BtaINT0040830 @ bosTau6
Intron Retention
Gene
ENSBTAG00000020056 | COL12A1
Description
collagen, type XII, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:2188]
Coordinates
chr9:14976552-14983763:-
Coord C1 exon
chr9:14983691-14983763
Coord A exon
chr9:14976669-14983690
Coord C2 exon
chr9:14976552-14976668
Length
7022 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
CCAACTCTCTCTTTTTGCAGTTG
3' ss Score
9.78
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGCGGATCAGGCTTCCCCCAGCGCTCGCCGCCCTGGGCGCGGCCCTGCTCCTGTCTTCCATCGAGGCAGAAG
Seq A exon
GTAAAAGTCTTTTCCCTCCTTCTCTCCGTGACAAGGTAGAAGTCTAGAAAGGAAAAAAAAAAAAAAAAGGCAAACCTTCCTTGCCACTGTTGCTCGATCTGTTTCCCCTGCACTTCGTCTGTTTTCTCCCGGGGTTTCTCTGCTTCGGAGAAACGCCCCCTCCTCTGAGGTTCGTCCACCTCCCAGCTCTCAGGTCCAGCTCTTTTCCGTCTTCCGCTTCCTCCGTTCCGTGCAGTGCTGTGTGCTCTCCTTGCGCTTGTCTCTGCGGTGTGCTGTCCACACCGCCACCGCCGCTGCCGCCTTCGGAGCGAGGACCAGCCGTCCGGGAGGGGGCGACGGCTGCACCCGGCTCTACGGACCGGACGCCCCGAGGGTGGTACCCAGGAGCCCCGGAGCGCCCGGCGCGCTCGCTCGTGCGCGTGGCTGGGGGAGCCCCTGGCTCGGGGCCGCGGCCTCGGTGACAGCACCAAATAAAAGACTCCAACAGCGCCGGCTCTGCGCCTCTGTGTGTTTTGTGGGGAGTCCGGTCGGCGAGGCGGGCGGTGCGGGCACGTGAGCAGCCAGATCGCCCCGGGAGTGGGTGGTCGGTAGCAATCCGGGACCCGGGGTGTGTTGGCAGTGGCCGGGGTCGGGGGTCGCTGCTGTCCCTGTTTGGTTCGCTGCGCCCCGGGACGCCTGGCCCAAGCCCAGACCCAGCCCCTCGCGCACAGGTTGGGTCTGGGCCAAGGTTCTTAACCCAGGGAGCTGGTGGGAGCCTGGCAAACTGGGCATCACCTCCCCCAACACTCCTTCCCCCAGCATCATCCCTGGGCGCTGAGTCTTCTGAGCCTCAGAGATGGGCTCAGGGCCCAAGGGTCTGGAAAAACTCTATAGGCTCCACCCCTTAGGAAATGAAGGACTTCTGCTAGGTTTTCAACCTTATTTCATCCTTACTGTTGTGTGCATTTGATGCCTTCGTCTGTCAGTACTGGTGGAACAAACCCAGTAGGGGCTTCTGTGTTTCCTCAGTTATCATGGGAGATCTGACACACTAAATTTATTTTTCTGCAAGGTAAATGGGGTACTATCATAAAGACAACTTAAAAATATGCTCTTTTTTTTTTTTTTCCAGTGAAGAAATGCTCCTGATGGAGTTAAGGGAAAAAAGCAATATTTCTGGGTGGGGCAGTGTGGAAGTTGGGGGTGGGGTTCAGAGGGTGAGGGTAATTTAGAGTTTGTGGGGAAGTAGAAGGGTTTCAAGACAGCACTGAGATTTTCCAAAAACTTTCTGTTGTGTTCAATCCTCTGGTTCAAGACCGCAAGTACCAAAAGTTAAGATTAGGAAAAGCAGAGTCTTCAAAATGTACAGCATGTTCAGAAAAGTAAGGGAAACTTGCTGGCTCTGCTTATCTGATGAATACTTCATGAATGTAGAGGCTTTTCAGAGAGGCCTCTGTGAAGTAATATTCAGATGAGAGTGCTTTTAATGTTCCATTCTATGTCGTTGTTAGGAAGGAATTTCACTGGAGGAACTTCTGGAAGCCCCACTCAAGATATTTTTAGATAATTCACTCAAGTGGCCTATTTATTGCTCATTAAGAAAATAGTTATTTGAAAATCAGAAAAAGTTGTGAATTCTTAGGACAAGAATTGGATTGGAAATGATGTAAGTGGGAAAAAATCAGTTCTCAATTGGATAATAGATAGTTAGCAAAGTGCAGTTGAAAAGAGCATTTTGCTATCTACATTACTGATTATTTCCGTATTTCTCATAATTTATCTTTTAAGTTTGTATTTATTTCCACATGGTATAGCTCTTTGTTTTGCTTTCTTAAGCTGTTTCTCTTCTTGTCTCTCATCTGCTTAGGTCAGCATTTAATAATGATATTTTAATAAGATTTTTTATTTGAAGGGGACCTCATTCTCCGGTTTGGCACTGTCAAATAGAAATATATTGTGAGCCACAAATGCAAGCCACACATGCAACTTAAAATATTCTGATTGTGATATTAAAAAGGGAAAAAGAAACAGGAGAAATTAGTCTTTGCAACATTTCACTTAAGCTAATATATCCACTGTATTGCCATTTTAACATGTAATCAATATAAAAATTATTAGTGAGATATTTTGCATTTTTTGTATTAAGTCTTTGAAACTGGGTGTGTATTTTACACTTGCAGTGTATTTCATCCAGACTGGCCACATTTCAAGTGCTTGATAGCCACATGTGGCTTGTGGCTCCAGTGGTGGACGGGACTGGTCCAGTGTTAATTACCAACTAAGTGGCCCCACGAGGTTGGGAAGGGCTAACAAAATTTGTAGCCAAGGCGTTTCTGGGGACAATGGGCAGCAAACAGAAGTTCTCTGAATCATTTCTGTTGATACATTTCAAAACTTCAACTGGCAGCCCTGCTTCTTGAGATGTCATTTTGACCTTAATTCTAAAATAGCCATTGTAACTTTTCTTTCTCTTTTCCAACTTGTACTCTTGTCTTCATACTATTTTCCAGTCAATTTCTACTTAATTTTTTTTTATGTGTGGAAAGTTCCATACCTTTAATTAAAAGATTTTGGCATTCACTTTTTGCATTTATCCTTTTTTTAAAATATAGGGAGTACCACCTTTATTATGTTGTTTTATTCTATGTATTTATACAAGGAACTTTATTTTTCATAATTAGTATTTTCTCCCGTAGAAATAAGAGTGAAATGATTTTTTCTTTTATTTATTTTTGATTTTTTTCTTTTAATAATTTTTAGCTGCCGCATAGACTTTATTTCTAACCCTAACCTTATAACTTGGCCAGCTCTCTGTAAGATCTAAAATGTGTGAGTTATTTTTGGTTCCTATATCATAGTGCACATTAATTGCCATTTAGAAAATTTAACACTTAACATGTAAAGGTCAATGGCCAGTGTTCCCTGAGAATTAGACACCTTTCTAATTAATCTAAATTTGAGGTGATCGTATGTTTTATGAAAAACAGTTGTAATTTTAGTAACTCTGATTTGTAGTTCATAATATATAATGAAATATTGGGTATTTTTAATTCATAACTGAGTAGAGGCTATAAGCTTTAATTACCTTGTGTCTAGGTTAAGAGGCAGGTTAATGCGTATTTCTATAATCCTGTGTCTAACTTGCAACAGAAATTTCAAACCAGATGGGAATGTGTAGTCATCTATTCTAGTTTTCTCATTCTCCGAGTGAGAAAATGAGGACCAGAGAGGCTGAAGGGCTCAGTTAACAAACGTGATGCCTAGGGGCAAGGCGCAGGCAAGACCCAGGTCTTCTAGGCCAGCGCCGTGCTAATTTGCTCCCATTGAGCTGCTTTCTCGCTTGACAGTGGGTCAACCCAGCCAGTTTAATGAAAGAATGCATTTTGTAATCTGCACAGAATAATTTATTACTTGTCTGAAACATGAACTTTTCAACTGCTTATTTTTGGTATCTTATAAACACAAATGAAATAAATATCTGTATCATGGCAAAGGTCATTTAATTTATACTAGCTTTGGACAGAAAATAAAAATTAGCACCTACTGAATATAGTAAAACTGCACTTTGCTCGCTTCTCAAAGTTTCTACCATTAAAGTAGTACCCTTCTCAGTATTGCTATCACAAAATTTAGACTAAAGGTCAACAAGGTGGGCTGCTGCTGCCCTTCAGCAGTTTTAACGTAGTGTCTGCTGCTTCAGGTCAATTTCCTTGCAAGGTTGGTGGTACCTGGTTCATCAAGATGATATTTTAGCAGTTTGTTCTTGGTTTTCCTTATCTTTAATACACTTCATACATTTACCAAATCTTATTACACTAATCTCCTTCCACCTGTCCATCCATCCTTGCACTGATGTTAAACTCTTGGACATATCTTCCTTTTGAGTGCCATAATGAATAACAATATTTTGTAAACACTATATATCAAGATAGACACTTTGGTTTTAAAAGTGCTTAAACAAGTTGTAAAGTTAATATACCAAACTTTATCTGTATCTGAATTGGAGATGTCTGAATAGAACATATTTATTGTTGATGAGGCATGAAATAAAGGTTTTTCATAGAGTAAGTAAAATACTTATGTATATTTTAATAGCCAAATTCATATCAATATTGGTTTCTAAAGTTAATCTTTCATGCAAATATTTATTTAATAAGCCAGTATGATAGAAAACTGTATGTTCTAGAGTCAGACTATGGGGGTCCAAGTTTTGCTGCTTGTTTGCTGCTGTGTTAACCCTTCTGAATTTCACTGATTCATCTGTGAATCAGATAATAAGGCCACTCTGCTGGGTGATCATGAGAGGAGAGAGAGACAATATATAAAGTGACCAACTCTCTGCCTGTCATAGAAAAGACACTCAGCAAACACTAGCTATTATTATCATTGCTAAAAAGTCCTAAATCTTGCCAATTTATGTAAAAAGATATATCAGAATGTAGCTTTGATAGCATAGCCTTTTGATAACAAAGAGCATTATTCATAAATATGAACTTAAACTGCTAGTGTTATGAATACTTAAAACTCTAGTTTCTTCACTATCAGTATTCAGTTTTATGAATATATTAATATACCTGATTGCTACCTTATTCATTTATAATTACACTTCTATTTATCTTCATTCCCGTTCATATTCTATACAACTATGACTGTTTGCAATCACAATCCCTATGTAGATAGTTTTAGAAATATTCTGGCATCTGCATTCACTGTTTATAATGATGCAAAGGCAGTTGTGAATTACTTTTATATAAAATAGAAGACTTTTGAAGTTAATGAAAATGTATTTTGCATTGATTCAAGTCAACAGGGGTCCACACTCACACCTGCTTTATTATGTTTTTTTCATGAAAAAACAAACAAAATGCATAGAATGGCAAGCCTAAAAGATTTTGCAGGTGATAAAAGTGGCAAGAAGAAAAGTGCGAAGGGCTGTCTGTTATACACATGCTGGTCAACCATCCTTTATTACTTTTGATCCCCAAGTACCACATCTGAGTTTCTATGAACACCTTAAAATC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Seq C2 exon
TTGAACCACCTTCAGACTTGAATTTTAAAATTATAGATGAAAATACTGTTCATATGTCATGGGCAATACCACCTGATCCAATTGTGGGTTTCAAAATAACAGTGGACCCTACAACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSBTAG00000020056:ENSBTAT00000026725:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(47.5=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
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GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]