTGTAATATTTTGCTCATTGTCTTCTGGGTAATATGCAAATTAAAGCAATCCCTCACCCACATGCAAACTTCCCAACTGACTTCCAATGTGATAATAATGTAAATGAATGGGAGTGTTTGCATTTCGATGCCAGCAGCAAGGGTATAATTTTCATCCACTTCATTTTAGGGAAAAGGGCAATGCTTTATTTAGCAATTGACCAAATGCTTTTGCATTTAGAATGACTCCCTTGGAGATTCTGTTTATAATTACTCTTAAAATTCCTAGAATGAAAGGGAAAATAGGCGGTCGAGTCCACCAAAAATAAAAACAAAAAGAAAAAGTAGACTTCTACCTACCTAACGGTGTGCCCATTCAGAAAAATGGACCTGGGGCCCATCGCCCTCGCCCCCTTTACCCATTATGATTTTATTTTTCTTCCCCCCTTCTCCATAGCACCTATCAAATTTTATCCACGACACAGTATTTTCATACATCCTGCTTTATAAACAGCTCCATGGGAAAAATCACAGGCACGCTTGTCTCTTCCTTTGTTGTTTTGTTCATGAGAGAAACCCCACATTGTGTGTAATGGGTGGTAGCCCTTTTTATTTTCACTATCTAAGACCGAATTCATAATTCTGGGCACGGATATTTAAACCAAGTTGCTTTTTTGAGTTTCATCACTTTTGTAGAAATGTTAGGAAAATACTTTATCACTTAGAAACGGTGACATTAAAACTGTAAAACAACTCGTAATAAAAGCACGTTGAGCTTTTTTGAAAGGGGGAAGTACCATAATGTCATTAAAACATTCTTTAATATGTGGGAAGAAAATTCTATTGCTAGTATCCCTAATTCATGGAAGGTGAGAACTTTCATATCATTTTTTTAGGGTAATAATTTGCTTTTCATTCCTTTAAGGTTAGATACCTTTGTCTCTGAGGAGTCCACTTTCCAGTTTCTTTAGGGAAAGGCACTTGGGAGAAATTGCAGTCAAGCTCTCAACCTTTTGAAGAATTGAGGCATTGTATCAAGAGTAAATATGTTGGGATACAGATAAAGCAACAATTTGGTTGTTACTGGTTCTTAGAATTTTCCATTTCTTTTTGAAAAACCTTTGGGAAGTGTAGTTCTACACCTAAAAGAGCTTGCTAAATCCCAACATGGGAAACAGGAAGGAGGCAGAAGTATGTAGGTCAGCTCTGAGCAAGTGTGGGTGGGGAGGACAGCACTGGATAACTCATGATTTTTGTCATGAAATGAGCAGTCCTTGTGGGAAAGAGTCTCAGTGGGGTGGTGATAAAGCAAATATCTTCAATATCAGACCCCAGTAAACAGGCCAGACACATTAGTAATTTGCTGATGATAGGCCGTCACAGTGTAAATATTTTTTTGCAACTCCAAGAAAGATATTTAAGTCTCTTATCTATGTTTTAAAGTTTGTAATAAAATACTCACTACAAATTAGAAAATGGTTTTCTGGAAAAAATCACCATAATAGCTTAATTTCATGATTTAAAAAAATGGAGCATTCACATGAGATACTTAATGTGAAGTAAACTTTTCTTAATTTCTTTCCAATCAGGATCTTAATTATATTTAAAATTATTTACTTTCTGAAGGCCTATTAGTTTAACACAAACAAGTTTAATAATAATTTATTGTTGATATAGAATATAAAAGTTACAAATATAATCTTTAAAATTAAAGCCCATCACGGTAGGGACTATAACAATGGCTTTGAGCATGCATAAGGGCATGGATTTGGCTCTCCAGAGCCCATGCAAAAGCCAGGTACAGCAGTGAGTGTCCACAGCCCCAGCACTCGAAGGAGACAGAGACAAGAAGATTCTTGGTGCTTTCTGCCTAGTCACCCTCTCCAAGTTCCTGAGTTCCATTCAGTAAGAGACCCTGACTCAAAAAATAAGGAAGAGAGCAATGGAGGCTCACACACTATCACCTCTGACCTTTACATGTACACGCACACACGTACACATGCACTAACATGTACATATGTGTATGCCCACGGGACTGTGTACAAACAGCACAGATACACTCACCCCAAAACATGAAGTAGTGCATTTTGGTATTATTACATCATTAAATGAAACATGATTCTTCCTCGACCAGCTTATACAATTTTGAATACTGACTGAGCAACACCAGCACTGATATGAATGAGTTCGTGAATGTGGGTTTTACCCAAATGTGTTTCCTATATCTGTATGATTGCTACTGGTTTCTAAAGCAAACCTCAATGACTATTCTTATATAACCTTTATATTATCCCAGCCTTGTAGTGTACCTGTACTTCAAGTTTGACTAGGCAAACTCCCTCTAACACTTCCCTTCTACCCATTTATTTCCTGATAAGTTAGGTATGGGTAGTAATAAGGAAACTGTCTAAACTGTGTCTGTGCAGCACATCCATAATTTGCTTTCTTATTTTGTAACACATTGAGGTGTATAATGCCCAGACTGGGGCACTACTAGAAAACATATAATGGAAACCTTTTATTTAAGAACATAAGCTCCCACGGTTATTAGTGTGTTTCAATGGTACACACTTGACAACTCTAAGTGACAAATACACACTATGGTCAGGTTCATCATAACGAGGAACTCATCTTAAGCTGATGACTTTTATGTTAATTTATTTAATGTTGTGGGATTCTTTTAAATACATTTTAACCCACATATTTCATTAAAATGATGACATTTAACTCCTATTCAACAAAATCATTGAGTTGCTATAAAGAAAGTTTTTGCTCTTCATATTTTTTGTTATACATCTCGAGTATATCAGAAGGTTTTTATTCATGAGCTATTCCAGTGTATGCTTTCCTCATACTGCATTGGCACAGACTGGAGCTGAGACTATGGTGCAACTTGACACCGAGGTTCTTAGTTATGATTCATAGAAGTCGGCAGTATTATAAACACTATCTTTAACCTACAGTGTTGAATCATATATCCAGTCGACTAAATCTTCCAGATTATTTAAGGTTGAGTTTGCTTGTGAATCATCAGAGAAACTTCCTAGAATGTTGTGGAAGAATAGAGTGCAGAAAGTCTAGGGCATAGCCACTAATTAATTCTGACATTGACAAAGTGACTAAGCACACTGGGTAGTGGGGCGATGCCTCAATGCTCAGCGTGGTCTTTGCTGTAGTAAGCCGAGCAGCACATGGATAAATGTGCACACCAGCGACGTGCAGAAGACACTATGCTATCTCACTTTAGGGAGAATGAGATTGCAGCTGCTCCTAAAGGGCTTCCATTCACTGCGGAAACACTGTGGTGTGTAGAACTACATACTTAGTATAGAAAGAAGGGAAATGGAAACCAACAACTGATTTGGTAGCAACTGTCCTGGTAGCTAACCTTATAGACTCCTAATGGTGGATTCTTGGCAGCCCGATTTTCAGACAGCACTCTCAGTTTCAAGAGTTGTTGATCATCATTTTAGCGTATCTGAATCTTTGAGGAATCTTGAACGCTGCAGTTAATGATATCCCTTTGAGTGTAGAGAATCAGACAAGACACAGTAGAAGTAGTAGAGGCTGAAGACCATAAATGGACCACAAGGTCACTCACTCACTCACTGACACAAGAAACATTCAATAAGGACAAGGACTGATAATAGATTCAAGGATAATGACAAAGCATTCTTCCCCAAAGATAAAGTGACTAGTGTACGTATTCTAGAAACACAGAGTACATTCTAAGTTTCACTTTGTATAAAGAAAGGGAATAACCTGACTCCTGAAGTTCATTGAGATTGTGCTGTTGCTTTCTTATTGGTGGAAAGATCCCTTGTTGCAATAAGAAGGAGTTGTGTTTATTCTAATTCACTATGGTTTCAAGAAGAGAAAATACAAAGGTTCCTTGAATAATTTTTAACAGGCAAGGCCCGTAATTATTTTTTTAAAAAACCACACATGAAAAAAATTCTCTTTTCCTTGGGGGGCATAATGCACACTGAATAGAGAAAATTGAGTTTCTCTCATATTTCTTTAGTTTCAACAAGCTAATGAAAGCAAGCGACTGGTTTCATGTTGTTCGTTCAATGAAAAGCAAATCAGGACTTCAGAGTGAGCTCCAAGGGCTGAACTGTGTTTGTTATTGCCCCGCCCGTAGCCCTTAGAATACTATTCTTGCTCCCAAATATCTTACCAGAACGTTGGCAAGATTTGAGTTTCTCTCTCCCTATGCTTCATGAAAGGTCAGAAGGAGTGGTCAATCACAAAATGTCATGAAAATCCAGAACACCCAAGTCAGGGAAATGGTAGAATGGAAGAAATCAGGAACTAGAGGGACTCATAAAAGGGAAGAAAGACAATGGTGACACAATAGTGAAAACCTGAATGAGTGCTGGTGACACAGGTCATTATGATATCTTTTAAAATGTTGGCAACCCAGAAGCATGGCAGTAGGAGTGCTAGTTGATGTTGCCGGGATCCTATGGAAACTCGAAGATTTTGAATCATGATTTCCTGTGACATTTTATGTGGTGATTGCTGCTAATCAGACAGTATCAGGCGTTTGTCCTGTTAAGAAGTCTTTTATTATATGGTCATCTATGCATTCCTTACTGAATAATATTATTGAGTATCTCCTACACGCTTACTACTGATTGTATTAGATAACATTCCTATTGCTTGGTGGGATACTCAGAAGCAACTTTAGGAAGCATAGATGTACTTTGGCTCATGGTTTGAAGATATGGTCCATCAGAGGAAGGCAGATATAGCAGACAGAGTATGAGACAACAGGTCACATAGCATCCATGGTCAAAAAGCAGAAAAGAATGATTATTGGTTCTCACCTCACCTTCACCTTTTATTTAGTTAAACCCCCAGCCCATTGGATGGTGCTGTCCATGGAAGGGGTAGATCTTGCTACCTCAGTTAATTCCATCTAGGAATTATTTCACAAATAAGCTCAGAGGTATGTCTCCTATGTGACTCTAGACCTGTCAAGTTGTCAATCAAACCAACTGTTACACTGGTGCTGATATAGCCATTGACCAGTGGCCAGACTGAGTATGTGAACATTAAGATGTACCAGCGTTTTTACATTGGGAGCTCCGTTCTGCATTTCCAGTGTTATCCACATTATTAAAGGGAATATTTTTCATCCTTACTGCCTGTAGTGAAGTCAGATGTGACCAGAGTTCAGCGTGCTGGGTTATCTATGCTGTGTCTCAAAAGACTATCAATGACAAAGCCGGTATTGTCAGGCCTCTGAGGTAGAGCAACTTGATGTTCAAGGAGTCTCCACAAGTGATGAATGTTTTAGGAGTCAATGACAAGACTCCAAACCCAACTATAATTATGGAAGAAAGAGTCAGACCTAAAAGAAAGGAAATAAAATTAGGTGGAAAATAACAACCTGAAAATATTGGAAATATTTGTAATAAATATTATTTTGGGGTTTCATCAAAGAACAAAATATATATTCAAATTTTAATGACAACAATATTATCTTCTCAATGCCATAAAATTTTCAGTAAGGAGAAATTCAACTTCGACCTAGCTTTTAACTGTATTTCTTTATATAAAATTTAAAGGAACCACAAGCCTAAGTCTCAGAAAGCAGAAGTGTACATTTTTGCATCAACTATGTATTGTTTAAATATAATCATTTCAATCTCATGTCAATGTACATAACACTTTCTTCATATGATCTCAAAACACACTAAGTCAACACTTCATAAAAGTAAGGTCATTTTTGTAAATGAAGGAATCATTGTATTAGGGGGAAATCCATAGTTTTCTTATCCAAACTCTTAGTAGAATCTTTCCAGTTGCAACTCTAGCCTCCATTTGACTCCAGTGTTGCATACGTCAGTATCCATCCTACCATGTGCTTCTTCATCCTCTTGGTAAAGGAGCTTTGTCAGCTCGGCCATCTCCTAATGTTATGCACTAATGGGGATAACATTGTGACAGGTTTGAGAATGCTGTGGCCTAAACTACTCTGGTTCCATGTGGCACTCACACCTGTCCCTGCACCATGCCTGGACATTTTAAGATCAAGTGTATGATGGGGTCCCCACCCTTGATGCTGGTCGCCAAGGATAGACTGACCCGGATCAAGCGTATGCGTGTCAGCCTGCAAGACAACCTCTTTTTACTCTAGTTTCCTTTGGATGACTGTTATTTAACCCAAAGGAAACAAACCAAGAGGATTACTGAATCCATTTCTGCCAGTGTCTGAGAGGACAGGCAAGAGTGCCAAAGTAACAGGTAGTTTCCAAATGCACAATGAAACCCAGGAGTGCATTGGCCAAAGAGAATGCGAGATACCTGCTCTTGCTATCTAGTTAACAATGTGCTGCTCTTCTCCGAAATAGAAAGTTACAGAATGTCTTTAATAATAACCAGTAGTCTACCTTTTCATGTCAATGAAAAGCGGGTAGATGCAGATTGTCGCTGTTTATGTGCACTTGACCAAACCTTTTCTACATTTGACATGAAAAGACACTGTGCAGCTTTTACGGGTCGGGTCACAATTTTAGAATGAAATAAGCTCTATAATTTACAAATGAATTTTCCAAAGCAAGATCCCAGTGGCCATATGGCTAGCCGCTTGCCTGAGCTTTCTGTAGAATTCTATTTCAGAAACGATATAATGGCCCTGTACAAATGGTATTTAAGTTGCGAGCACTGTTTAAAAGAAGAAAAAAAAAAACCAACCCAAAGGTATTCTACAGTGCTGGATCTAATCTTGTGACCCCCACCTCTCCCAAAGCAGATTGGCCTTATGTTTAAGTAATTCTTAAATTACAGATCAAGAGAATGCATACTGAAGACTGGGGGCGGGTACACCTTAGGAATCTGTATGTCTGGATTACAGAACGCGTTTAAAAGCTTTTCTGTGGGGTTGGTTTTCAG
Seq C2 exon
AAATTGAATGCAACTAGCTCATCTGAGGGCAGTACGGTTGATATAGGCGCTCCGGCAGAGGGAGAGCAGCCAGAGGCCGAACCGGAAGAATCGCTTGAACCGGAAGCGTGTTTCACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000005018:ENSRNOT00000007069:16
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.115 A=NA C2=0.780
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.3=85.0)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]