HsaINT0185990 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000121741 | ZMYM2
Description
zinc finger, MYM-type 2 [Source:HGNC Symbol;Acc:12989]
Coordinates
chr13:20657796-20665968:+
Coord C1 exon
chr13:20657796-20657916
Coord A exon
chr13:20657917-20659961
Coord C2 exon
chr13:20659962-20665968
Length
2045 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTGAGT
5' ss Score
10.47
3' ss Seq
TTTTCCTCCCGCCTCCAAAGTCC
3' ss Score
6.9
Exon sequences
Seq C1 exon
ATAAAATTACTACTGGAAAAAGAAAACATGAAGATGATGAGCCAGTATTTGAACAAATTGAAAACACAGCCAATCCTTCCAGATGTCCTGTGAAAATGTTTGAATGCTACTTGTCTAAAAG
Seq A exon
GTGAGTGTTAATGATACTTAACTTTTAAAAATGTTGGTAGAAGTTGGCTGGTTTAAATTTAACATTACCAAGAAGTGACTTTTTTAGATGGATTCTTTCTCAGATTTCTTCTCTCTCAGTTATACCCAAGTTCATTCAGTTATAATCTTTTATTTTGAAATACCCAGTTTATACATCATACTTAGAGTTTAAGCATGTGTTAAGAAATCTCTCTCTACTAATGAAATTTCTACTGCTGTCATTTTCTTTTGGAGATGGGGTCTTGCTCTCTCACCGAGGCTGGAGTACAGTGGCACGTGATCATAGCTCATTGCAACCTCAAACTCCTGGGCTTAAGCCATCCTCCCACCCTCTGCCTCCTGAGTTGCTGGGACTGCAGGCATGTGCCTCCATAGCTGGCTAATTTTTGTATTTTTTGTAGAGACAGGATCTCACTGTGTTGCCCAGGCTGGTCTTGAACTCCTGACCTCAAGCCATCCTCGTGCCTCAGCCTCCCAAAGTGCTGGAATTACAGGCATGAGCCATTGCGCCTGTCATTGTCTTTTAAATTACAGCAATTCCAATGACAGCAAAGCAAGGGACACAAACTTTTTCTTAAACGGTCAGATGGTAAATATTTTAGGCTTTTGGGCCTATGGAATCACTATTGTAACTAATCGGTTCTCTTGTGACTAGAAAGCAGCCATATACTATATATAAATTCATGGCATGTGGCTGTGTTATAATAAAACTTCACATAAGCAGGTGGCTGGCTGTAGTTTGCCAATGCCCGGTGTAAAGGTATGCTCAAAGGTAGTATAGATAGGTGGAAATGTAAGTGAAGTATTTACATTTAAGAGAAAACAGTCAAGCAGGTATGAAAAATGGAATCATGTTCTGGAATTTTTTTTCCCCTCAATCTCAGACCAACAGGCATTTTAAAAAGTTTAAGCCAATAAAACGTTTAGAGACCATAGATTATTTTATGCTTGCCTGTTGTTTTAAGTAAGCACTCTCTAATTTTCAGAAGGTCAGCATGAATTCAAAATGTACTTCCCTGTTTAAACAAATTTATAAATCACAGGTCCCCAGGATGGCCCTCAAGGACTTGTAAAAACAATAGTATCATGTATAGGATGATATTAGTACAAGTTGAATGCGCCTTATCCAAAATGCTTCTGACCAGAAGTGTTTTAGATTTCAGATTTTTTCGGATTTTGGAATATTTGCATATACATTATAAGATGTCTTAGGGCTGGGACCCAACTCTAAACATGAAATTCATTTATATTTCATATACACCTTATACATGTAGCCTGAAGATAATTTTATTTATGCATAGCCTGAAGGTGATTTTATTTTCCCCTTGGGGTTGCTGAATAACCTGTGTGTTATGTGCCTGTGTTTTGGGCGCGAACTCCTCACATGAGGTCAGGTGTGGAACTTTCCACTTTTGGTGTCATTTTGGCAAAGAGTTTCAGATTTTGGATTTTTGAATTAGGGATGCTCAGCCTGTATTTCTCACCATGGTTTAGGGTGGTCCTATTTGGCTGCAGTAGTGTCAGGGTCTTCAGTTGGTAGTAACTATTTGTTAGTAGGAAATTCCTATCTCACTATTACCTTGTTGGTATTTTAAAAATTGAGTTTCTATTATGTAGTGCTGTAAGAATTTTTTAATTTTATGTGCTGCCATACATATTTCATCAATTCTAAGACATTTTCACATTTCACTATTTCTGAAACTGGGATGCACAGTTTAAATTGTTGCATCTTGAAATCATAATTGGCAGTGTTTCACTTGCTTAATGGTAGCATTAAAATAATGAGTGGTGTGTCTATTGATAGTGTCTTGGATTTAGTGAAGTAGAATTAAAATTGTGGGAAATAATCTCTATCTCAGAAAATAACTTTGAGAATATTTTAATGACAGAATAATGGAGACAGTGGGGCATAGGGGGTCTGGTCATATAACGTGATTAATGGGGTCTGAATTATTCTTGAAAAAAGAAAAAGTTGTGGAAATTTTGTGAAATTGACTTTTTCTCTTTTTCCTCCCGCCTCCAAAG
Seq C2 exon
TCCACAGAATCTTAATCAGAGGATGGATGTTTTTTATTTGCAACCAGAATGCTCTAGTTCTACAGATAGCCCTGTCTGGTATACGTCTACTTCACTGGACCGAAACACCTTGGAAAATATGCTTGTACGGGTTCTTCTAGTAAAAGATATTTATGATAAAGACAATTATGAACTGGATGAAGACACAGACTAAAAAGGAACGTTGCAGAAGCAATCGGGATAAAACAGCATTAGATAGTCATGCTGCTAGATCTTTATTATGGAAAACATTTCAAGTTTACTCCTTCTGTTTTGAGTTTTGTAGCAGTGTACCCACGCTGGGTATTACCATGTAAATAATCTGTGAGTGAAAGTTGCCATTATTCTATGTAGTGGTTTTAGGATACTTAACAAATACATTCAAATTCTTTTTTTATTATTATTTATTTGATTAGGTATGTTTGTAACTTTTTACATTACAGAATATGAATGAGAATGTGCCATGTATAATTTTTTTCTTGTAGTAAGAAACATCCATATTGCACAACTCTACTGTTGCAAAGCTTCCTTGGAAGGGGGCTCTTTTACTGGGTTCTTAACCAGATGGTTGTGTATGGGTAGCACTACTAAAAGTTTAGAACTTGCAGTGTCTTTCGGAATTTTTAAAATAAACTGTAAACTAATAGGCTGGGGTTTTTGTTTTGTTTTGGGGTTTTGTTTTGTTTGGTTTTACATTTTAGTTACTGAAGCCTTACAAGGTTATGTAGAGAGATACCATCTTCTGTACCAAAAATAGACAAGAGAATGCTGTCAATATTGGTGTACTGTAATGTGAATCTATGCTGGTGAAAACAATTTTTTGTTCCCCTTATTAAAACCTTAGTGTCCTTTTCTCATTTGTGGCTTTCTGCATCACCCAATCAATAAAAAACAAATATATATATGTATATATATGTATGTATGTGTGTGTGTATATATATATATATATATATATATATAAATGATTGTAAGTTGAAAACAAGATCATCAAGACATTTCCTTTGTAAAAATGTCTGGTGAAAGTATAAAATTCTGTTTTCTTCTATGCCAGCCATAAGTATCTGAAATCCTCTTCATTTATAGAGGTTTGATTTTTATTTCTTTTTTTCCCTCTTAAGGATACAGATCATGCTGCAATGTTAGCTGTGTAGTACTCTAAAACTTAGCAATTTTATCAGAATTCTTGTGCCTGTTTACATTGGATAAAATTGTTTTTAGAAATTCCACTCCTGAAATAGTTACAGAAAGTCAAGCTATGTTAAATAAGATAGGATCACATTTTATAATGAAGATTACCAGTGTAGTAATTCTGATATTGCAAATGATTGAGGAACAAACAAAGAAACTAATAGAGAAAGTCAGTCTCAGAGGAAATCCCATTTAATGTTAGATTGTTTGGCTTTTGAAATTACTTCTTATAGAAGATTGCATTAAAAAAAAAAACAACTTTGTGCTTCTGCATAGCAATTTATCCATTCAGACCTTTTCTTTTAGAATAAGGAAACTTAAAATCTACTTTCTAAAGACTGAACAAAGTGCTAGCTGCAAATTATCTTGAAATCATTTGGCTCTTTTCTAGCATGTGTGTAATCATGTTTTCTTCTGATTCCTGAATGACCATGGTAGCATTAGTGTTTAGAAATTGTTCAGGGGAAAATTGAGCTATTTTCCATAGTGGCTAGCAATTGCTACACATCCTTAGATACTCCTCTCTCCCATAGGATAAATGTTACAGCACACAAAAGAAATTTTCTCAATTCTGATTTGGAAAATTTCACAGGTGTCATTATTGTATATCTAAGCAATAATTATCTGAATGTTTTGGCATAAAAAATTATAATGTTCTAACTTGTTTTATAAGTTGAATGACTTTTCAGTCCCTTGATTTTATATTGTTGAGTGATAATCAGACTGATAGTAGCAAATCTGATCATACATTACTAAAATAGATTGCTGATTGTCTATTTAACGAAGACAAGTGGGTAACATTTAAAATATATAATACAAAAATTTTCTCTAACTTACCTTTTTCCAGAACTACTTCTTTAAGCACTTTTCCTATTAATGCCTATTGTTGATTAAAAGGTGGTTAATTCTAACCATCTTTTAGTCTTCAAAGTGGTGCTATATTCCATCAAGAGCAATAAAGTTTTTCCCAGGTGTCACTTATTGTATATGTTACCAAATACCATGAATTTCTGCCATAGTACTACTATCAAGCACCTTGTCTTGCTATTTACAGTTTCTTCATTTGTATATTTTTAGCTTTTCTAAGTGGAAATGTCTACATAATTTTGATCTTGACATGATTGAGGATTTAGAGCTCTTGTCTTTGTCTTGATTGCAATCCAACGATAGATTAACTTGATTCTCAGGGGGAAAAGAAAAACTTATTTTATGAGAATTGTTTGTTCTGTGAAACTCACTTCACCTAGAACACATTTCATTGATTCTTGGATCTTAGTTTATGTGGTCATAGTTGACTGCTGAGAAAAGGACAATGAAATGATAGCAATTTCCTTTTGCTTCTAGGTGATCTCTGATTATAGATAGCATCCTGTAAATATAACTTTATTGTCTTGAAATGTTTATTGAAGATGCTATATTTTTCTGTTCTGTTTTCTGAAGATTTTGCCATTTAAAATGATCCAGTGAAAAATATTTATCCACATTGAAGAAAGTGGATTTCCCATGCAAATTGAATCTTCATTAACACATTTTAAAAGGCTTTACTGTATTAGGTAACATAGATATTAAAGGATTTTTCTAGGCAAGAAGCTCAACTTTTTTTTTCCATAAAAATAATTTTTGCTTAAATAGTAACTCATGGTTTTCTTTTATTAAATGGGGTTGTTGTCAGTATGTTAAACATTGAAGTAGGAGGAGGATGCATATTGTACTATGCATTCAAATTTATCACTGTTTTTTCTGACAGACTTTCCCTTTGTCCTTTCTAGTTATGACTTGGGAATGGGGTAACTTCTTTATGCATAGTATTAAGGGTTATAGTATGAAGAAATCATAAAATTGCAAGTTTTGGTTTGCATTACTCTAATGTGGGTTCATTTAATCTGAGATCTTAAATATCTTGCAGCCTTAAATCACTACAAACATTTGCATTTTTATTATGCCAGTTATTTCCAAAATGTATTGTTATACATGTCACTTATGTTTTTAAGCTAATATTGACTGTAGGATAATCTCCTTGTTCCCCTCAAAATAGTCATGAAAGTGTACATGAAAATATTTTTAAAGAATAAATTTCTTTAAATTACATACTTTTGGATTTCCCCCTTAATAAGCCCCTTACTCATGTTTAGAGAAGATTTTGAATTTCATTTATTCCATTCTACTGTGTTCTGAGGATTATATCAATTTAGAAGTTGATGTCCAGAACAGGTTATCTGTATCAGTTCTGAGAATAGAAACAACCTACAGTGCTGTCCCAATTTGTACTTTTTTTTCTTTACTCGGAAGTTAGATGTCAGAGGGACACCTCAAATAAGTGACTGTGATCCCCTGCCTTGTAATGAAGTGGAAAAGAGAGGGTCCCTAAAAATCTGGGCAAGTGGTGTCCTAATTAGTTACTGAGTTAAAACAAGTTCATGAATTTAGGCCTTTTGGGAAAGAAAGAGAATGTAAGATTTAACCTGTAAATGTTAAGAATAGAACCAAAGAGAGGGCCACAGACCATTAGTTGTTAAGAGGTATCAATCTTAACAGCATATTTTCTCTTGTGCAATGAAAAGAACAATCGTAGCTCTTTTGGGCATCTTAGGTCTTTTATTCTTTCTGGATGGCTTACATCGAATCCTTGTGATTTATTTAAAGACACATTTTTCCTGGAGAGGAGAAAGATCTTCTCTAAAATAGCCTTAACACTGAGAACATATTAGGCCTAATTTTAAAAGTCCAATTCAGATAACTCCTCAGAAGTAAATGCAGCACACTAAAATTCATTATCACAAAACTTAATATTTGTTAATATGTTTCCTCTGTGCTAAAAGGCTGCTGCTAACCATGGTAGTTAGGGAGGAAGAGAAAGTAAAAGACATTAGTGTTCAAAACTTACATCTTTGGGGGTAAACAAGACATATAGTACATTTAACTCCTAGGGAACTTAGAATATTTATGGTAGGATAGAAAGAGATGATTGTGGACACACACAAGTACCCCAAAAGGCCATTATGGTCTAGAATAGGTTTCATAGAGAGGATTACTACCACCTGTGATTATATGGTATATGAAACATGAGATTTTGTAACCTGGACATTGCTTTTAGCTCTGTTGGAAATGGTCAGTAGAGCAATTTCTGAATATTTTGATGGTACGGTGTTGATGGCATCAGTCCTTTTCTGTGGCTTTCAGCCCAACTTAATACAAGAGGAGTTAAAAATAGCACCCAAAAGGGGTAGCTAGAGCACCCTCACCATGCACTAAAGATAAATCTAAAAGGTGTTCAAGTACATTGAATCAAGATGAGTAATCCAACTTCTATGTTATGTAGGATGGATGGAGCACACAAATTCTTGCAAACATTGTAGAGGTTTTTTTAAACTTCATCCACTAAGGATTTTTTTATAATAATTACTTTTGAAAATAAAATCTCAACTATTTTCCAAGTTATGAGTGTGCTGCTCTTAACCCTGTGAGATGAAATCTTCCCATTTGGATTACATATTTGTAGTTCTATATCGACATCAGCAGATGGCAATAGTATACAAATAGTATACAGCATGAGCCTTCCATTGCTTTTATTTCTTTGTTTATAAGTATACTATAATCCTTCATCTGAAACCCTTAGGGTTTTAGAATTCAGAATTTTCCCCTTTTCAGAGAGAATATATATAATGTAGATTACATAACACCCTCAATGGGGCCTGGGGCAACACCCCATAATCAAACATTAGTACATTCATAGTAACTGGGATTAACTATGTAAGGCAGTAAGCTACCTGCCTTACATAGTTTAGGTCAATTTT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VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000121741-ZMYM2:NM_003453:25
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
Alternative protein isoforms
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.488 A=NA C2=0.109
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF120123=DUF3504=FE(23.3=100)
A:
NA
C2:
PF120123=DUF3504=PD(27.3=72.3)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)