Special

HsaINT0134334 @ hg19

Intron Retention

Gene
ENSG00000163629 | PTPN13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 (APO-1/CD95 (Fas)-associated phosphatase) [Source:HGNC Symbol;Acc:9646]
Coordinates
chr4:87515468-87556524:+
Coord C1 exon
chr4:87515468-87515942
Coord A exon
chr4:87515943-87556404
Coord C2 exon
chr4:87556405-87556524
Length
40462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
CTGTTACCTTTGTTTCCCAGGTA
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTAGCTCCAGCGGCCACGCTGAGGCGAGGGTGACACACCATGCTCACGGCCCCTGGAGACCGTCGTGCTGGCGAGCCGTGCTCCGTAGCTCCCCGGTCCGCCTCGGCAGCGGTCAGAGTCGCCTACAGGAGTTGAGCCGCCCGCGCCAGAAGGTTTTGGCGAAGCTCTTGGAGAGGCGTCGAGCACAGTAGGGCGGCGGGGGTGCGTTGAGCGCTCGGGGGTCAGGCAGTCGGCCGGGATCGCCGCTGGGGAGCGTTTCCGAGGCGAGGAGGAGGAGGAGGAGATGCTGCTCCTCTTCTCCCCCTCCCCAGGCTCCTTCTACAGCTCCTTCAGCCCACGCCCGCAGCCGCTTGTGGGAGAAGTGGTGGTGGCTCTCGGCGCCCGCGGCGGCTGCCGGCGGCCCGCCCCGACGCCGCGTCCCTGCAGCCCTCGCCCGGCGCTCCAGTAGCAGGACCCGGTCTCGGGACCAGCCG
Seq A exon
GTAAGGACGAGAGCCGCCCTGGGCTCTGCGCTGCATGTGCAGAAGTGCAAAACAAAGTACATTGCGCTCGTTCTCTTCCTCCTCTCTCTGCTTTCGCTCCAGTCCCTAAACCCAACTCCTCGGTTGCCCTGGTAGAAGGAACTTTTCTTTGGTTTTGGTGGTGGGTGTTTTTGTACGTTAGAGTGGGGGTGGGGTGACTGGAGTGGGGAAGAATGAGATGAAACTCCATTGCTAATTAGGTAGATCCATCTCCTCTGCGGAAGAAAGCCGGATTCTCGGGAATGAAACCCACAGGGGGAGTAAGAGATTGTGGGGTAATAGGGAGTGACATTGCCCCGTCGTGCTTGCACAGCTCCGCTCTGTGCGTGCTTAAGGGAAGGGCTCCCGGAGTCTGTTTCTAATTTCTGCAAATGATTGTGGAGATGGTGTGGTTAGAGGCCGCCCAGAAGAATGTGTGTGTAAGGGCTCGAGAAGGGGGTGGGATGGCGGGGAAGCAGAGGAAGAGGGGGCAGAGGGAGAGACACTGTCTGATGCAAGGTCTTTTATTGCTTTTCTTCTGCTTGCTAAAGTTAACACTCTACCCTCCGGCCCCCTAGCCCCACCGCTTTGCTCATTACGTGATACTGTAAGAGCAGACAGCTGGGAAGCTAAAGTTAAACCAAAGTCAAGAAAATTCTTACAAAGTTTAATTTCCTTCTGTTGTGAATATAATGGAGAGAGGAGGATGGGGAGAAATATCACTAAGAGATTTACAGCAATACAGTTTTCATTGGCCATACACGTATATGATCGACACCACCGCACACTTCCAACTAATCTGTTCGACAGCCTTGTGTCATTTTCATTTAATTGCATCTTTGAAACAACAAACGCGGTGACTTCATAGGGAGCTGCCTGGAGCTGAGCTCCCTCGCAGAAAATGGGGCAATCGGGTTTGTTTTCAAGGCAGGACCTGAACAAAATGTAGGACACCTGATCTGTGGGATGAAGGGCGCTGGTAACTAATTATAAATTTTAAGATTTTAAAATTTATATCTAGAAAGTTTACTAAAGGATGGGGGGGGGAGTAAAAGTGCATGTATTATGAAACAAGCTTAGGTATTTTCCTAAAGTCTTCATGACTGTGTTGGCAGGGTCCAGGTGAAAACTTGCTTCATGCTCATTGGCTGCTTGTAGTGGTGCCAATATACAAATTATTTCTCGTTTTAATATCACTAGGAGCATTTGTTAGTAAATTCATACATATATTGATTTAGTAAATTTATACAGAGGCGCACTGACTGACGTCCAATCTTGTTTATTATACTTTGTTCATAACATTGTGTTCTACTTGATGTTCTAGAGGCTTTGTGGGAGTATGTGTGGGGAGAGGATAGGATGGAAATTAGAACTAAAAACAGAAAAATATTTGAGGTTAGTTGTTAAGAAAAGGACTGATTTCATAGTGTTTTTCACTTTTACAATTAGAGAATGATAGCTTGCTTTACCATTATGTAGGTTTATCTTTGAATTTGCATTTGTCCCACCATTTTTACTTGCATGTAAAGCCTAGTTATATTTTGGAGGGTGATTACCAGCATCCAAAAATATAAATGGCTTTTCATGTCACAAGTAACATACACGCACACCATTAAAACCAGTGTCAATTTAAAAGTCAGATTTTAATTCTATGATGGGGTCACGTTATAAAACTTAGGTCATCTTTTTGTTGTTGTTTTTGAGGGCTGCCTCCTAAATACGGTATGTGAATGTGAGAATTAGCTAATCATTTGTTTTGGAGTAGATAATATAAATGATAGGTGTTCATCTTTAAATGAATGAAATTTATGTATTCTTTGTTATTGAGAAAAACGGGTGTTGATTTGTTCTGTCTTTAATGTGTTAAGGATTGGATGGGGAAGTGTTGTAGCTTCTCCCGTATCAATGGGGTGTATATTTTTCCAGCTCATCTTAGTGCCCAGCCCCAAATGTACTGGAGAGAAGGACTGTAAGGGATAAACTATTACTTCTTTTTTTTCCTCTTCACCCTCTTCTTTTGACAGAGGGTGTAATTTTTAAATAAACCCCAAAACATTTTTATGCATAATTAAATTATAATTAACACCATTTGAAATGAAAAAGAAACACAACCATACTCCAAGCCAGTGCATTTAGTAGTTACTCCTGTCAACATATTCTTGTTTTGGAATATGCTTTGGGAGAACTCTGTGTAGTTCAAAGTATTCTCCTGTTTGCCTCTGATGCAACCAAGTACGACTCATTTGAGTTAATATCACTTTACAAGGTAGGGGCCTGAGAAAGGAGAAAAGATAATGGGCCTTAGGATAGAAGAATCAGTGCTGATGGAAATGACGAGAATCTTTTGGGCTGGGCTTCCTTTTTTTTTTTTTTCCCTGAAAAACTCTCTTTTAATTTGAAAATTAAAATGGGTCAAATAACTTAGGAACTAAATGTTTTAAAGATAGCTTTTAAGATAGGGTCTCTGTTGCCCAGTTTGGAATGCAGTGGCTCGATCATGGCTCACTGCTGCCTCAACTTACCAGGCTCAAGCAATCCTCCTAACTCAGCCCCCAAAGTAGCAGGTACCACAGGTGTACAACACCACACCTAGCTAATTTTGTTTATTTTATTTTTTTAAATAGAGACAATGTCTCGCTGTATTGACCAAGGCTAAAAGATAGCTTTTAATGAGTACATTAATGTAGGACTTTTAATGGCTTAAGTTAAAGTTGAAAGTTTCATACTAGCTGTAAATGTCCCATCAAAACTCCCGTCTGTAAACTGCTTTGGGAGGTGGAGTTCTAATAATCCTTTGAGTTTGGGAAGAAAATGAAAACACCTTTAAGACCCTTATTCTTGTTTAGTGTCAGGCACTGTGAATAAGCACCCTGCTCTATCCTGCCCAACCCTGTTCCCAAGAATGTGTGACTGTCACTAATAGTAAGGCAGTAGGTGGGCCATTTCTTAGGATAAAAAGAGAAGAATTCCTAAATAATCTTGTATAGAGGCTGGTGTAGATTTAAACCATAAACTTCACATGTTTTTCCCAGAGTTTGCTATCAAATGCATGGGAAATACAGGAACAGGGTCTGGTTCAAGTGCTTGTTTAGATGTGTTTGCCTTATCCTGTGCTCTGCCATTGAATCCTGCTTTTTTAATTTTTGTTTTGTTTTGATTTGTTTTCACACTGGAAAAGTATGAAAATTCTCTGAAACAAACTGTCTCAAAGAAAATCCTTCTGCATAGTATAAAAAGTGTGGAGGACTGCTGTCTGACAAATATGTATCCAAATCCTAGAGACTAAGTTTATTTTTAATAATTTAATAATATATACTTCTCAAGGCTTTTTTGCTTTGTTGTGCTTTTTTTTTTTTTAAGATGGAATCTCGCCCAGGCTGGAATACAGTGGCACAATCTTGTCTCACTGCAACCTCTGCCCCCGATCCTGGGTTCAAGCAATTCTCCTGCCTCAGCCTCCTTAGTAAGCTGGGATTACAGGCGTGTGCTACCACACCTGGCTAATTTCTATATTTTTAGTAGAGACGAGGTTTTGCCATGTTGGCCAGTCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGCGATCGGCCTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAGCCACCGTGCCTGGTCCCTCTCAAGGTATTTTGAGGATGAAATTAATATGTGCAAATGTGGTTTAAGTGCAAGCTGACAGTATTTAGTTTGCTTCCTTCCTTGCCAATTTTCTTTAAAAAATTAAATAATCACAAAAACCTATAACTACTCAAATCATTCTTGAATGTGTAACTTGAATCTGGCTGGTGAAAAGGCCCTCTTTACCTACTAGCCAATAAATGTCTTTTGTTGCATACTTCATCTGTGCTTAATAAACAGTTTCTTTTTTTTCCTCCTAGTTTAGTAGTATTCAACTCTGCCTGTACCTTAGAATCACCTGGATAGCTTTTTTAAGTTTTTTAATTTTTTTTTAAGAGACAAGATCTCACTCTGTCACCCAGGCTAGAATACAGTGGTGTGATCATAGCTCACTGCAACTTTAAATTGCTGGGCTCAAGTGATCCCTCCGCCTCAGCATCCTGAATAACTGATACTGCAGGTGCGCGCTATCCAGCTAATTTTTTATTTTTTGTAGAGATAATGGTCTTCCTATGTTACCCAGCCTGGTCTTAAACTCCCTGGCCTAAAGCAGTTGTCCCTCCTTGGCCTCCCAAAGCACGGGGATTACAGATGTGAGCCACTGCACCTGGTCTGGATAGCTTTTAATAATCTCCATGCCCCGGCCTCAACTCAGACTATTAAACCAGAATCATTGTGGATGAGACCCTGGCATCTGTATTTTTAGAAACTCCTTAAGAAACCATAGTCAACTTTGGAACCAATGTTCTAGACTCTACTAGAATAGAGTGTAGAAAATTTGGTTCCCATAAATGCAGCAACATTTTTTGTGTTGGATTATATTTTATATTTATGTATTTTTTCTATATAAATCTTAAGAATTTAAAACACAAAAATGTCTCAGAAGCATCTATGTATATGCCTATCTACAGGCCTTTTTACTATTTGGATGAGAATTTAAGGTACAAATATTTCCCTAGAGCTGTACTGTCAAATGTAGTTTCCCTGGCCATATATGGTATGTAAATTTATATTTTAATTAATTAAAATTAGATACAATTTAAAATTCTGCTTATTACAACTAGCCATATTTTAAGTGCTCAGGAGCCACTTGCAGCTACTAGCTACTGTAGCAAACAGCTCAGATATAGAACATTTCCTCATCACAGAAAGTCCTGTACTGCTTAGAGGTTTTGAAATTTGTGTATGTTTCTTATCATCTGAAATGGCATATATATAATTCCTGTTATTTCCTTCAGATTTATAATTTAAAAATATATTGTGTTATTTTTTAAAGTTACTTTTTTTAAAGTCAGGAGAAATACCACATTTTTTATACATTTCCTCTTTCCTCAGTCTTTTG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Seq C2 exon
GTAATATGCACGTGTCACTAGCTGAGGCCCTGGAGGTTCGGGGTGGACCACTTCAGGAGGAAGAAATATGGGCTGTATTAAATCAAAGTGCTGAAAGTCTCCAAGAATTATTCAGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163629-PTPN13:NM_080685:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact

5' UTR

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
NA
A:
NA
C2:
NO


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:
NA


Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal4)
ALTERNATIVE
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Zebrafish
(danRer10)
LOW PSI
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development