BtaINT0129551 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000002425 | SCN9A
Description
sodium channel, voltage gated, type IX alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:10597]
Coordinates
chr2:30131498-30150336:+
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Length
18241 bp
Sequences
Splice sites
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AGGCTGAACCAATCAAGTTCCTCAGAGTGCAGCACAGTTGATAACCCTGTGCCTGGAGAAGGAGAAGAGGCAGAGGCTGAGCCTGTAAATTCAGATGAGCCAGAGGCCTGTTTTACCGATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000002425:ENSBTAT00000003146:17
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.346 A=NA C2=0.659
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.0),PF065128=Na_trans_assoc=PU(61.1=84.9)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.1=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Chicken
(galGal3)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]