BtaINT0129388 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000038180 | SCN2A
Description
sodium channel, voltage gated, type II alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10588]
Coordinates
chr2:31006613-31017348:-
Coord C1 exon
chr2:31016869-31017348
Coord A exon
chr2:31006734-31016868
Coord C2 exon
chr2:31006613-31006733
Length
10135 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAGGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
TTTGTGGAATTGATTTTCAGAAG
3' ss Score
4.57
Exon sequences
Seq C1 exon
GTTCTGAACCTCTTCCTAGCCTTACTCTTGAGTTCATTCAGTTCTGACAATCTTGCCGCCACTGATGATGATAATGAAATGAATAATCTCCAGATTGCTGTGGGAAGGATGCAAAAAGGAATCGATTTTGTTAAAAGAAAAATACGTGAATTTATTCAGAAAGCCTTTGTTAGAAAGCAGAAAGCTTTAGATGAAATTAAACCTCTGGAAGATCTAAATAACAAAAAAGACAGCTGTATTTCCAACCATACCACGATAGAAATAGGCAAAGACCTCAATTATCTCAAAGATGGCAATGGAACTACCAGTGGCATCGGCAGCAGTGTAGAAAAGTATGTCGTGGATGAAAGTGATTACATGTCCTTCATAAACAACCCCAGCCTCACTGTGACTGTACCAATTGCTGTCGGAGAGTCTGACTTTGAAAATTTAAATACTGAAGAATTCAGCAGCGAGTCAGATATGGAAGAAAGCAAAGAG
Seq A exon
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GCATTATGTTTAAGAGATTCTTAAATTACAGATCAAGGAAATGAATACAGAAGACTTAAGGGCACGCCTTTGGAATTTTTATATTATAGATTAAAGAAACTATTTTAAAAGCTTTTTTGTGGAATTGATTTTCAG
Seq C2 exon
AAGCTAAATGCAACTAGTTCATCTGAAGGCAGCACAGTTGATATAGGAGCTCCCGCTGAGGGGGAACAACCTGAAGCTGAGCCTGAAGAATCTCTGGAGCCTGAAGCCTGTTTTACGGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000038180:ENSBTAT00000061380:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.119 A=NA C2=0.780
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.3=85.0)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.0=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]