HsaINT0132630 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196504 | PRPF40A
Description
PRP40 pre-mRNA processing factor 40 homolog A (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:16463]
Coordinates
chr2:153551056-153572640:-
Coord C1 exon
chr2:153572509-153572640
Coord A exon
chr2:153551137-153572508
Coord C2 exon
chr2:153551056-153551136
Length
21372 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TTTTTTTACTTTTATTTTAGATG
3' ss Score
10.04
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGGCACCCTGGCATGCATTATGCCCCAATGGGAATGCACCCTATGGGTCAGAGAGCGAATATGCCTCCTGTACCTCATGGAATGATGCCGCAGATGATGCCCCCTATGGGAGGGCCACCAATGGGACAA
Seq A exon
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Seq C2 exon
ATGCCTGGAATGATGTCGTCAGTAATGCCTGGAATGATGATGTCTCATATGTCTCAGGCTTCCATGCAGCCTGCCTTACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196504-PRPF40A:NM_017892:2
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.937 A=NA C2=0.874
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)