MmuINT0128808 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000034573 | Ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:103293]
Coordinates
chr5:103854211-103891272:+
Coord C1 exon
chr5:103854211-103854555
Coord A exon
chr5:103854556-103891152
Coord C2 exon
chr5:103891153-103891272
Length
36597 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGA
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
CTCCTACTTTTATTTCCTAGATA
3' ss Score
9.26
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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Seq C2 exon
ATAATATGCATGTGTCACTGGCAGAAGCCCTGGAGGTTCGGGGTGGACCTCTGCAGGAGGAGGAAATATGGGCTGTATTAAATCAGAGTGCTGAAAGCCTGCAAGAAGTATTTAGAAGAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000034573-Ptpn13:NM_011204:1
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.750 A=NA C2=0.020
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: