BtaINT0118339 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000048151 | PRPF40A
Description
PRP40 pre-mRNA processing factor 40 homolog A (S. cerevisiae) [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:16463]
Coordinates
chr2:43586698-43599390:+
Coord C1 exon
chr2:43586698-43586829
Coord A exon
chr2:43586830-43599309
Coord C2 exon
chr2:43599310-43599390
Length
12480 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAAGTAAGA
5' ss Score
7.61
3' ss Seq
GTTTTTTACTTTTGTTCTAGATG
3' ss Score
9.97
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGGGGCATCCTGGCATGCATTATGCCCCAATGGGAATGCATCCTATGGGTCAGAGAGCGAATATGCCTCCTGTACCTCATGGAATGATGCCACAAATGATGCCCCCAATGGGAGGACCACCAATGGGACAA
Seq A exon
GTAAGAATGTTTTGTTTTGTATTTATTTGTTTACTTTTGCCTGTGGTATTCTTATGTCAAAGAATTTAAAAATCTGGGTCAATACTTGCAGCTGTTTGTTTCATTTTATGTCAAAATAATGTTTTAAGTAAGTGAAATGTTGAATAATCACAACACTAACCAAATTTTGATTGTATTGAAAAGTCTTCTGTATAAGAGGTTTGTTTTCTGCAGTAACAAAGCTGAGTTGTTTGTATTTTATATTTTTAATTTAAAAGTAGCAATGTATAGCTAAGCTTTTGAGTTTAATGGCTTTACTCCCCCCAAGAATGTCAACTGAAGTAATTTGCTATGTCAATACAATTTATGTCGGTGGACGTTGTACATGCATAGACTCTGAAAACAGCAATTGTTTAGGCCTTTGACTTGGAATGAATTTTATTTCTGAAATAGCTTCCTGTCGTGTGTGGATGTGTGTGGTGGGGGTGGATGTGGGAAGATTGTACTCTGATTTGGTTCTTCATAGGATGGTGCCAAATAGGTAGATTATTTTCCACTTACACTAGTTTGTTTTTTTGTTTTCTTAAATGCTTATGGCTTCTGCACTCCTGGTTTTGAGCTAGCTATCCCTTCCATCTCCAGCATAAATTGTAAACAGACATTTTGTGGGAGTGATTTGGACCAAAAGGTTTTAATGCTGACTCAATGAATTCAGTAAACTGAATTCCTAGAAAAACAGTGAAGAAAGGTAACAGGTTTGGTTACCGTAAATAATTTTATGCCCCCTGTTAGGTTCTGTAATACACATATCCTTTGGTGGCTGGGTTCTTTCCATTTAGTATCTAGATAAATCATCAACTGTTTAGGCTAACAATATTTGGAAAGCCAGTCAATTAGGTATGAGCTTTCTGCCAGTTGGGGGCATCATTTGCTTTGATAATCATTTAAACCTTGATGGTTTGAGTTAAATTGGTGAAATTGCAGTGGAGAAAGGAGCTCATTCTGTGTCTTTTTATTTTTTTAACTCAAGAGTAGAAGGACTTAATGTCAAGTGGTTTTATCCTCTTTTTTATTTGGAATATAGCCCTTAATTTTGTTATAAAAGGCACCAGGCCCAAAAGGATTCTACTTATAGGAGTTCTTTAAATAAAAGAACTATTTGTTACTTTTAAAACACAAGTTTTAAAACTCCCTAGGTGATGGAGAAACAACTCTGATTCCTCTTCTGTTTCATTCCATCTCTAAACAGCAAGGAGCTCTTCTTGTTTTCTTAGTAGAGCTGCTCTAACTAGATAATGAGCTTTAAAAAAATATTTACTCTTTAAATGCTCTGGTTCTTATTTAAAATTAGTTTCTTTCCACAGAAAGATAAAATAAAACAATTTGCTACTGCCAGATGCTTCTCTCTTTTCTGGGGCCTTCTGTTTCCATTGGGCCAATCAAGGTAAGTTTTGCAAGGGATTGACCTGCTTACCCTTGCTGTATTGGTGCTATTGCACTACCAAAACCAAGATACCAGCTAGTCATTTCAAGTAACATGCAGATATGATTTTATTTTTTAAGTATTCATGTATCTCATTGACATAAGCTGGTCACAGTTTGCTTTACGGCCCTTTCTCTTTACTTTATAGTGACCATTTTCCTAGTAAGGTTATTTGCTACTTGGTACACGTTCATTCAGATACTTTTACCTTGTGGTTTTTTCTACATTTTTCCTAGCCCAGGATATGCCCTTTAAGCTTACCCTGACTATTTAGCTGTGTAAAAGTCTGTCTCTGTTGGCTCCTTTTAAGATAATAATTGAATGACTTAAGAGTCCAGCTTTGAGGAAATCAAGAGAATCTCTTTTTTTTCCCCCCCTTAAATTAGATTATTCCCTTTTTTCCCTTTTAGTATCTAACAAATATGGAGCCCAAATCTTGGTAAAACAGATGCTTTTTTTAGGTGTTATAGCAGACTGAGAGGGTATGAATAATATAACCATGTATCCAGGAATCTAATTTAAAGCCCTATAAAAAGCTACATTAAAATAAATTGATAATTCTCAAACTTGATCTTTCTTTCAGCATCATGTCTTCTTTCTACCCAACCTCAGAAGTGTTAGTGCGCAGTAAGTGGTCAGAAGATAATGAGAAGCAGGGTGCCTATATAGTTGACTGCAGTGACACAAAGTTGGTAGGGTTCTGCCATCTAATTTTAAAAAGTTAATTCACAGATTCTTTAGACTTTGCAACTGAAGGTTATGGAACCTTCATGTATATTGTCTAGTTCACATTAAGATCTCATTCTGGGGCCAGCTGAGGACTATAATTGGTGGCAGTCTTACTTGCTAAATGATTGTGGTATTTGGAATGCTATTGAACGTGACATGAAATTTTAAAAACTTGTTTGTAAAATAATATGCAGACTGAACTTAACAGTCTACATTAGTCAGAGTTTGTATTTTTTGAAATTAGAGCAAATGATTTTGATTAAAGGAGTAGTTATGTTTTTATTTGTTTTAATTCAGAAGATAACCTAGAATGCCCTTTTTAGAATTCAGACTTAATCTGTTAGTAGTAATAAGCATTTGGAAATTATCAAATAGGGCTTAATAATACTCTTTGAAGTTTATCCTGTAAGTTAAACTTACCTTTCTCATTGTACAGTAGCTTCAGATGGGAAAGTTTTGCTTCTACTTCTGTAGAATTATAGGATCTTACAGTTGGAAGGGACCTTACAAGTTGTATAAATGTTATTTCCAGTAAGAGATTGTATTAAGATATGTATGAAGCTGTCTTCTTTCTCCATGTGTATTGTAAATAATGTTTTGCTTTAAAATATTTTCACATCTTAGTCTTCTGTTGTCTTTTCTACAACATAAACTGTCCTTATACAGGTGATTTTGTCTTCACTTAAGCCCAAGAGAGTCGTCTTCCCTATCTTTTTTCCCCTTTCTTTAATTCTTAATTTTTCTCTTCTTTTAATGAGAAGATGAGAGTAAAAGAATTAAGGTCCCTTTCAGCTCTAACAGCCTATGATTCAATTTTGATAAGGATAGATGATACATATAAAATTTTATGGGTTGATATATAAGAAATTCTTTTAGTAATGCCTCCCTAATTCTAGTTATTCCGTATTTTTTCTTTTTGCTTTTGTTCGTTAAATTGATAAATGAATAATTCCTCTTTAAGTTCGTTTTCTTGTTCTCGTATTGAATAAGGCAGGTTTTTATAGACCTTATTTCTATTCCTGTTGTTATCTGAGCTGCATCATGCCTTGGATATCATTATAACTTTTTAGCTAGTTTTCTTGCTTCAAGCTTGTCCCCTCAAAAACTTTTTAGATTTCAGTGAGTTATTTTCTTGCCCTAGAACTTTCATTGTTTTCCTGTGCCTATAGCTTAACATCTACTTTCCACAACTTAACTTTCAGTGATCTCCTGTTGTATAATTCAAAGCATGATTCTGAGCTGCATGCCTTTGCATTCCCTAATATGAATTTGGACTGGTCTTCTCATGGTATTTTGATTATATTATTTCACGACTAAGCTTGTGTTTTTCTTGCTCTCCTGCCCCCAGCTCATTACCATTGTGAACTTTACTTTATTTACCTAAATTCTCCCATTTCAAGTCCTGCCTTCTCCAAGAGGTCCTCAGCAATAAATTTGCCCAGCATACATCTCCCCTTCAGATTATCAAAATAAAATCCTATGTAATCTTCCCATAACTCTTACTATTTCACTTATTCTAACCTTGTTTTATTATGGTTTTACTTGCTTTGTCTTTTCAATGAGTAATAGATTGTAAGCTCTTAGAGGGCAGAGGCTGTGATCTGAACTTTTAAGAAGTCTATAGTGCTGAGCACAGTTCTTGGCACATCATGGGTGCTCAGTAAATTACTTGTTGAATGAATGAAGCAAACACAGATACTCTTTCCTACAATGTAAGCCTGTAGATTAGTCAGTTACATGTAACTGTTTTCAGTAGTTACTTATGACTTTACATTGTTACCACTTATTTTTAGAGTCTGCCTTTACTGTTGATTTTTCATTTGACAAAAATGAAAGATCAATAAGATGCAATACATAAGTAATTTTTGTTTGGTGAATAAAATTAAAGAAGTTACTTCCATTTACTTTAAATTACAGGCAAGTGTATTTCTGTCTGTATGACTTCATTGGTGATCATCTCTTTAAGTTTTACCACATATTTTTCCATACCCTAGGGAGAAATGATTTGAAATATAGGCCTTCCAGAAAAATCCAGTATATTGGTATCTTAGATTGATCTGACTATGACTAACGTTATAAGTTGATTTGTTGTTGCTTTTAAGTTATTGTTATTTTGGGGTGTTCACAAAGTCCTTCCTGTGTAATTGGACATTAGCCAGTGACAAAGAGATTTTTTTTTTTAGGTTGTCTACTTACAGACTGTTGAATCTGGGTAACTTTCTTTATGCATTTATATTACCCAGGTGAGTACATTTTAAAAAATAGATTGACCCATACCTAACATGTTGGTATAACTTTAGGCCTATGAATACAGTGAGATTTTGATAGGTTTTAGTTCCATTGTTTTTACATAGCAACTTATTTAAGTCTGAATTCATTCAAAAACTTCAGCTAGAGTAGTATTTCTAAGGATTACTTGGAGAGATGTTAAGGAGACTATGTCATTTTGAAAGAATGAACTGTACCCCTTTGCCCCTCTGAGATTCACAGGGTGCAGTATTTTCTAAAGATGTCAAGTTTTGCTGAAGCCTTTTAAAACTTTTTACCTAGTGTGTTCAGTTTTATTTGGCCATCTTTCCCTCCCCCACTTCTGCAGTTTCCATTACTGCCCCCTTTGTCTGTTTATTTTGCTTTGTCTATCACATTGCATAGAATTAACATTGCCTGAAATTTAACATTTTGTGAGAAATGGTAGGTTGGGAACACTTACCCATTTAGTTTGCTTTTTAGGAGAAAAGGGCATATTAACACACATAAACGTATGTGTGTGTGTTAGTCCCTCAGTCGTTCCTGAATCTCTGCGACCCCA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Seq C2 exon
ATGCCTGGAATGATGTCTTCAGTAATGCCTGGAATGATGATGTCTCATATGTCTCAGGCTTCCATGCAGCCTGCCTTACCG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000048151:ENSBTAT00000064349:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.898 A=NA C2=0.870
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]