HsaINT0134334 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000163629 | PTPN13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:9646]
Coordinates
chr4:86594315-86635371:+
Coord C1 exon
chr4:86594315-86594789
Coord A exon
chr4:86594790-86635251
Coord C2 exon
chr4:86635252-86635371
Length
40462 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGG
5' ss Score
10.19
3' ss Seq
CTGTTACCTTTGTTTCCCAGGTA
3' ss Score
9.9
Exon sequences
Seq C1 exon
GAGTAGCTCCAGCGGCCACGCTGAGGCGAGGGTGACACACCATGCTCACGGCCCCTGGAGACCGTCGTGCTGGCGAGCCGTGCTCCGTAGCTCCCCGGTCCGCCTCGGCAGCGGTCAGAGTCGCCTACAGGAGTTGAGCCGCCCGCGCCAGAAGGTTTTGGCGAAGCTCTTGGAGAGGCGTCGAGCACAGTAGGGCGGCGGGGGTGCGTTGAGCGCTCGGGGGTCAGGCAGTCGGCCGGGATCGCCGCTGGGGAGCGTTTCCGAGGCGAGGAGGAGGAGGAGGAGATGCTGCTCCTCTTCTCCCCCTCCCCAGGCTCCTTCTACAGCTCCTTCAGCCCACGCCCGCAGCCGCTTGTGGGAGAAGTGGTGGTGGCTCTCGGCGCCCGCGGCGGCTGCCGGCGGCCCGCCCCGACGCCGCGTCCCTGCAGCCCTCGCCCGGCGCTCCAGTAGCAGGACCCGGTCTCGGGACCAGCCG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GTAATATGCACGTGTCACTAGCTGAGGCCCTGGAGGTTCGGGGTGGACCACTTCAGGAGGAAGAAATATGGGCTGTATTAAATCAAAGTGCTGAAAGTCTCCAAGAATTATTCAGAAAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000163629:ENST00000427191:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Cow
(bosTau6)
No conservation detected
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development