MmuINT0127112 @ mm9
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000061136 | Prpf40a
Description
PRP40 pre-mRNA processing factor 40 homolog A (yeast) [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:1860512]
Coordinates
chr2:53036387-53049134:-
Coord C1 exon
chr2:53049003-53049134
Coord A exon
chr2:53036468-53049002
Coord C2 exon
chr2:53036387-53036467
Length
12535 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TTTTTTAACTTCTATTTTAGATG
3' ss Score
10.34
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGGCATCCTGGCATGCATTATGCACCAATGGGCATGCACCCTATGGGTCAGAGAGCAAACATGCCTCCTGTACCTCATGGAATGATGCCACAGATGATGCCCCCTATGGGAGGGCCTCCAATGGGACAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCCTGGAATGATGTCTTCAGTAATGTCAGGAATGATGATGTCTCATATGTCTCAGGCTTCCATGCAACCTGCCTTACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000061136-Prpf40a:NM_018785:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.949 A=NA C2=0.682
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types
Other AS DBs: