RnoINT0038909 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000058470 | Col12a1
Description
collagen type XII alpha 1 chain [Source:RGD Symbol;Acc:2374]
Coordinates
chr8:87147351-87155042:-
Coord C1 exon
chr8:87154934-87155042
Coord A exon
chr8:87147468-87154933
Coord C2 exon
chr8:87147351-87147467
Length
7466 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TCTCAGCTCTCTTTTCGCAGTTG
3' ss Score
7.98
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCCTTCATGAGGCTGTGAGCTTTGAGGCACAAGCATGCAGACCGGGCTTCCCCGAGCGCTGGCCGCCCTGGGCGTGGCCCTACTCCTGTCTTCTATTGAGGCAGAAG
Seq A exon
GTAAAATGCTTTTACTTCTCCTATGGCAAATTGAAACTGCAGAATTCAAGAAAGGAAAAGACTCTCTTGCTTCTGTTGCTTGGTCTGTTTTCTCTGCACGTCCTCCGGTGCTTTCTCTTCTTCAGAGAAACGCCTGCCTTCTGAGGTGTGTCCGTTTCTGAACTTTCAGGTCCAGCTCTTGTATTCTGCTCCCCCTATTCTGTACAGTGCTGTGTGGTCTCCTTGCACTTGTCTTTGCAGTGTGCTGTCCACACTGCCACCAACACTGCTGCCTTCCTTGAGGATCAGTTCCCTGAATAGGGCAACAGCTCTGTCAAGAGGATCCCAGACGTCTGGCCACGAGGAACCTCAGAATATGGACATCCTTACAGGATCAGCAGCTGATCACCTGGGTCAGGACTGTGACCTTAGTGACAAGAAGAAATAAAAGACTCCAACACTGCCAGCCCCGCGCGTCTGGTTTTCCTTTCTTTTCTTTTTGAGCAGGTTAGGGGAGCTCAATTGGATAGGCAGATTTCAGGCAAAGGAGTCAACCTTCAAACTGCTTGGGGAGGTGGGTGGGTGGGGGATGAGTGACAAGCAGAAATTGACCCCTAGGGGGTGCTCACTGAATCTAGGGACTCTGCTGTATGCGTTTGGTTCAGAGGTTTCTAAAGCACGCGCGCGTCCCAGAACAACCCAGCTTGGAGGAGGGGCGGTTTGGCTCTGTGCCAGTGTTTCCAGCCTGGAGGCGGCTGGGATCCGGGCACCCCTTTGGCATGCCCTTGCCTTTGCCTGGCTGGGAAGACCTGGCCGCGTCTGACCTCAGCGTCTTGGCACTAGGTGCCCAGGGACACCACGATGTGGCTCCGAAACGGCTTCCTGTACCTTGCCGTCTAGAAAACTTTTGTTCGATTTTTAACCTAATTTCGTTTTGTTTGGTACACTTAGTGCTTTAATGTCTCAGTATTTATTGAGGAAGTCCCTTCCACGTGATAATCTTACCAGCTCTTTCAATTATCATTCGGGACTTTGCAAACTAATCGTGTTCCGCAAGATAAAAGGGTTAATCTTAAAAAGTCTTTTTACCCTCTTGAATGAAAGAAATGCCTTTAATGAAGTTAGGGAGGAGATGTCTGTAGGCTCTGGAAATTCCAGGGTGGACTGTGCTGCTCCTAGAAGGGGTGGGTATGTAGGGCTGTTTCTTGACAATCCTAATGTTTTTTTAAAAAAAGTTCTATTTCAACTACAGGTAGAGAGAATTAACGCTAGGGAACCGTAGTGGCCCTACATGTGTAGCGCATGTAAGATCTCCAGATGCTTGCTGGCCTGGCTTTCTTGATGAGGCTACTCTCTCGCCTCCTGAACGAGTATTCTGATGAGGTGGCCTTTCAGTAATCCTTGCTGTGATGTCAGTTAGGAAGGAATTTTATTTGAGAAACTTCTGGAAGCACTACTGAAGATATTTTTAGATAAGTCACTGAAGTGGGCTGTTTATTGCCCATTAAGAAAATAGTTCTTTGAAAATAAAAGTTTTGAGAATTCTTAAGTATAGGGTTAGGTTGGTGATTATGCTAAGTGGAAAACATCACTTAAGTGGTACTGGCCAGACAGCAAAATACAGTTACAAAGGACATATGATTGGCCTTTCTGATTAGCTCAGATTTTATCTTTTAATTTTATATTAGTTTCCATATAGTATAGTTGGTTTTTCTTCTTTCTTTCTTAAGCTCTTGTCACCTCCTCCTTCAGGCCAGTATATTTTAATAAAATTCATTTTTGGATTGTCTTCTAGTTTGGCAGCGTCAGCCAGAAAGATGAGTAAAAAAATGTAAGCCACACATATAACTCAAACATTTCTTATAGTCATATAGACAAAAGGGAACAGAAAAAGTTGATTTTAACATGAAAGGTTTTAACACAATATTTTTGTTTCAAATTGAAAGACAAAACATCAGTGACCCCCCCCCCCCTGCATATTTGTGCTAAGTTTTGGAAGCTGGTCATGTACTTTTTACACTTGCAGCACATTTCAATATGCACTGGCCATGCTTCAAGCCCTTCAGCCACATGTGGCCATTTGCTCCTTGTTGGGCACCTAAGCCCTGGTGTTAACTGCTAACTAAATGGCCCCAGGAGCCTGTAGAGTGCTAACAAAATTTGTGGCCATAGTCTTTCTGGGGATGTTGGGATATGTAATCGATCCCCCTGCCCAAACCTTTCTGTGAGGGTATTTCAATATTTCCACTTGCCCTCTTGCTTACAGTCTTCTGCTAGGGTAGCCAAGGTTACTTAGTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTCTCATATATGCTCTTGTAGTTCTGTGGTTCCTGGATAACTTTTATTTGCTTTCTTTTATATGTTGGAAGCACAGTTTTTCGTGTTAATCTAAATTATTTAAAAATTTACATTTTGCCTTTAAAAATCATAATAAAATTACCACTGTGTTTCCACTTGTATGATGAATTATATTACCATGCTAGATTACTGTGTCCTATAGATCTAAATGCAAAGGTGATTTTTTTCTTCCTTAAGTGGACATTAAATAAACCAGCAAAGTCAAACCTTTGCTAGTGCTCTGTGTGGGTCTAGATTGTGTGAGTCAGTCTGGGTTTGGGTATCATATATTAATAGGCTTTTTTAAAAAAACATTAGCTTTGCATTAAATAGTTAATGGTCATTGTTCCTTGAGAACTGGACACCTTTTCAATTAATCTAGAATTTAAGATGGACATGAAATTTGTGAAATTCATTTTTAATTTTGTTAGTATTATTTATAGTTTATAACATAATAAACAGTCATTATCAGTTCCTCAGTGATCTTAATCCATGCCTTTAATTGCCTTGTGTCTAGATTAAGGAATCCTCCCACAATCCTTTCCCCATTTCTCCTCTCCTTCTTATGAAAGGGGTTGTTTGACTGTGGGTGTCTGTATCTGAGTCGGCTGCTGGGTGGAGCCTCTCAGAGGACAGCCATGCTAGACTCCTGTCTGCAAGCATAACAGAGTATCATTAATAGCATCAGGGATTGGTGCTTGCCCATGGGATGGGTCTCAAGTTAACTGGTTATTGTTGGCCATTCCCTCAGTCTTTGTTCTACCCCTCAGAAAAATTTTGGGTTGAAAGTTTCATGGGTGGGTTGGTGTTCCTGTTCCTCGACAGGGGTTCCTGCCTGGCTACAGGAGGGGCCTGTATTTCCTTCAGGTTCTATATTTCCAGTTTTGTGAGTCACAGCTAAGATCACCCCCATTGATTCTTGGGTGCCTCCCTTATTCTATGTCTCTGTCTCATCCTGGAGATGCTTCCTACCTCCCTCTGCCCCACTGTCAGTTGCAGATTTCCATTCATTGTCATGGCCTTCTGACCATCTCTTCTTGTATTTTTATAATGCTGTTTCTAATATACAACAAAGTATTCAAACCAGAGAACTTAGATGTCATCTATTCTGATTGTTTTGTTTTCCAGATGAGGAAATGAGAGTTCCTCAAGATGATATTTTATTGTAGCTTTTAGATTTGCTTTGTTTGTAGCATATTATACACATTGATTGATCCGTCTGTCCACCCACTCACCCATTCATTTATTCATCCACCCATGCACTCATCATCCATTCATCCATCTACCCACCTACTCGTAAGTTTTTTAGTGTAGTTACTACATAGCACCCACAGGATCTGGGACCAGTGGGCTAGTGCTGATTTTCCTTTTCAGCAACTGTTCAGCTTGGTCAACTTAATGGAAAAACCATATCATAATGTGTACCAAGTATTAATTACTTGTCTGAAATGTTCATTTTCTGCTTCTATTTTTGGTATTTATAAATGCAAACAAAATGAATTTTGGTAGCATTAATAATTAAATTAATGCCTATGGAATATAACAAGCATCACACTTTACATATCCAAGGCTTCTATCATTGAGAGAATATCCTCTCCAGTGTTATTTCAAATATTAGAACAAAGGTCCTACTACTTTTTCAAGTTGATATTTAATGTATTTTTATTTGTTTTGTCTGTAACATTATATTATATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAATGATCCATCCATCCTATGATCCATCCATCCAATGATCCATCCATCCTATGATCCATCCATCCAATGATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCAATGATCCATCCATCCAATGATCCATCAATTCATCCATCTATTTGCTTATTTCTGACGTTCATGGATATAGACTTTTGTTGGGCACTTTAATTGAAAAAAGGTTATTTTTCTTTAAACTAATACGGACACACCAATTTTAAAATTGTTTGAACAAGTGTGTGAAGTTAATATATCAAATTCTAACTAAATCTATATTAGTGATATAGTGGTGAGCATAGCTGCCTTCCAAAGTCTGTCTATATTTGAGTTGCAGATGTCAGCATGCTACATATATATTATTGGGCAGGTATAATTTCTTTTAATAGTGACTTTTCAGAGAGTAGAAAAAATGTATGTACATATTAACAGATAGTATAAATATCCTAAAGATTTGACTGAAATGTTTCTTCTCTTTACATTTAATCTAATGTGGCAGAAAGCTCTACAGACTGCAAGATAAAATTATTGATATCTATGAACTGTAATGATTTCATTTGAATTTCACTTATAACACAATGATTTCAAGGCATTGTAAAGACAAAGTCGATAACAAGTAAAATGTCTAAATGTCTGCACATTATACAAAAGACATTGAATACATTTTACATACTATGATCATTCCTACCATGTCCTAAATCCTATAGCTTGTGTAACAGAAATCTCATCAGAATCCCACTTTCTTTTCACAGTATTTTGATGCTAAAAACATTATGTCTAAGTATAAAATTAAATTACCAGTTATAAATACTCAAGGTTTCGTTTCTTCATAATAAAAACCCAGGTT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Seq C2 exon
TTGACCCACCTTCCGACTTGAATTTTAAAATTATAGATGAAAATACTGTCCATATGTCATGGGAGAGACCAGCTGATCCAATTGTGGGTTACAGAATAACAGTGGACTCTACAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000058470:ENSRNOT00000077071:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(47.5=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]