RnoINT0118326 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004864 | Prpf40a
Description
pre-mRNA processing factor 40 homolog A [Source:RGD Symbol;Acc:1311401]
Coordinates
chr3:38727903-38740020:-
Coord C1 exon
chr3:38739889-38740020
Coord A exon
chr3:38727984-38739888
Coord C2 exon
chr3:38727903-38727983
Length
11905 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
TTTTTTAACTTTTTTTTTAGATG
3' ss Score
10.14
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGGCATCCTGGCATGCATTATGCACCAATGGGCATGCACCCTATGGGTCAGCGAGCAAACATGCCTCCTGTACCTCACGGAATGATGCCACAGATGATGCCTCCTATGGGAGGGCCTCCAATGGGACAA
Seq A exon
GTAAGAAGATGTTTTTTTACTTTGGCTTGCTTATTTTTGTTTGCTTGTCTCAAGATTTTAAGGTGTGAGTCAGTGTTGTACTTGCAGATGTTTAAAGGTTAGTTTATATCCATATAATGTGGTCAAACAAGACAAGCATTATGGTGATCATGTCTGTAACCAAATTTTGAATGGAGTAAGACTGTATTTTAAAAAATTAACTGATTTCCTCAACAAAGTTAAGATTTAAAATAATCTTTTAAGCCGGCGGTGGTGGCGCTCGCCTTTGATCCCAGCACTTGGGAGGCAGTGGCAGGTGGATCTCTGAGGTCAAGACTAGCCTGGGTCTATAGAATGAGTTCCAAGACAGAGAAACCCTATCTTGAGAATTAAGCAAACAATCTAAAGTGACAGTATAGAGCTAATCTATTTAACTTAGTGACTTCTTTCAGGCATTATAATTATTAATGGTCTAGAAGTAAATATCAGAAGACAGTCATGGTGAATGTGTAAAGCGTAGCATCAGAAAAATAATAGTTACTTGGGGTTTTCATTTAGAATGAATTTTATTCTTGTAGTATCTTCCTCTTGTTGGGAGTGTGGGGATTTTCTACTCTATTACCAATTCTTCCCTGGACCATGCCAAATAGGTATATACTCGTTTTCTACTTAATTTTTGAAATGATTATTGCTTCTACACTCCTACTTGTGCATTGTCCCTTGCATCTCTAGCACAGATTGTAAATGGACATTTTGTAGAAGTGATTGGATTAAAAGGTTTTGAGATGACTTCGTAACACTGGTAGTAGGATTTCTAGAGAAATGTTCAAGAAAGTCAAGAGCTTCAGTTCCATGAACAGTTGTGTCCTATGCTAGGTGCTATAATACACAGAGTCTTGGGTGGACTGGGTTATTCCAATTGAGTATCTTGATAAGTCATGAAATATTTTGGTTAGCAGATATTTTAGAAAGTCAGTTGTATATTTTCTTTTGCTAATGAGTACTATGGAGTTTGATAATGGTTTAAGCAATGAAGGCTAAAGTTATTGGTGAAATTGCAGCGGAAACAGGAGCTTGTTGTATTTTTCTTTTTATTTTACTTCTAAGAGTAGAATGGTTCAATGTTAAGTGGTTTTCTTTTATATTTGGAATATAGCCCTTAATTTTGTATAAAAAGTTTTATTCAAAGGCACCAGACTGAAAAGATTCTGCCTGCAGGAGTTCTTTATATAAAAGATTCTTTGCTCTGTTACTCTAGAATAACAATACTTTAAAGCTCCCTAGGAGATGCAGAGACAACTCTTGATTCTTCTTCTGTATCTTTCCATCTCTAAGCAGCACAAAACCCTTCTTGTTTTCTTGATAGAGCTGCTCTAACTAGATAATGAGCTTAAAAAATATTTATTCTTTAAATGCTCTGGTTCTTATTTAAAATTAGTTTCTTTCCACAGAAAGATAAAATAAAACAATTTGCTACTGCCAGATGCTTCTTTCTTTTCTGGGGCCTTCTGTTTCCATTGGGCCAGTCAAGGTAAGTTTTGCAAGGGGTTGACCTGCTTACCCTTGCTGTAATGGTGCTGTTGCACTAGCAGACCTGAGATGCCAGCTAGTCATTTTTAGTATAGTGCAGATTTTTTTTTTTTTTTAAGTAATTGGCATACACTGGTCACAGTTTGTTTTATGGCCCCTTCTCTTTGGCTGTGCCAGTGACCACTTTCCTAATAAGTTTACTTGCTACTTACACACTTCAGATATTCTGAATTTTGCTTCATGGTTTTCTACATTTTTTTTTTTAGTCCAGTACGTTCTATACACCATTAAATACACCCAATTATTTAAATGTTTAGCATCTTCCTCTGAGGATAATGAATGAATACTTTAGGAGACCAGATCTGAAAGTCTCAAGAAAGTTGCTGTTGTTCTCTCAAAATTAGATCATTATCCAGTGCCCCTTCCTAGCTAACAGCATGGGTTCTAGCTCATGGTAAAGCTAAGCTGAATCCTTGAGGACTCTAGGAATCTTTCTTAAAGCTCTGAACTTTCTCTTAAAGATGAACTGATTGTTTTTCCTGCATCATTTCTTCTGTTTGCATATACTCAGGATTATTAATAGTAATTATAATGAGAAGATAATTGACAAGTAGCAGGGTGCCTATACCACTCATGGCAGTGAATGTATAGTTTTATCATCCAAAGTTTTTCAAAACATTTTCAGATTTTTGGGACCAAGGGCTATATAATCTTCAAAAATAGTTGATCCTTTATAACTGCAAGATTCTATGTCTATTTGTTTCATCTAACATGGGCTTATAGTTCATGACAAATAGATTACAATTTCCAGACCACAAGCAGATTTTTTCCTTGTCATATTAACATTTAACACATGAAACAGCTATATAGTTATAGAGAGAGCATGTATATCATGTTATGCATAAGTAATCTAGATATGATTTAGACTATACAAGATGTCCATTGGTTATATGCATATATTATGGACTTTTTTATGCAAGGGTGAAAGTCTGAATTTTGATACACAGGATCCTGGAACAGGTCAGCCTACTGTCAGTTATCTGCTACACTGCCCACATTTAAGTTCCCTTAAGAAAATTGGATGATTGTGGTCTTTGAAATGTTACTGAATATGACAAGACATTTAAAGCTTGTTTATAAAACAGTATGCAAACTAGGCAGTAATGATCTAGGCTTAAAAGGGGGTTTGCAAAGTTGAAACTAGAGCCATTTTTTTTTCCAGTTCAGGCTGAATCTATTAGTAAGTACCTAGAAATAGCAAGCATAACTTAACCATAATTTCTTTCAGACTTATCTTTAATATAGATTAAATTATTACCTACTGATGCACATAACATTTGGGGAAAGTTATACTTGTCAGCTATAGAATTAAAAGCGTATACTGCTGAAAGGGACCTTACAAATAAATCAAATAAATGAGTTTTAAATAGTATATAAGTAATTGTTTTTGGAGTGGGTCTTTTTTTTTTCTTAAGTATTTCCTGAAATTTTTTTGTATAGTGACACTATTCAAAACTTTCCAGTAAAAATTTCTAAGTATGGTTGTGTTTGAAGCTGTCTTTCTTCATATCCATTCAGAATAAAGCATGTTTTGTCTTTAAAGTATTTTCTTCTCCTCCTTCATTTTCGTCCTTTTCTTTTTGTATGAGCTTTTTTTAATGAAGAACATTAAATTTTGTTATCTTTAATCAGCTGATTTTGCCTTTGCCCAACAGAGTGCTTAATAGCTAGCTCTGTTCTTGAGTGTTAACTTTCTTCCAATTTATAAAAAGAGTGAAATGAAGTCTTGAGCTCCGTTCCAGAGGTAACACTTTGTGGTTCAATTTTCTGACTGGATTGATTTGGAAATCAAATTCTTTCTAGGAAATTTCAGGTTTTGGGGGGTGATTTTTGGTTTTTTGTTGTTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTCTTTTTTTCTTTTTTTTTCTTCCTTTTTTTTTTTTGATGATACATTAGTGAGTAGTTATGTCTTACAAATGAATTTGGTTTTCTTATTTTAATACTGAGAAGACAAACTCACAAATCTGTAATGGCCCAGGTTGTCCTATTCCTAGGCCTTGGATATTCAACTGTTTTTGAGCTGGTTTTCTTGCTTCAAGGCTATTTCTATTTCCTCTCAAAAATTAAAAAGGAAATGTATTTCTTTGCTTAAGAATCTCAAATATTGTATATCTGTGACCTAGTGTCTAAATTCCACAGCTTTAAATTTGAAAGATCTCTGTAATACACGTCAAAGCAACATTCAGTAATGCATGTTTTTATACTCCCTAATACGAGTTCATACTAATCTTTTCATGGTGCCTTAAATGGTTATATTAGCTCTTGACATTAAACTTATACTGCTGTCCTTGTATTCTTGCTTTCAGGATTACTATCACCATGACATCTTTGCTTGCCTCAATTATTTTCTCAAATAATTTTGAACACTGTTTACCTCCTCTCTAAATTATTTAACATCTTGATATGCTTGGAATTTTTACAGTTTTATTTTGGCACTTAGTGACATTTTCCTTCCCTTAATGTTTTCTGATTTGCTATTTTCCTAACAAGTTATAAAGTCTTAGAAAGCAAGAACTAAGTTGTTCTTGTTAAGAATTGTCATTGCTGAGCACATTTCTTGGTGCATTTTGGGTGCTCAGTAATACTTGTTGAATGAATGAAATGAGTAGATACTATTTCCTACAATGTAAACTAGAAAGTAACTGATACATGTGTATCTAGAGGTTACTTGTGACTTTACATTGTCCCTGCTTTTAGTATGAGATTCATTATGGCTTTCTCATTTAACAAAAAATAGATAAAATGAAGTAAATTGGTATTTTTGGGTTTTGTTTTGGTAAAGAAATATAAACACTAACACTTAATGGTAGGGACATGCATTTCTAGCTGTGTAATATCATTGAAGATGTAATCTTGCCATATAGGTCCTTATAATATAAAAGTGATTTGTACTAGGTTTTGCAGAGATAATCAGTCCATTGATAATCAGTCCATTGGTGTTTAAATTTATCTTACTAATGAGATAATTTATTTTATTTTTAATATTGGCCAGTCATTAAAATGACTGTAATAATGACATAATTTTTATGTTATTTTTGTTACTTGAAATTCCCAATTCTAGTAATTTCTTCGCATTTACTGCTCTCAAATGTCTTCACTTTTACGATGTGGTTCAGTTTTGATAGGTTTTACTAGTAAGACTGTAGACGTGCTTACTTCAGCAACTATTTAGCATTTAAATATGAACTCACTCAAAACTTGAGATCCAGTACATTTAATGTTCGTAATGATCCAAGAAGTTTTATCTCAATTTGATAGAGTAGACTATCTCTCTCTTTAAGATGCATGAAATACTAAGTTATTGGGAAGTCTTGCAGGAAGTTTTGAAAATGCGGCTAGGTGTTTATCTGTCTTGCCCACCACCTTTCTAGTAGCATTTCAATCATGAGAAGTACTACGAACACTTAGTAA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Seq C2 exon
ATGCCTGGAATGATGTCTTCAGTAATGTCAGGAATGATGATGTCTCATATGTCTCAGGCTTCCATGCAACCTGCTTTACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004864:ENSRNOT00000006549:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.991 A=NA C2=0.866
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]