HsaINT0145977 @ hg38
Intron Retention
Gene
ENSG00000169432 | SCN9A
Description
sodium voltage-gated channel alpha subunit 9 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10597]
Coordinates
chr2:166251765-166272875:-
Coord C1 exon
chr2:166272399-166272875
Coord A exon
chr2:166251886-166272398
Coord C2 exon
chr2:166251765-166251885
Length
20513 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GTGGTAAGA
5' ss Score
8.24
3' ss Seq
GGTGGTGAATTCCTTTCTAGAGA
3' ss Score
4.67
Exon sequences
Seq C1 exon
GTCCTAAACCTATTTCTGGCCTTATTATTGAGCTCATTTAGTTCAGACAATCTTACAGCAATTGAAGAAGACCCTGATGCAAACAACCTCCAGATTGCAGTGACTAGAATTAAAAAGGGAATAAATTATGTGAAACAAACCTTACGTGAATTTATTCTAAAAGCATTTTCCAAAAAGCCAAAGATTTCCAGGGAGATAAGACAAGCAGAAGATCTGAATACTAAGAAGGAAAACTATATTTCTAACCATACACTTGCTGAAATGAGCAAAGGTCACAATTTCCTCAAGGAAAAAGATAAAATCAGTGGTTTTGGAAGCAGCGTGGACAAACACTTGATGGAAGACAGTGATGGTCAATCATTTATTCACAATCCCAGCCTCACAGTGACAGTGCCAATTGCACCTGGGGAATCCGATTTGGAAAATATGAATGCTGAGGAACTTAGCAGTGATTCGGATAGTGAATACAGCAAAGTG
Seq A exon
GTAAGAATGCTTCATATACTTTGTGTTTCATATTAACAATTAGTATGAAATGAATGAAAATTTCATATTTCTATTGTCATAAGTTCTTCTTAACATTGCATGTAGTGATGGATAGTTTTTGTGCGTGACTTTACACAACAGCTTCCTGAAGATTCATCTGGTAAAGTTTTCTTACTAGTTCTTAATAATTGATTTAATCTTACTTAGCTGTATGAGAAAGCTCAAAGGTATCTTTGAGCCTTCCCATGCTTCATCCCATGTTTCCTGTCAGTTGAAAAGTTACACAGTCTCCCTCCACAGTGCCTGTTTGAATCCACCTCTCCTTTTCATCACCTTTCCTTTGTACTCACTACTTTTTGCCTAAACCATTTCAAGCAGAGTCTCAACTGATGCCTCTGCTTCCATTTTGCATTTACTCTAGTTTACTTATTTGATTATTTTCGCTCATGCAGATTCAGTCCTAATCATTTCACTCTCATGATGTATCCATGATCCGCAAAGTATCGCTCTCTCTCTCTCTCTCTTCTTTTTTTTAAAAAACGGAGACAGGTCTCACTCTGTTGCCCAGTCTGGAGTACAGTGGTGCTATCATAGCTTACTGCAACCTTGAACTCCTGGGCTCAAGTGATCCTCCTGCCTCCACCTCCTGAGTTGCTGGGACTACACACCCATGCCACAACACCCAGCTAATTTTTTTAAAAAAGTTTGTAGAGACAAGGTTTCACTATGTTTCCCAGGCTGGTCTCAAACTACTGGACTCAGGCAATTCTTCAAACTTTTTCCCCAGTTGCTGAGATTACAGGAGTGAGCCACCACGCCTGGCCATCCCCAAAGTCTCGAATTATGTACTGTGCACAAAGCCTTCACACTATGGCCCTAACCAGCTTTGACCAGCTCTATCTCCTAGTGCTCACCCATAGATTTTTACCTGTACCAAACCAATTTCCTTTTAGGTCATAAACACTCTCCACACTTTGCTTGGGATTTCCTTCTCCAGTCAAAATCCTTCAAGGCATCACCCTTGTATTTATCATCTATTAAATTGTTAATACTTAAATCGCAGTTGGGTCAGGGTTAAATGAATTAACACGTTAATACATGTAAAATGTTTAGAACCATACTCAATGTTCTCAAAATGTTATTTATTTCATCCCTCCTAATTTCTCCCCAAATGGATGTAGTCCCTTCTCATTTTTGAACCGCAAACAATTTTATACTTCTTCCTGGATTCAGTAATCTTAAATTTTAATTTTTTGAGAAATTATGGTATGCATCAAATAGTACTGTAAATTCATTGAGAACAGGAACTCTTTAAAACCTTTTTTTGTGCCCTCCTCTCCCACCCTTACCTGCATATTTCTAGTGAGTCAAGGTATGTATTGAGTTTTATTTTTATTGTGAAATATAACAACCGTATTACAAATTACTTTTATGAGATTGCTTTCAAGTCTTAAGGCATCATTTAAAAATAATCTTTTGTTTTCTCTAGCTCATGTTAGAAAGTATTTGACAGATATTTACCAAATATCTTCTATCTCCTTAACTTACTAAGACTCCACCCTCCATGAATTTATAGTGGACTTGGAAAACGAGATTATATGGAATAATCATGACTGATATATATATATATATATATCAGTAAAATGCTCAGGAGGCTGAGGCATGAGAATCACTTGAGCTCCAGAGGCGGAGGTTGCAGTAAGCCAAGATCGCACCGCTGCACTCCAGCTTGGACTACAGAGTGAGACTCTGTCTCAAAAAAAATCAATACATAAGATTAAATTAAATACATAAGATTAAATTAAATTAAAACAAAATAAAATAAAATGCTCTATATTTAATTGAGTGAATAAATGATTAAATAAATAAATCATGATATATGTTTCTATGTAGCCAAGGACATTTTTTCCAAGACGGTAAAGTAAGGAATCAAATCTAGTCATCCCTCGATATCTATGGGCGAGTAGTTTGAAGGCCCCCCACAGAGACTAAAATCTGCAGATGCTCAATTCCTTTATATAAAATGGCACAATGTTTACCATAAAACCTACACACATCCTCTCATATGTACACTTTAAATTATCTTCAGATTACTTATAATGTAAAAGTAAATCACTGACACAATGTAAATATTTGTTTTACTATATTTTTTATTTGTACTATTTTTATTGTTGTATTTTTATATTTATTTTTTCCAATTATTTTCCATCTGTAGTTGGTTGACTCTACAGATGTGGGACCCAGGGATACAGAAGGCCAGCTGTATTTTATTTGTATATTTTAAAATGTTCTACATGGAAGAAGTAATACTCCCAAAATTTTAAAACCGTGTTCATTTCAGCTTAAAGTTAGAAAATCAGATTCCACGTATGCCTTTTAAGGAGCAGGCATCTAGGTTTAGTATCATATGGAAAGGGAAACTAACTCAGTCACCTATTTTTTTCTAACTAACTCTGTCACCCATTTAAAGAAGATTAAAATTATAAACTCCAATTGCCTGGCAGACAGTTGCTCTCAGAATAAAACTTGGATTCTAGGTGTTAAAGCACTTCAGGAGCTGGGGAAAGTCAACCAAAGACTTCTGAAATTATTTCTTAACATTTATGAGGAATTATTTCTTACCTGTTCATTTTTCTTTCATTTAAAGTCAATGGCTGACCTTTCATGGATCTCCTTAGCTGCTGACAAAATTCTTATTCTTAGTATGTTGAGTTGCAACATTTTTAAGGGAACCTTATAGAACTTTCCATTTAGCACTTCATTTTCTAACTGAAAAAGCAGACTCATTAAAAGGAAGTGATTTTATTCACAGTTATAAAGCTAGAGTTATACAGTTATAAATCTAGAGTTATAGAGTTATACAGTTATAAAGGCAGAGCCATGTCAAGAGTCCTAGGCTTGTGACTTATAGCTCAATGGAATTTCTACCTCTCTTGTCCTCTCTTTGTCCATTTGAAACACAAAACAAACATTCCTATTGGACTTAATAATTTGTCTCCCCTGGGGTATAAAGCCATGCAGCTATAGAATTTATATATCTGTGGCATGCAGATGAAGGTGTGTTGTCATAATGGTTAGCTATCTTTTATAACTAGTGATTTTATTTGTATTTTATAACTGAAATAGATTATTTTAACCATTCATAAAATTACTCTGTCACTTATTCCATGAGCCCTTCCGAAAGCGTATGAAATCTAGTGCCCTATAAACTGAGTTGTCTAAAAATCATTTGATGTTAATATTCTAATATTCTTGATTTTCACTAATTTTTTTCTCATTACATAATGGTTATATCTATATGATAAAAGAGTGTACATTCTTACTCTATTACATTTCCATGGTATGCACAATTAAATATACAGGAGTTTGTGGCTACCTTAGAGGTTGTAGTAACAGATACACAAGCTAGTATTTTTAAGTCATGTAGCATAGTGTTTGAATTAGCAAGCCATTTTAAAAAAAGTGTTTGTTGTCATCGATTTCTGCATCATTATTATTACTTAAGAACTCAGGTTCTTAGTGCTACTGACTTCTAATTATGAACTTTGAAAGTTTACCCTTCTTCATAAAAAATTTTCCATGACGTATCTCAAAGTATGTCATATTAAGTATAGACAAACCTACCTGAAAATATAAGAATTGAGAAATAATGAAGGTTCAAGATCTAGAGGAAATTTGTTTGATAAGATATTAAGCTGTGGTCAACTATAAAAACCTTACATCTAAGGTCTTTCTTTCCAGCCTCTTCAGATTAAAATGTTTCCAGTTTAAATTCTGTCATTTTTGTTTTGTTTTGTTTTCCCATTCAGATCACTAAAATAGTGTACATTTTATTTATTTGTCTAAAATGTCTTTAATCCTCCTATGCTAACTTTTCCTGCTCTAATTCTCATAATCTTCATCTCCCACTTGAGTTCCCAGAGTCTTGAACTGTGAATTCCCTCTTTTGCAACTTTTATTTTTTTCGTATCTGAGATGCCTTTGAAATAGTGATGGTTGTGTTTGTGATGAGCCTGGATGAGCCAAAGAGGCAAATTGAATTACCCAATAGAAAGTAACTCCTAATTTATATATTTATGTCATTAAGTCTTAGCCACTACCTTGGGATATAGTTAAGAATGCCACTTTTTAAGATAGAATATTTGCCTCAAATCTTAGCTTTTGATAAGACCTTGAGCAATTTACAAAAACATTTTTTTCAGTTTATTTATGTGTAAAATAGATTGTAATAAAGATTATATGATTCTCATAAATAATTAGACAAATGCTTATTGAAAAGTGCTCAATGTACAATTATTATAAGTATGGAATTGAGTGCTTATATACACACTGTAAGTAGCTATTGGTTACAGATTGAATTTAAAAGAGATAGCGTGATGAAGATCAGTGCTTCAGAATTTTAGTGTGTGAAAGACATACTTGGGGACTTTATTACAAATGCCTGTTCTGGATCATATCCTTTGAATTGTTTGCCTAAATTTGGATGCAACTTCAGAATCATTAACAACGTTTGCAGCAGCTACTGATCAATAGAGACTACTATGAACAATCATACTCCAACAAATTGGAAAACCTAATGGAAATTGATAAATTACTCAACACATACAACTTGCCAAGACTGTATCATGAAGAAATGGAAAACTCAAACAGACCAATAATGAGTAACAAGATTGAATCAGTAATAAAATCTCTCCTAGCAAAGAAAAGTCCAGGACCACATGGCTTCACTGATGAATTCTACCAAACATTTAAAGAAGAACTAATACTAATTCTTCTTAAATTATTCCAAAAAAATCAAAAGGAAAGGAATTCTTCTAAATTCATTCTACAAGGCCAATATTACCCCAATACCAGAACAAGACAGGGACACACACACACGAAAAGAAAGCTGAAGGCCACTATCCCTGATGAACACAGATGCAAAATGCCCCAACAAAATACTAGCAACTCAAATCCAACAGCCTATCAAAAAGATTATTCACCATGCTCAACTGGAAATCGTCCCAGGGATGCAAAGATGTTTCAACATTTGCAGAACAATAAACTTTCTATATTATATCAACAGAATGAAACATAAAAACCATATAATCATCTCAATAGACAGAGAAAAAGCATTTTATAAAATCCAGTATCCTTTATTTGATAAAAATTATCAACAAATTAAGTATAGAAGAAACATACCTTAATGTAATGAAGGCCATATGTAACAAACCCACAGCTAACATGATACTAACCAGGGAAGAGCTGAAAGCTTTCTCTCCAAGATCTGGAACAAGATAAGGATGCCCACTTTCACTACTTTTATTCAACATAGTAATGAAGTTCTAGCCAGAGCAATCAGGCAAGAGAAAGAAATAAAGGACATTTAAATTGGAAAGAAGGAAGTCAAATTCTCTTTGTTTTTATATGATCTGATCTTAGATATAGAGAGTTCTAATGACCCCATGAAAAAAAGTAGTAGATTTCATAAATGAATTCAGTAATGTTGGAGGACACAAAATCAACATGCAAAAATCAATATTATTTCTATATGTTAACAACAAATAATCTGAAAATAAGAAAGCAATCCCATTTACAATAGCTACAAAAAATAAAATACCTAGAAATAAATTTAAACAAGGAGGTGAAATATATTTACAATGAAAACTATAAAATATTGGTGAGAGAAATTGAAGAGGACACAAAAAGGGAAAGATATTCCATGTTCATGGATTAGAATAATTATTATTTTTAAAATGTCCATATTACCCAAAGCAATCTACAGGTTTAATGCAATCCCTATCAAAATACCAGTGACATTCTTTACAGAAAAAAAAAAAAAAAGTCCTAACATTTGTATGAAACCACAAAAGACCCTAAATAGCCCAAGTAACCTGGAACAAAAAGAACAAAGCTGATGGCTTCACACTAACTGACTTCAAAACATACTATAAAGCTATAGTAACCAAACAGAATGATACTGACATAAAACAGACACACAGAGCAATACATAAGAATAGAGAGCCCAGAAATAAATCTACACATATACAGTCAACTGAGTTTTGACAAGGTTCCAAGTACCTATAATAGAGAAAGGACAGCCTCTTTAGTAAATGGTTCTGGGCAAACTGAATAGCCACATGCAAAAGAATGAAATTAGACCTTTATCTCTTACTTTATACACAAGTCAACTCAAAATAGACTACTTAAATGTAAGACTGAAAACTACACAACTATTAGAGAAGAAAAAAAACAGGGGGAAAGCTTCATGATGTTGTTCTAGGCAAGGATTTTTTTGGATAAAACCTAAAAAGCACAGGCAACAAAAGCAAATATAGACAAATTGGATTATATTAAACTAAAAAGCTTCTGCACAGCAAGGCAAACAATCAATAGAGTGAAGAGATAACCTACAGAATGGGAAAATAAATTTGTAAACTATGCATCTGATAATGGGTTAATATCTAAAACATACAAGGAACTCAAACAACTCAACAACGACAAAAAAAACAAATAATTCAAAAATGGACAAAAGACCTGAATAGATATTTCTCAAAAGAAGACAAAGAAATGCCAACAGATAAATGAAAATATGCTCAACATCACTAATCACCAGGGAAATGCAAATCAAACCTATCTTGAGGTATCTCCTCACCCTAGTTAAAATGGCTACCATCAAAAAATCAAAAGATATAAGTGTTTAAAGGATATGGAGAAAAGGGAATCCTTACACACTGATTGTGAGAATGTAAATTAGTACCACCATTATGGAAAGTAATATGGGGGTTCTTTAAAAAATTAAAAATAGAATTTTCATATGATCCAGCAGTCCCAATACTAAGTAAATATCCAGATGAAATGAAATCAGTATGTTGAAGAGATACAGTAAACATAGAATACTGTACTCCTATATGTTTATTGCTGCACTGTTCACAATAGCCAAGTTATCATATTAACCTAAATGATCGTAAATAAATAAATGCATAAAGAAAATGTACATAAGAAAAATTGAACGCCATTCAGCCATAAGAAATAATGAAATCCTGTTATTTGTGGCAACATGAATGAACCTGGAGGACATTATGTTAAGTGAAATCAGCCAGGCACAGAAAGTCAAATATCTCACACATATGTGGAATCTAAAGGGTTGTCATAGAAGTAGATAGTAGAATAGTGGTTATCGGAGGATGGGAGGCTTGGAGGAGCGAGGTGTGGGGAAAGATTGGTCAACAGGTACAAAGCTACAGTGAGATAGAAAGAATAAGTTCTGGTGTTCTATTGAATCGTTGGATGACTAGAGTTAACCATAATGTGTTGTATATTTCAAAATAGCTAGAAGTTTTTAAATGGTCTCCTCACAAAGAAATGGTAAATGTTCAAAGCTATGGATCTGCTAGTTACCCTATTTGATAATTATATAATGTATACATGTATCAAACTATCACATGTACCCCATAAATATGTACAATTATTATGTGTCAATAATTTTTAAAATAAATGATGCCAACTTAATCCCTAGCTTACTTGGATTCAGGTTTCTGAGATATTATTTTCTTTATTCAGGGGCTATGGGTATATTTCCCCTTTTGCTTGTTTAAGAACCTGCATTTTGAGCAAGGGGAAAAAACATCACTGACCTTTGATATCTCTCCCTCTCTTCTCCCTACCCAAAAACCCTCTCTTTTATGACCTAGCATCCTGGTTTCTCAACAGAGTTTATGGAGAATTTTCAGTGCTCTCCTAGTATAAGTTTTCAGGTTGACAGATTTCCTCAACCTGATAGACAGTTAAAAATACACTCCAGAATCAAATCAAAATATTTTACAGTAAAACCTCTTATCAGAAAATAACCAAAGAGATGAGTTAAAACAAACGGTTTAGTCAAATATCTTAAACAGTTCTGAGGAAACAAATGGAAATAGAACAATAGCACTTCTCTGAAGAGATAGTCAGTGTCAGAATCAAGAAAGACATGCTGTTATCTCAAAGGTACCCATGAGAATAATACTCTTTTCACTGTTTCTAAGAATGCAGGCACTGAACTGATGGCTCTTCTCAGAGTCAGCCTTCTCCTGAAGTGCAATGAAGCCCTCCAAGCACACTCCAAACATTAACAACACACTACACAGGCTTTTTTACCACTGGCAGTGAAGTGCTTCCTCATTAGAAGCCTTAAAGGAAGTATGAAATGCACCCATTTGTCAATAAATATTTATTACACCTTACTATGCTCTAAGCACTGTGCTAAGAATTGCTGAGGGAAAAAAGATCATGTTCTCACACAGCTGCAACAATTTAATATCGGGATTAACTTGAAAGTTAAAATATAAGGGCTCAGGGTCTAGATATATAAGATTGTGAGCTGATCCAAGGATGTATTAGTTTCTTACGGCTGTTGTAACAAATTAGCAAAACTCAGTGGCTTACAACAACAGAAATTTATTCTTTTGCCAGTTCTGGAGGCTAGAAGTCTGAAATCAAGGTCTGAGCAAGGCCATGATTTCTCTAAAGGCTCTAGTAAGTATCCTGCCTTGCTGCTTTCTAACTTTGGAGGTTGTTGGCAATCCTTGCAGCTTGCAGCTGCATCATCCCAATCTCTGGCCCGGTACTCACGTAGTTTTCTCCCTGTGTGTCTCGGTCTTTTCTTCTTATAAGGACCCCAGTTATATTGGATTTGGACCCACACAATGACCTCATCTTCATTGTGTCTGCAAAGACCATATTTCCAAATAAGATCACACTCAAACATGCCAGGGTTAGGACTTCAACATAACTTTTGGAGGATTACAATTCAACCCACAACAAAGAATTTTGACTTAGAAGACTAGATGGTTATTGATACAATTAAGAATACACTGATGGAGGAGAAAATTGAGGAGGTAGGGGAAATACAGAGTTTAATTTGGTGGCATCATAAATTTGAACTACTTGCAGTACAGGCAGTGAACCTGAACAGGAGGTATATGGAAAGATAAATCTTAAGGAAAGAAGAAAAGTCAGAGTTGTAGATAGGTTGGGATTTTGTATGCTAACTTTCATTAATCACGGGATTGTGTAGGGGTCAGTTCCCTGGGAAACCAATCCTGAGAGAGAAATCTGAGATTTACTGAGAAGTGTTTTCAGGAACGAAACGTAACATCTGTAAAAAGTGAGGCATGCAAAATTATTGGGCAGAGAGAGAAGTTGAACTGTTAAAATTGCAACAGAGATTTCGGCTGATCCTATTGGCATCTCTGATGCTGTGACAACCCTCTGGAGTAGTTCCAAAACAAAGCAAGAGGGTCAGGCCTTTCTTCTCCACACCATTCATTGGATGCAGGCTCTCCCTTTACCTTTCCAGGGGAGAAGGGTATAACCTTGGGGGAAGCACCTCCCTTCTGCCACGATAAGGCCCAAAGAGGGATTCAGATGTGAGCCTTCAGCATCCAACACTTTTGGCAGCTGGGGGAATGAGCAGCTTGCTGGAAAGCAGGATGTGGACAGTGCCTTAGAGCATCTACTTCATGACAGAACCACAGACAGCAGCTGAGAACAGCGGATCAAACACATTTGAGAGGTGGATGCAAAAGAAGAAAGCACGCACACACACACGGATAAAATGTATACAGTAGCCCCTTTACACACATTATATAATTTTCGTCTTTGTGACCTCCTTAGGAAGTAAATATAATGCATCTATATTTGCAGATGACTGCGATTCTAAAAGATTAAGAAAAGATTTGGTTAGTCATGGACGTATCTGGGGGTCTTTTTAAATTTAAACCCCAAGCTGTAATCATTATACTACATGCCATAGAAAGGCAAGAAAATGAGTAGTAGTATAATTGTTTTCTGCTATACCTCTGTAATGGTGTAATTCAGGGTGAAATTTTCTGTTGTAATGGTATTGTACATTTGCTGATTCATTGGGATTCTGATATTGTGCTTCTAATCCACCTTAATGCTGACTGATTAGGTTATAGTCTACCTTGGTAATAATGTGTGATTTTTATATTTTAGGTGTTTAAATTTGTTTCTTCAAAACTATCTTATTCCCTTCTTTATTGAAAAGTAAAACTGATTTTACTTCTAGAATATATTTCTTTCTCAAGACTACATAACCCTTTCCTTTCCATTTATTCAGTATTAAATGCATATTTTATACATTATGGTATTTCATGTGTATCTGTATATTTATTTTTGCATATATTAATGTGTCTATTTTTTCATGCAAATTATTGATAAATATGACAAACTCATCTAGACCAAATTCAAGTTCTTGTAGCTTCTGCCTGATACATTCATTCTTCTCTAGGTGAAAACCTTGCTGAGGTAACTATGAGGTTCTTAGTGCTACTAAGACTTATCCAGCTCTCCCTGGCTTGTTGATGAAATTGGCAAGTGACTCAGAAATATCACTAAAGTCCAGATCATTGCCTTTAAAGCATCTCCTTTGTCATGACTTATTATGTTATTACAGAAAAGTATTAAATCAATTTGGCATAATTTTTTCTACACATCACTTTGCTCTCTTTGAACCTTTGTGTTCTCTCAGGACAATGTATTAAGTAGAATTGATTTATTATTATATTATCTTTCACATTAAGGCTATATTAGGGGCTAGGGAGTACACTTACTGCCACACCAAGGTACACATGTTAAGATCTTAACTATTTGAATAAACCTATTTTACTTAAGGGTACATGGGTAATCCCTATTTTTTTGTGTGTGTGTTTTGTTATTTTTGGCTATTTCTGAGTCAGGACTCTGTTTAACTGCATGCAACAGAGACTTAACTACATTGGCATAACTGGATAGAACATTCTGTTTTCATATTTTAAAACATCCACAGATCAGCAGTCCACGTGGCCTCCATGTCCTAGGCTCCATCTCTTCTCCCTTCTGCCAATCTTCACATGTGTTTTTTCTTCTATATTAATGCCTATGATTAGAGGTGACTGTTCCACCTACAGCTTTATATCCAATACCCAGGTAGAGAAAGAAATAGAACGAAGCAGAAGTAATGACTATCCCACTTGCCTGAGGAAGGGCAAAACTTTCCCAGAGATCCTTATCCAACTTTGGCTTATGTCTTATTGGCAAGAACAGTGTGACATGGCCACCCCTAACAACAAGGTAGCCTGGCTGAGGCAGGACATTTATCTGGGCATATTGCTACCCTGAATAAAATCTGGATTCTCTTGGTAAGATACCTTGGAAGGTATTAACAAGGTCAGGCATGCTTCTCCAATATTACTACTGCTACTAATTATTATTATTCCTTTATGAAAATGTCAAAAGAATTGAAGGATGGTAATTTTCTATTTTAAGAGATGCAGTTACTAGGCATAATTTGGAATAATATGCATCAATTGTAATGTTATACTTTGAAACATATTGTATAAAATTACCAAAAAACAAAAGTTAATTTTTACTTATTGAATTAGAAAATATATATGAAAATAAGAATATTTTAAGTTAAATAATAAAAAACTAAATATCCAACCATTTTTAATCTGCAAAAACTAGAAATTTCATGTGGCTCAACATAATACAAAGGCATAAGTAAAATATAAACTTCATTCTACCTGTATAATCTTATTTCTTAATTACATAAATATTATGTTACTGAACACAGATATTTTATTCATTTCTTTTATTTGTGCATAGTAGAGAACACATTAAAATTTTCTATGACTCTCTGCCCAGAATTATAATAGGCATAGAGTTTTTCTCTCCTAAATTACACTCATGAAATATTTTTGGCCCCCTATAAATATTGAGTCCCCCAAAAACCACACTAAAAACTTCATGTACTTCAAAGGTAAAGGGTGATTGATCATTGACAACAAAAAGTATACACTCTAATAGCTTGCACCTTAGGTAAATATACAAAAAATTATAACACAGAACAAAGCAAAGCACAATCCGTAACAGGACACTAAACTAGTCCATTGAGGATGCATTGAGTAAGGGGCTGTATCTGGCTGACTTCACATGAAAGGAGGTGGCACTTAGACCAGACCTTACAGTATGGAGAAAATTTCACTGGGCAGATGTGGTACAGAAGGAAATCTCAGGCAGAGGAACAAGCATTCATATTGTTCACCTGATTCACTCATTCATTCATCTATCCACCCATTCATCTATTCAGTGTTCAGTTTACAAAGTCATTATCTTTGGAGATACTTAAATATGCTTATTATTATGAAATGTAGTCATTTTGTTGACCTGATAAAAAGTTGTTTCAATATTTGCAGTTCCCAAATTAAATATTTAATGTCCTTTTACTATGTGGTGGTTTTAATTACACTGTTATCAAGACTTTCTCTCTTTAGATTTTTAATCAAAGTTTTAGATTTACCTTCTGCTTATTACTACACTTTAGAAAATATAATAATCTTTTAAAAATGCATTTGACTTTGAAAGATTTAGGGATTAGTTACAGTTATGCTGTTTCGTAAAATTGGCATTTGATTCTATATTTTATGCATAGATTTTTTTTAAAAGCACTCTTCTGTAGAATTGCACTTAGACCATTTGTTTTTTTCAGGTTGTTTCCAAAGAATTTGAAAAATCTTTCCATCTTCATTGGATTTGTTTACGTGCCTAAAAACAATGAAATATTTGTCTGACATATTCAAATCAATGTGTCTTATTCTTTATATTTTGATAAATTTGGAAACTTCACTTTTTTGCAATGCTGTTTAAAATGTCAAAATTAATTAAATAAAAATAAGTCAATCAAGAAATGCTAATTTTAGAATATGCTTTTTAAAGCTGCATACTCTTACTGCCACCTCACCCCCTATACTGAGAATCACTTATATTTAAATGTTGCTTGCATTTAAGGAAAAATAGAATGCAAAACATTGCATTAGCACATTATAGTATTTAAATTCAATTTTTAAATAGTAGAGTAGAATTATGTAACTGTTTAATTGATTGTTTTTAAGTCTCTGTTGAATGACATTTAATCTTAGTACTGTGATTCAAATATATTGCTTAACGTTGAGTATATAGCATGTACTTTCAAATATGTAACTAATTTCTACTTACAGGTATATGACTTTAAACATTTTAAAACACAGTTGACTAAACTCTTTCATCATGCTGCATTTCTAAAATTCAGTACCTAACCTTCTTCTCACAGGGGTAATATCAAACTGGATCAGTCAAGGATGCAGCTCTGTGCTTTTAACCAGGCAGAGACATATGTCACCACTTTTACACAGGTTACCTAAAAAAATCATACATACGATATTTTTTCAATGTCTTGCATGCTGTTCAGCTACAAAACCTTTCTGCCTGACCCACTGCAAGAAAGTAGAAACATATACAGTTGTTCAATAGATAAAGTGACATCACAGCATGTCACCAGGGCAATTTGATTATTTTTTTGTGATTCTCTTGATGACTTCTTGATGTAACCTTCATGTGCTTAAGTGATTTCAAGTGCATGATCTGTAGATTTTTATTGAATTGATTATAAAAGTAAAATGCAGAATGTAACAGTAGCCATTGAAGCTACATTTAATTTGAAAACCTCTATCAACTTCCCTTCCTGATTTAATCTACATAAAAATATGGAGAGATGTATATCACATTAAATTGTCACATTTAAATTAAGTAGATCAAAACTCTAAAAAATTGTGGAAGAAGTGTTTCTGGCATAAATATAAAATCTCAGAGCAGGAAAAGATCATTGTAATTCTAGCTTTGTATTTAATAATTCTGGTTATGTATTTATGGATAAGCAAATTGAGACTCATGCTTTCTTAGTACACATCTAGAAAGTTGGGGTCAAAGCCAAAGTACCCTGCTTCTAGTATAAACTTTGAATACATTTTGAAATGGTTTTATGCACTGTTAGTTATGGGACTTTATTTTTTTAAATCAACTCAGTAATTAACATTTGATTTTATTTGCTCCTATATAAAATGCATCAGTTAAAAGTTGATAGGCCTTGCCTATGAATGAATAAGTGATAAGTGTTCAAAATGTTTAATTTTATTCCAGAAGTAATATTACTCATTGATAAGAATAAGTTTCTGATTATATACATAATCAGATCAGTCTCTAGAAACTAAGAGGTTTAGATAGAGCATATTATAAATCCTATCTATCAATAACACATAGAACACTTTTACTGAAATTAGATACAGATTAATATGTATTGCCTTATTGAATATTTCTAAAATGTATTAAAATACATACTAAGATATATTTTAATTTTAGCATACTTTGTTGAATGACTGAACTTTAATAGTTCTAGGATGGGGGCAGGAATCTCTGCCAATAAGAATCTTGACTCCTTTTTATAATCTAGTTCATATTTTGAATTTCTCTGTCATTGTTGAGATGTTTGTATTATTGTTATCTATTGTGCAATGATGAAAGCAAAACTTTATCCTGAAATTGACACACCTTAGAGATAATATTGCTAACAGTTTCAAATGAAAAATTAGTTATTTTAGTGTTCCAGTTTATTTGAAGATAATTTTAAAGGTGGCCTAAGTAAAAGATATATTTTTCTATTTCAAATTTGGTGGGGATTTAGAGGCAATATTCTCATAGAAAACTATTTTATTCCAGAATATGGTGAATTTTCTTCAACTAGAGCCTAAATAAGGATGCATATACACCCAATATTATCTATATAGGTATAGATAAAACATATAATTTTTGAGAAAGCTATTTCTAGAAATATATATACATGCATAGACATATAAACATATGCATATATATGTTTTGAATTCATAAATTCTTATTACTTTTTTACCAAGCTGTTAGAAAAGATGAGGTACATGTTAATGAATGGTCATCCTCTTAAGAAAAAAACTGAATATTCAGTTAAGAATGACTTGAAATATGGCACTTTAGCAAAAGCTGCCTACATAAAGGATATAGTTATTTTATCCATGTAAAATTTCTATTTATATTTTCAATATTAGAAATCCACATGTTTAAAAAGCTAGTAATTATTCCATTCATTAAAATTCACTTTTCCTTGCCCTCCTTCATTGTGGGTAGTATTAGTAGTTAACAGAAATGATTCAGATATCTAGGTAGCTTACTTTGTGTTTGTCATTCTTGTTTGTTTCAAAATTATAGATAATATTTACGAAGCTTGAGTCTGCGTATCTACACTTTGCCTTTATGTTTGCTAAGGTTCCAATCCTTCTTTACCTACTTGTTGCATTTTTTTAAGCTGGCATAAATAGCAAAATTGTTTAAATGTTTGCTTCTAAAGACTTTAAGACACTCTGACTTGACCCACTGTATTCCAGCTGCTTTCTCTGCAAACAGTGTAGCAGTTCTGTGACAGAGCACAGAGAGAGCCCTTGAATATCAATGGCCACTTTACACTCCTAGCTCTTTGCTTCTCTTCTTTTCATTAGAAAGATGCTTCAAGATGATACTATAGGACCTGGCTGAGAAATCTGTAGCCAGTCTAGCCTTCTTACATGGCCAACTGTTGTTGCTTTTATATGATTTCTTTATATTCATATCTTATCATTTAGTCACGTAAGTTTTCATGTTATTGGATAGAAAGTGCCCTAGGTAGAAGATTCTGAGAAAAAGAAGAGGTCTCCGTGAAATCACTGGTTTTATTCTGAATTTCTCTGGTGGTGGCTGAGATTTGACCTCATTATTTCACCAACAGAATACTATATATCATGTTGACCTTGTGATGGAACTGTGTGTTTCACGCTGAATAAGTAGCTATTCCTCCCAGAGCCTACACAATATTTCTCTGCTAGCAATAGACAAAGAAAAATAGGAAAGGAAAAAAAATTGGTTTTCTTGCCCTTTTTTTAAAAAAAGAGCTAAAGTTTTAGTTGCCCATAATTAGAATGTGAGCCCAGAATTTATTGCAACTAGTTAATAAACTGACAATTTTCTGCTAAATTAGTGGAAGTAACATTAAAACTTAGACAACAGAAGAAAATACAGTTGAGTTTTCCACTGATCAATAATATCTGGAGTATTTTTTAATTATTTCCATTTTTTTCCTGAAATTCCTGAGCTTCAGTGATTTTTTAACTTGAGGCATTACCTTTTAAAAAGAATCTTGAGAAATTTCATATCAAAAAAAAAAGATTGTAGAGACCTCAAGGGGCCCAGAAATCTAAATCATGTTAAGAAATGTGATTACACTCAAGATGAAAAGCACTAATAGTAATATCAATAATATTAATGACCTCCAATTTTAAAAACTCTATAAGAGGATAATGTTCACATTTCTCCAGAAGGAAAAAAATAAAGGCCCTGAATGATTGCAAGAGAGAAGAAAGGTTATTTTTGTTCTACACCAGAAGAGAGTATTTAAACATCTAGTTGTCCTGTAACATAATGGGAAACTTGGAAAATATTGGACTCTTATGCCACATAGTAACTATGTGTGGATTTCTTCTCAAAGGATCCTTTGATCCTTTAATTGAAATTTACTATTTTACTCCTTAATGATTCAAGAACACAATTATAGATATTGACCGTAAAACTACACAATTAAATTAAAAGATGGATAATAGTAACTTGAAACTAATTTTAAAATGTCTTTCTTGCTTATTAACAGATAATGGAGCTTAGTTTACCACTGTCTGCCATAATTTTTCTTCTCTTTTATACCCATCTCCTCCTTTTGATTTGCTTCTCTCAACTTTCTTACTGTCTTTTGTGAGTATTTTAAGGCTCAGGTGAAATAACCATTCTAGGCTCTGCTCCTTAAAGAATATCTTTTTTTTTGTTGTGTGAAGCAAACAGTTTATAGTATGTACTTGAAATGTAACATTTTTCAGTTCTTTTCAGCATCAATCATTCTCTTTGAGTAAGGTTTTTGTTGAGTTCTGTGTTTTGTACAGTGCTGCTGTGTTTGATAGTTTCTTCTTTTGAGCGTTAGATTATCAAGTCATTAGACACTCCTACCTCACACCTCTTGGAACAATAAATAACTAGCATTAACCATCATCCATGATAGCATGAAATAGGCTTACATCGTTAATGTTTATCTTAGGAAATGCCAGTGATAAATTTGTAAGTGAACAACTTAGGACATGTTCTAATATGATACATATATTTAACACAATTTCTACTCAAGCAGTATAGTAGAAAACACAGCTTCAAGGCAATCAAAGGGAAAACCATGAAGAATAATAAAGCTTTTAATTTGGACATATTTTCAGTAATTGAAAAGGAGCATCTTAAATAGCTACATAAGTTTACAATCAAGATAAGGATTGTTTCACAGCTATAGTGTTGTATGGATGCACACTGAAAAATATGGAAAGATATGTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCCTCTCTCTCTTTTTCTCTCTCTCGATTACCTCAAGGGGGTTGAATCAAGGAGATAGTGGAGGGAACTTTTATTTTGCACTGTAAATACTATTATACATTTAAAATGTTTGAGTCAACTATATCACTTTCATATTTTTAAAACACTTTTAGAAGGCACAGTCAATATCATATTATTCAATAAAAAGGCAGGAATGCTAATTATGGTACACTTCTGATTCCTAATACTAGTGAGTCCACCTTCTTGATCCTATGCTTATATTTATATTTACTTTATTTATAACTAGACTGCCAATGATGAAAAAAATTGATACTTCCCTTTTATTAGAAATCAAATCCATGTGAAAATTACAGAAGGTCCTATTTATAATAGCAAAAGAAATTTCTTTCATACTAAAGCATTTATTTCACTTCTCTAATATAGTCATTCTTTCATTTCCAAAATTACATGGAAAACTAAACAACAGATGATTGAGTTTAAAGAAATGAAGATAATATAGAAATTAATCATATAAAATAATACAAATAATTGATATGATCTTCCTTGTATAGTAAAAAACATATATTCAAAGTACTTAAATATGGTGATGCCTACTGTGAGAATTCAATATATTTCACCGCAGGAAAAAAAAACTTTATTATATATATCAGCCTTTCTATATAAAGGTATTCTCTTAGAAATCTGCTAAAGAAGCTTATACTGTAGCAAGTATAGATTTCAAAGGCTGAATTGACTAGAACTGTCTATATTGCTAAAGCATGCTTATAAACATTTAATTTTATATACAGTATGGAAATAGTTACTGTTTGAATACTTAATGCATTCCCAAGAAAACATTGAATGTCTAAGAATCTATTAGCCATAATAATTTGTCTGTAAATACAAATTAATTAATAATAGTTCATGTTAAATATTTTGATAATTTCTGTCCCATTGAACAATAATATTGAATAACTTTATGATGTAAAATTCTGTGCCAAGCTGAATTCAATTGACCATTAAAAAAACATAAAACCTGCATATGAAAAAAAGTTTCAACAACAAGATACACTATATAAAATCACGTGAATTTTTACTTGCTCATAATCTAATTTGGCATAAATCTTTGTTAATGCTCTCTTAAACAGTGAGAAAACCAATTATTGATGTTTGAAGATGCTTTCATGAATTTAGCTAAAGTCAGAATTCTGCAAATAAGAATCATTTTATTTAAAAGTTGTTACCAGCTCAGAGAAAAACCATTATAACTATTTCCTATTGTTAATATTGTGTCTAATAGCAGGGGGGTGCTTTGTATTCTTTCTATCAGCAATTCCTCTCACTGCTTTACCTCAAAACCCAGGCCAATAATTCTTTTTTCAGAAATGAAGGGCCTGGTCTTAACTTCACAGAATAATAGGGCCTTGTCTTTCACTTCTCTGGTGATAGTTCACGTGCAGCCGAGAGGTCAGGAATTGAAGCCATTAAAACTGTAGTCTTCTAAATATGGTACTTTGGATTTTGTGGCAATTGGCACAAAATACATATTAGTAATTATAAGTTTATCCAACATCGTTTCCTGGATTAATCTGTATTTTAAAACTTATATATTTTAAAACTCATTCTATAGTTTATACTTTAAAGCCTATTCTATAGTTTTATAGAATATTCAGTTATAATTAATTTCTATTATCTTATTTTAAATTAAACTAATTTAGATGAATTCAATCAGTTTAAATAACATGTTTTTGAGTGAAATTTTGTACTGATACTTTCATAACTGAAACTGTTATCAAACTCCTGGACCTGGTGGGAATAATGCCTCTAGGCCAACATAGATTGGAGGAGTTCTCTTAATAGGTTGTTCATAATTATTTACTCCAGTTATAAGAAAGACATTGTCTGCTTACATCATTCCTTATGTACAATACTTTATCCATGCCATTTTTATGATGTTGTATACTAGGTGATAATAATAGCATTGAGAATTTAATGTGGTACCCATCAAGAATACTTCTAGCTTCCAAGTCAATCTCTAAAAGTCAAACCTTTAGATTGGGCTATCATATTAATACAAATTCATAGATTGAGAATCAATTTATCTGAAATAAGTATTTTATTATTTTTAGCACTTGCACTTGCTTGAACTACTCTAAAAAAGATAAAGTTGTAACTTAATAAGAGAATTGTGTTGTAGTAACTAGTAGCTTTCAATATTCACATGTCATTTAGCAAATGAGAATGAAAAATTAACTCTTCCATTGATATGCTGCTTTACTCCTTTATAAAACAATATTTGGGAAATTTGACAGAGTTTTGCTACAGTTGCTGTATGTATTTTTTGTAAAGATTTCTTCGTGTGTGTGTGTGTATGTGTAAACATCATGGTTACTCATAAAGCTCTGGGTGAGAAAAACCTATTTGCGTTATGATCACTTATATGATCATAATGACAATGAATTCATTATTCCATGTGTAAGTCTGCCATGTTTAATTTTCTTCGATCTTTGTTTCAGAGTTTGCATGTGGTGCTTACTTTAGTAGCCACTTTCTTGACATTATAAATAATACTGTTTGATCTTTTCTACTATATACTAAAATGTTATATACAAAATGGGTGGTGTTGGTATGGTCATTGGCATTTTGATTTCAAAACCGTATTTGATTTTGTGGTCTTGATCAAAGAACTTCTATCTATATCATCCTGCTACATATATTTAAATTCAAGAGATAATAAAAAATACATTTGGACTTTATCTTGCACTTATCTTTTTAAAAAATTTTAACTATCAATAAGTTTTTTGCCAACTATTTGATCTGAGCTTTCAATGATCAGGCATTAGTAATTTGACACTTGTATTATATTGCAAATAGGGTATAGGTTGTCCTCAAATAATGATTGTCAGTGTCCATAAATTTATATTAAAAATTTAAAAAATAAGATGTGGTCAATACTTTCCAAAAGTGATAGTTAACATCAATATATTACCTTATCTAATTTTGGCCACGTACTTGTTAGTATAATAAACATAATAAAGTTTATTATTTTACAGGATGGTGTAGATAGAAAGATCAAGTATAGATACATTTAAGGTTACTTGACCTCAATATGTGTTTATACATTTTTTATGGCCATCATACTATTAATCTTTTTTCATAATACTTTGCATGAGTCTGATTATTAAATAAGGCTTAAATATCATATTTGAATGAACTCTAAATGAACTACCTGGTGGGGTGGTGAATTCCTTTCTAG
Seq C2 exon
AGATTAAACCGGTCAAGCTCCTCAGAGTGCAGCACAGTTGATAACCCTTTGCCTGGAGAAGGAGAAGAAGCAGAGGCTGAACCTATGAATTCCGATGAGCCAGAGGCCTGTTTCACAGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000169432:ENST00000409672:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.259 A=NA C2=0.624
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.1=84.9)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development