HsaINT0037961 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000111799 | COL12A1
Description
collagen, type XII, alpha 1 [Source:HGNC Symbol;Acc:2188]
Coordinates
chr6:75904547-75912543:-
Coord C1 exon
chr6:75912436-75912543
Coord A exon
chr6:75904664-75912435
Coord C2 exon
chr6:75904547-75904663
Length
7772 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
ATAAACTCTCTCTTTTGCAGTTG
3' ss Score
9.86
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCTCTTCATGCCGCTGTAAGCTCGGAGGCCAAGGATGCGGAGTAGGCTTCCCCCAGCGCTTGCCGCCCTGGGCGCGGCCCTGCTCCTGTCTTCCATTGAGGCAGAAG
Seq A exon
GTAAAAGGCTCCCTTCCCCTTCACCGAGTGACAATGCAAAATTCGAGAAAGGAAAAAACACATCTTTCTTGCTTCTATTGCTTGCTCTGTTTTCCCTGCGCTTCGTGCTTTCTCCGGTGGTTTCTCTCCTTCAGAGAAACGCCCCTTTCTCCTGAGGTTTGTCCATTTCCCAGCTCTCAGGTCCAGCTCTTTCGTATTCTGCTTAATGCATTCCGTACAGTGCTGTGTGGTCTTCTTGAGCTTGTCTCTGCGGTGTGCTGTCCACACTGCCACCTGCACTGCCGCCTAATAAGAGGACCAGCCGCCCGAGAGGGGGCGACGGCTCTAATCAGCGCAACCAACAGGACACCTCCGGGTGGCACCCAGGAGCCCCGAAGAGCGGGCGCACTCGCTCGCTTGGCTGGTAACCAACCACCTGGCTCGGGGCTGCGACCTCGGTGACAGAACACAATAAAAGACTCCAACAGCGCTGGCTCTGCGCCTCTGTGTGCTTTGTGGGGAGCTCAGTCGGCGGGGCGGACGGTGCGGGCAGATGAGCCAGCAGCCAAGCAGCCTGGGGGATGATGGCAGGCAAGCGGAGATCCGGGACCCCAGGTGTTCGCACGACCTAGGGTCGCGGCTGTCCCTGTTGGTTAGCAGGGCTCCAAGGCGCGTGGCCTGGACTGGTCCAGCTCAGACAGGTTGAGCCTGGGCCAAGGTTTCCAGCCTGGGAAGCAAGCGCGCGCCGGAGTTGCTGGGCACCACCTCCAGTGTCCTGCCCTTGCTCCATCCTGCCTCCCTCAGGGACAGCCGGGTGCGTCGGACCTTCCCGCGGAGGCAGTGGGGCGCTCCGAGATGGGTTTCCAAAACGGCGCCGTGTGGCCCCTCCTCTAGAAAATGGAGGGCTTTTGTTAGATGTCCCACCCAATTTTATTTGTTGTGTGCACTTGATGTCTTAATTTCTCAGTGTTCATTAAACAAGCCATTTCAATATGTCAACCCCATGGCGGCTTCTGTGGCCCCTCAGTTGTCACTGGAGACCTGACAAATTAGTTTTCTTATTCTGCAAAGAAAATGGGGTAATGTCATGAAAGATATCTTTTTTTTTTTTCAGTAAAGAAATACCCCTGATGAAGTTAAGGGAGGAAAAAAAACACTTCTGCCAAGTGACAGCTGTGGAAGTTCTGGGTTGAGGTGTGCTTTTTTAGAGGCTGTGAGAAAGTATGGTTGTTTGCATGATTATGCCAAGGTTTTCAAGGTTTCTATAGTGTTGGATTTTCTACTTCAAGACTACAGGTAAAAAAAAAATTAGGGGAAGCAGAGTGTTTCCAAAATGTATGGCATGTTAAGAAAAGTGACAGAAACTTGCTGACTTTTCTTAGCTGATGAATATTTTATGAATGTAGAGGCTTTTCAGAGTGGCCTCTGTGAAGTAATAGTCAGATGAAGTTGCTTTTAATGTTCCTTTCTATGTCGTTGTTAGGAAGGAATTTTATTTGAGGAACTTCTGGAGGCCCTACTACAGATATTTTTAGATAATTCACTGAAGTGGCCCATTTATTGCTCATTAAGAAAATAGTTATTTGAAAATCAGAAAGAGTTGAGAATTCTTAGAAAAAGAGTTAGGCTGGAAATGATGTAAGTGGAAAAAATTGATTCTGAATTAGATATTGGCTGGTTAGCAAAGTGCAGTTAGAAAGAACAGCTTACTATCTACATTTCTGATTATTCCCATATTATATTTTATCTTTTAAATTTGTATTTATTTCCATATGGTACAGCTCTTTTTTTTTTTGCTTCTTAATCTGTGTCTTTTCTTGTATCCCATCTCCTTAAGTTAGTATTTAATAATTATATTTTAATAGGATTCATTTTTTGGCCTTATTCTCTAGTTTGGCATTGTCAAATAGAAATATGGTATGAGCCACAAATGTAAGCCACATATGTAACCTACATTTTTTTCTGGTAGCCATATTCAAAATGGAAAAAGAAACAGGATAAATTAAATTTTATAATGTATTTTATTTAACCTAAATTATTTCATCATGGAGCCAATATGAAAATTATTAGTGAGATACTTGACTTTTTTTGTACTAAGTCTTTGACAATTGGGTGTGTATTTTATACTTACAGTGCAATTTATTCTTTAAGTTATTTTTATTTTTCCTGAGACAGAGTCTCGCTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGTAGTGGCTTGATCTCGGCTCACTGCAGCCTCCGCCTCCTGGGTTCAAGTGATTCCCATGCCTTAACCTCCTGAGTAGCTGGTACTACAGGGGTTTGCCACCATGCCTGGCTAATTTTTGTATTTTTAGTAGAGACGGGGTTTCACCATGTTGGCCAGGCTGGTCTCGAACCCCTGGCCTCAATTGATTCACCTGCCTCGGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCAGCACAGTTTATTTCGTACTGGCCACATTTTAAGAGCTTGCTAGCCACAGATGTCTGGTTGCTTCCGTGTCGGACAGCACAGCTCTGCTGTTGACTACTAAGTGGTGCTAGGGGCCTTTGAAGGGCTAACAAAATTTGGGGCCAAAGCCTTTCTGGGGTCACTGGGCTGGAACCAGAATTTCTTTGAAATATTTCTGTTGGGGGCATTTCAAAATTTCAACTTGGGACTCCATTTGGTACCATGCCATTTTGATCTGAGTCCTAAAGTAGCCACAGTTACGTTTCTTTTCCTTTCATGACTCACACTTGCACTCTTATATTCATACTATTTTATTACCATTTTCTATGACCTTAATGTTTTATATATTAAAAACCCAATACCTTTTTGAAAACATTAAAATGTTTTGGTATTCACTTTTTGCCTTTCTTCTTTTTTATAGTGGTAATATTTTTGTCTTGTTTTTCTTCTGCTTATTTGTATTAGGAGCTATATTTTTCATACTATGTTATCTTGTCCTATAGAAATAAGAGTGGAAATGATTTTTTCACTTCAGTATCTATAATTTTTAGCCACTGCAGAGACTTTATCAACCGCATCACTGCATAGACTTTATCAACTGTATCTGAGTGGCCTAGAATGTATGAATTATTTTTGGTTCATGTATGATACAGTATGTTAATTATCCTGTAGAAAACTTAACACTTTGCATATAAAGATTAATGGTCAGTATTCCCTGAGAACTGGGCACTTTTCTAATTAATCTAGGATTAGAGATGAATACAAGTTTTCTGAAAAACAGAGTGTTAATTTTGGTTAGTCTGATTTATAGTTTATAATATATAATGAACAATTGAATATTATCAATTCATCGGTGAGTTGTGGCTATAGCTTTGTCTTGTGTCTAGGTTGAGACTAATTTGTATATATTTTTATAATCCTATGTCTAATTTGTGTTATAACAGAAATTTCAAACTAGAGGCTAACATAGAGATCATCTATTCTACTTCTCTCGTTTTCCAAATGAGAAAATGAGGCCCAGAGAGGCTGAATCACTTGGTCAACTAATGCACTTACTTAGATATGAAAAACAGACAAGACCCCAGTCTTCTAGTCCTAGGTTAGTGCTGGTTTGGTCACACTGTGCTTTGTTTGTGCTTGACAACTGGTTGATCCGGAAAGTTTAATGAGAGGGCATGTTTTGTAATGTGTACAAAATAATCTGTAGCTTATTCTAAAATATTATTTTTTCAACTGATTATTTATGGTACCTTGAAAACTCAAATGAAATGGATTTCTATATCATGGCAAAGATAATTAAAGTTATGCTAATTTTGCATGGCAAATGTAAATTAATGCCTATAGAATATAGTTAACTCATCACTTATTGCACACTTGTCAAGATTTCTCCTATTAAGGTAGTATCCTTTCCAGTGTTGTTATCACAGATATCAAACTAAAGATCTTAGTAGTTCATCAAGATATTTTAGTAGTGTATTCTTAGTTTTGATATATCTATAGCGCATTATGTATACTTACCAAAACTTATTAGACTCCTCTACTCCCTCTCATCCATTTTCCCACCTGTCTATCCATCCTTCCCTTCATTCATCTCTGCAGTGGCCGGTAATTTCTTGGACATAGCCCCTTTTTGGGTGCCCTATTAAAAATGTTTCAAAAAGTTATATATCAAGATGGACACTTTAGTTTTAAATGCTTGAACAAGTGTATAAAGTTAATATACCAAATTTCATCTATATCTGAATTGGAGATACCTGAATACCACATATTTATGTATATATGTATAATAATATGTAATATGTAATAACAATATTACATATGTAATACATATGTAATATGTATAATATATGCACATATAATTATACATGTATGTATATATAAATCAGCTACATATAAATATTGCTTATATTTACAAATATAGGTATATATTAAAAATACGTATATATTAAACCCATTTATGCCTAGTGTTCCACTATTGGAATGCTAAGCATGTGGGAGTGATTTATATCCTACTGCTCAAGGTCATTGCCAAGGTCTGATTACAAAAATTCAAAAAATTGCAACCTCAGGTATAAATGGGTTAAAAGTAACTACATATAAATATTGTTTTCTAAAGTTAATTTTTGATGGAAATATTTCTTCTACTTTGCATTTAATCTAGTACAGTAGAAAACTGTATGTTTTGTAGTCAGACCATGTAATCCAAGTGTTGTTGCCTATTGGCTGTGTTAATCTCTCTGAATTTCACTGATTTATCTGTAAAGCAGGGATAATAAGGCCCATCATTGGGTTCTTATAAGGAAAAAAGCAGCAACACAGTAACCAGCTCTCTGCCTGTTATAGAGAACACTCAGCAAGTTTCAGCTATTATTATCATTCCCAAAATGTCCTAAATCCTGCCAGTTTATGTAACAAAAATTTCATCAGAATGAGTCTTCGTAGCATAGCGTTTTGATAACAAAAAACATTATCTGTAAATATGAAATTAAACTATAAGAATAAAAATACTTAAAATTTTAGTCTCTTTACTGTCAGTATTCAGGTTTTTTGAATATATGTAAGATTGTTATTT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Seq C2 exon
TTGACCCACCTTCAGACTTGAATTTTAAAATTATAGATGAAAATACTGTTCATATGTCATGGGCAAAACCAGTTGATCCAATTGTGGGTTACAGAATAACGGTGGACCCTACAACGG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000111799-COL12A1:NM_004370:2
Average complexity
IR-C
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.100
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(47.5=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)