GgaINT0090069 @ galGal4
Intron Retention
Gene
ENSGALG00000015908 | COL12A1
Description
collagen alpha-1(XII) chain precursor [Source:RefSeq peptide;Acc:NP_990352]
Coordinates
chr3:80214806-80223093:+
Coord C1 exon
chr3:80214806-80214913
Coord A exon
chr3:80214914-80222976
Coord C2 exon
chr3:80222977-80223093
Length
8063 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAACC
5' ss Score
9.24
3' ss Seq
CTGGTGTAAATCTTTTGCAGTTA
3' ss Score
6.37
Exon sequences
Seq C1 exon
ATTCATTCATGTTGTTGTGAGCTGAAAGGGCAGACATGAGGACAGCGCTGTGCTCGGCGGTGGCTGCGCTGTGTGCCGCCGCCCTCCTCTCCTCCATCGAGGCTGAAG
Seq A exon
GTAACCGTCCCCCCCCTGCCCCTTTGCGCGGGTGCCCCATGAGACAACCCACCAGGCCCAAGCTGCCACCTCCCCTCTCTCTTTTTGAATGTCACTCCTTCACCTTCTCTCTTTCTCTCCTTCAGAGGAACGCTTCTCCTTCCTTGCCCAGCTCCTTCTGTGCTCTGTTTCTCCTGACTGGTCAGTCAAAATGTAGCTCGCTCTCTCTGTCTCTCTGGTGTGCTGTCCACACCGCTCTGCAGCAGAGACGTGGGCCGGCAGCCGCCCCAGGGGAACGCAGTGTCCCGAGGATCCCCGGGCACTGCCGGGGCCCACACCACTGTCCTGCGCCTGCCGGAGCCGCTGGGCTGTGCAGTCATGGTTAGTCGCGTTGAGCGAGGAAAGGAGAAATCCACTACCCGACCACCTGCAGCTCTGAAATAAAATGCTCCAACAGAGTCTGGCTCTCCGCGCCTGTTGTGTTTTGTTTGGGCCAGCCCCCTCGCCTTCACCCCGCTGGTCTTCTGGCCCCCCGTGCTCGGTGGGGCGACCCCCGACTGAGCCCTTGGGGCAGCCCTACCTTTCCTCAGGTACTTTGGCCTTCACAGTGGGCCTGACATGGGGGACAGCTCTGGGGTGATGCCATTGTATCATGCATCTCATATGCAGCCAAAGCGTGGCTGGGCCTGAGCCAGACCCTGCTGTGCCTGCTGGGTGCTGAGGCTCTGGCACAGCTGTTGCGCCATTGTCCCCAAAGCAGCCTTCTCTTCTCCTCCTCATGGGCCCCTGGTCTTGCTGGAGGTTCCTGTCAGTCCTTGGCAGCTCCCTGCCTATGGTTGTGGGGAGACACAGCGTTCACTGTGGTGTCTCTGCTGCCCTGGGGGATTAGCACAAGTGTGGGGTAACCTCCTCCATGTGAGCTGGACAGTAGTAACAGCATTTCTGTTAGCAGTGTCCGCCAAGAGAAATACAAAGACGCAAAGTGCAACTGGATGCAGAAGTGACTTGGTCTGACCTCTGGGACTCAGCTCCGTCAATAGGGTGTGCCCTGTGTTTGAACTGGGAAAAAAAGAAGCCAGTGTCTGGTAATTCAGTTTTTCCCCTCCTCCTATTTCCATACTGAGCTGAAAAATATTCTCTGATTGTGGCGTATCACAATAGCCTGTGTCTGGACCTGGTTGCTCTGGGTGATGGCTACTAAAAGTATGGTGTGTGAGAGAGGCTTCTGAGATGTCTCTTCCCAAGGCTGCACTGCTGTCACGGGGCACAGAGGAATAAAAGAGACAATTTTCTGGAAGGTATGGCATTTCTGTTGTCAGTACTACATCTGGTTGCCTTAGGAGGGGATCAACTCACTGCCTCCCTCTCATGCTACGTTGTTGTTGGCTGAACAACCAGAAAGGTCATTTAAAGTCTTTTCAGAACTGCATTTCAAATGCAGGACCACTGTGCCAGAGAAAGCAGAGGGAACGTACGGTTTTGATGGAAGAAGGGAGTGGACATGTTTGTGCATGCTTCCCACTTCTAGGAATGAGCTGGTTCGGGGCTTGAGTGACGTTGCTGTTGTGCTGCACCGTTGGTTATGTTTAAGGAGTGAGCTTTTTCGAAATGAGTGGAGGCATTTTATTTAGCTGTGGTGTGGACTGAAACAGCCACAGTTTGAGGGTTGTTAATGAAAGCTAGAAGTATGTGTTGGAGAAGCACACAGCTGTTTTGTAAGGATGAGGCTAGTTATATTACCAGTCAAGCTGACTGTTTAGATCTCGTTGTAAAGTGTGTGCCATTGTTAAGCAAAGGAATGGACAAAGCCTGATCTTGTCAATTGTGGAGCACTCCTGATAGGATTTATGCTGCTCTGCATTTGGAAGTTTGTATTAAATAAAGCGCATGGCTTTGGAGCAACTTCTCATAGCTCTAAAGTTTTGAAGCAAGAGCAGAAAAGTGTCTTTGAGTAGGAAGTGCAGTGAGAGTTAGTGATGCTGAAAATAGAAATTCAAAATCAGGAGTACCTTAGGACTTGCTCTGGTAAGATCTGCTGTTGTAAAGCCTTTTTTTTTGCACTGTGCTTTTGACTGGGCAATAGGGGCTATTCTTCTGCACTGTTCTACCATTGTGCTTCAATTCTGCATCATTTTGCACACTGCATATTGGATCTTGGTTACTTTAGTTCTGGTCTCATTCCAACTTAATTCCTGTCTGCTGAACTGACTTTCTCCTACAGATGCTTGTCTCTTTAGTCTGTTCCTTCAACTTCCACACCGCACTGTGCCAAAATCCTCTTCTTGCCAGTCCTGTCTCAGGCTGCTAGTGCTAAGTACAGTTGCATGACTGTACTTTAATGCACTTTTTTTTTTTTTTTAATTTCTTCTTTTATTCCCTTGGCTCCTCCTACAGTGGTTACAAGAGATGCAGTTTGAGTTTTCTTTCCGTCAGCTGTGTGCAGGCACTTGGTAGAATGAAAAAGTGAGAGAGGGATAATGGAGAAGGGCACTTGATGTGGTCAGGGTTGTTGTTCTGGGATGGGAAGGTGGTGTGAAAGCAAAGGGAAGGAAAAACAACGTTCTCCTTTTCTTCTGCCTTCCTCCAGCTTCCATTTTTCAGTCTCTCCTGGCAGTAGATCTGGTATTTTTTTCCTGAAACTGCTGTTCAGATTCCTAAATACTCCAGAACGAAGCTGGTACTTCATCACATCTGCTCTGTGAGTCCTTCACAAGAGCAGTGCTCTGTTGCTGTTGGCAAAGCAGAGAGGTGCAGTAATGGTCTTAGAGCTTTTCTACAGAGATACAGCAAAGTAAGGGTTTCTCTTTGGATATTTATTGTGGCAGTAGAATGGGTAAAACCAACATATAGTCTGAATGCATTCATGGCATTTCACTGTGGAAGTTACTTGTTTACCTGGGACAAGTCAGCGGATATGTTTTCAAGCTCTGTGTTTTTACTTTTACAATGAAATTCTACCTGTTCTAATTTGCAGTCCTTCTGGTCTCTGTCTATGACCTTAAGCATCTTGTGTATGATGCCTTATTTTATGCTTTATTTGTTTCTTGCCTTTTCAGTCCAGCACTGCCCAACTGCAGTGTATTTGGTGTATGTCAAGAATTCTTTCTGACACAATGTATTTTTCATCTGTGATCACATACATCTAGTGGGAAATCTGTGTCCTTCTATTAAAAGATAATGTTTTCATTATTACAGTCGTAATTGAGCCAAGTTGATTCCTTGTAAATAACCTGTTTGTTATAATCAGAAGGTAGTGCTATTATGGTGTCTTGGCCTCTGTAGTGTGTGGCATTTGTTAATGCAGAGGGATTTTCAAAGGCACAAAAGAGGAATGAGGAAATAATTGGCTCTACATAACCATTAAGTATGTGATGGTTCTGACTTTTCAATGTTTTGGGAATTGGTTCAGTCCTGAAAGGTCTATTTTCTAGAGAATAGGGAAGGAGGGCATCACTGAGCCCAGGATGACCCAAGATAGCTGAATCCTCTAAGGTTAACCACCTAATCAGATTTGGAATTGGTTGGTGGGACCATTAGTTCATTCCCTTTTGTTGTATGATTTCTATCCTTTGATATATTAGCTGTTGATTTTCAAATTTCTGAAGAGAGAATCACTTAAACTGAACTGTGAAGGTGCGTTTTGCATATGGATGATGCTGACTACAAATTCTTCTTTTTTTCCCCCACTTCAGAATTAGAAGCAAAGTGTACATGTGAGTTTATGTATATACACACATGCACACGCATGCATATGAACAAACATGACAAAATTTGGTAAATATTTATGCATGCAGTGTGTGTGTGTGTATATATACAGTTATTTGTTATGTTACATTTAAATGTGTATCCTTACATGTACAAAAAGAAAGGTATACACATTTAAATGATTTTCTTTCAAAATACACTTACATGAGCTGCATATCTTGTATTTTGAATAAATTTCACATATAGTGTAAAATTTAAAAAAAAATGCAGACCTGCAGGTGACAGTGTTTATGTATTGTTGGCAGTGAATATCCTGCAAGGCTGAGAAGCTGTTCTCTTCTACACTGATAGGCTATAACTCATTCCTTCTCCTATTCATATTAGCAAGATGAACTTCAAAGGACCTTGACTGGGGTTGTGATCTAGTTAGCTGTGTCAAATTCATGCCAAATGTGAAGAAAACATTACATGAGGAGTTTGGGCCTCTTCCAGACTCAGCGGGACTTATCTCAGTGACACCATGAGTGGCCTTATTCTTCAGCTTCCATGACCTGTATGCTATTTTAACAAGAACTAATATGTTATTTTTCATGCTAATTAGCATCAATCTTTTTCAGTGTTGGAATTTCAGTTTTTGTGTCACGCAAGGGTTGTGGAGTGCAGCTACTTCCAAGTTATATTACTTTTAAAATTGGCTATAGATTTGAATTGCTTGATCTGCTGATTATATTTTTCTTCTATCTTATTAAGATGTTTGTTGGGATACGCTAGGAGTCACGTGTTGTCTATAAAAAGCTGTAGAGTTTTGGTCTGTTGATAAACATTTGAGTAATACAAGCTAGTCTAAGACATACATAACATAAGGAAATGCTTTGCTCTCTCTCTCTCTTTTTTTTTCCAGAAAATATACTGCTGTATTATATGCATATAATGGAAGAAGTGAATGAAGTATATCTAATTTTTTTTTTCTTCTTTTGTGGTCTGTAAGATAGGATATGCAATCAAGGAAGCTGTCATGTCATAGTTCCAAGAGTGGTGAGAGTTAACACTGTGTAAACATTAAAAATTTACGCTGTCAGAGAGCAAGTTAAGATTTTACTAAACTGGAATGCTGTAGGGGAGCCCTATGTTTCTGTGCAGCAGCAGTGGAATCATTGTATGAAGGGAATAGTACAATACTGTCACATGTTACAATCACAATCTTGTACCTTGATATGTCAGAGAGAGGTATGTCCTAGATTTTGGTATATCAGGGCTGGACAGACTGGCACTGTCAATACACTTTACACATGTGCACAGCTTCATTTGGGCAAGTA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Seq C2 exon
TTAATCCACCGTCAGACTTGAATTTTACAATTATAGATGAACATAATGTTCAAATGTCATGGAAAAGGCCACCAGATGCAATAGTGGGTTACAGGATAACTGTGGTTCCTACAAATG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSGALG00000015908:ENSGALT00000025640:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(47.5=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]