DreINT0121924 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000103699 | ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-070410-72]
Coordinates
chr21:9433500-9469539:-
Coord C1 exon
chr21:9469237-9469539
Coord A exon
chr21:9433620-9469236
Coord C2 exon
chr21:9433500-9433619
Length
35617 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGT
5' ss Score
11.08
3' ss Seq
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3' ss Score
11.61
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
GAAGCATGCATGTGTCTCTGGCTGAGGCGCTGGAGGTGCGAGGAGGGCCGCTTCAGGAGGAGGAGGTCTGGGCCGTCCTGAACCAGAGCGCAGAGAGCCTGCACGAGCTACTCCGCCGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000103699:ENSDART00000162225:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]