RnoINT0119961 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000002061 | Ptpn13
Description
protein tyrosine phosphatase, non-receptor type 13 [Source:RGD Symbol;Acc:1563360]
Coordinates
chr14:7824095-7863664:-
Coord C1 exon
chr14:7863353-7863664
Coord A exon
chr14:7824215-7863352
Coord C2 exon
chr14:7824095-7824214
Length
39138 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTAAGA
5' ss Score
10.1
3' ss Seq
CTCCTACTTTTGTTTCCTAGGTA
3' ss Score
10.39
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NA
Protein Impact
5' UTR
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=NA A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NA
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Main Skipping Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]