GgaINT1004317 @ galGal4
Intron Retention
Description
NA
Coordinates
chr7:19022974-19030976:+
Coord C1 exon
chr7:19022974-19023426
Coord A exon
chr7:19023427-19030858
Coord C2 exon
chr7:19030859-19030976
Length
7432 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
GAGGTAAGA
5' ss Score
10.06
3' ss Seq
CTATGGACTTTTATTTTCAGAAG
3' ss Score
6.89
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATTGAACCTTTTTCTGGCCTTGCTGCTGAGTTCATTTAGTTCAGACAGCCTTTCTCCTACTGAGGATGATAATGAAATGAATAATTTACAGATAGCTGTTGCAAGAATTCAGAAGGGAATAGATTACGTGAAGGAAAAAGTAGGTGAATATATCCAAAAATCTTGCTGGAGGAAACAAATGGCTGCAAATGAAAGAACAGCAACAGATCAGTTGAATGATGAAAGACACCATTGCATTTCCAACTGTACCGTTGCTGAAATAAAGGCAGACACAACTTACCACAAAAATGAGAATGGAACAGCCGGTGTTGTAGGAAGCAGTGACTATCCACTGTTCATAAACAACCCAAGCCTTACTGTTACGGTACCGATAGCTGTTGGAGAATCTGACTTTGAACATCTAAATACAGAAGAGTTTAGTAGTGACTCAGATTTGGAGGAAAGCAAGGAG
Seq A exon
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Seq C2 exon
AAGATAAATCTTTCCAGCTCATCTGAAGGAAGTACAGTTAATTTGGCTCTCTTTGGAGAAGAAAAAGCTGAGACTGAGCCAGAAAAAGCAGCAGAGCTACAGACATGTTTTACAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000027793:ENSGALT00000017809:11
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.136 A=NA C2=0.050
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=PD(4.2=5.3),PF065128=Na_trans_assoc=PU(59.9=84.1)
A:
NA
C2:
PF065128=Na_trans_assoc=FE(18.4=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]