MmuINT0038953 @ mm10
Intron Retention
Gene
ENSMUSG00000032332 | Col12a1
Description
collagen, type XII, alpha 1 [Source:MGI Symbol;Acc:MGI:88448]
Coordinates
chr9:79707816-79715471:-
Coord C1 exon
chr9:79715364-79715471
Coord A exon
chr9:79707933-79715363
Coord C2 exon
chr9:79707816-79707932
Length
7431 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AAGGTAAAA
5' ss Score
8.38
3' ss Seq
TCCCAACTCTCTTTTTGCAGTTG
3' ss Score
9.25
Exon sequences
Seq C1 exon
ATCCCTTCATGAGGCTGTGAGCTTGAGGCCCAAACATGCAGACCAGGCTTCCCCGAGCGCTGGCCGCCCTGGGCGTGGCCCTACTCCTGTCTTCCATTGAGGCAGAAG
Seq A exon
GTAAAATGCTTTTACTTCTCCTATGACAAGTGAAACTGCAGAGTTCAAGAAAGGAAAAGACTTTCATCTCCTGCTTCTGTTGCTTGGTCTGTTTTCTCTGCACTTCTCAGGTGCTTTCTCTTCTTCAGAGAAACACCTGCCTTCTGAGGTGTGTCCGTTTCTGAACTTTAAAGGTCCAGCTCGTTTATTCTGCTTCCACTATTCTGTACAGTGCTGTGTGGTCTCCTTGCGCTTGTCTCTGCAGTGTGCTGTCCACACTGCCACCTGCACTGCCGCCTTCCTTGACGATCAGTCCCCTGGATAGGGCAACAACTGTATCCAGCTCTGACAAGAGGATTCCCGACATCTGGACACCAGGAACCTCAGAATATGGACACCTTTACAGGATCAGCAGCGGATCACCTGGGTCAGGACTGTGACCTTGGTGACAACATGAAATAAAAGACTCCAACACTGCCAGCCCCGAGCGTCTGGTTTTCCTTTCTTTTCTTTTTGAGCAGATTAGGTTGGGTAGGCAGACTTTCAGACAAAGGAGCCAACCTTCAAACTGCCAGTAGCTAGGGGAGGTGGGTGGGCGGGGGATGAGTGACAAGCAGAAACTGACCCCTAGTGGGTGCTCACTCGATCTAGAGGACCCTGCTGTTTGCGTTTGGTTCTAAGGTTTCTAAAGCACACGTCCCAGAACAACCCAGCTGTGGGGGAGGGGTGGCTCGGCTGGGTGCCAGGGTTTCCAGCCTGTAGGCGGCTGGGATCCGGGCACCCCTTTGGCTTGCTCTTGCGTTTGCCTGGCTCAGGGAGACCTGGCCGCGTCTAACCTCAGCGTCTTGGCACTAGGTGGTCAGGGACACCACAATGTGACTCCAAAAGCCCCGGCTCCTTGTACCCTGCCATCTAGAAAACTTTTGTTAGACTTTTAACCTAATTTCCGTTTTGTTTGATGCACTTAGTGCTTTCATGTCTCAGTATTTATCGAGGAAGCCACTTCCATGTAACAATCTTAGTGGCCCTTTCAATTATCATTCGGGACGTTGCAAACTAATCGTATTTCGCAAGATAAATGGGTTAATCTTGAAAAGTCCTTTTACCCTCTTCAATTAAAAAAAATGCCTTTAATGAAGTTAGGGAGATGTCTGTCCGCTCTGGAAATTCCAGGGTAGACTGTGTTGATACTAAAGTGGTTAGGTATGTAGGGCTGTTTCTTGACCATCCTGATTTTTAAAAAAAATGTTCTACTTCAAAACTATAGGTATAGAGAGTTAATGTTAGGGAACCAACCATAGCGCACTGCTCCTGGCCTGGCTTTCGTGACGAGTCTGATCTTCCCTCCTGAAGGAGTATTCTGATGAGGTGTCCTTTCAGTAATCCTTGCTGTGACGTCAGTTAGGAAGGAATTTTATTTGAGAAACTTCTGGAAGCACTACTGAAGATATTTTTAGATAAATCACTGAAGTGGCCTGTTTGTTGCCCATTAAGAAAATAGTTCTTTGAAAATAAAAGTTTTGAGAATTCTTAAGTATAGGGTTAGGTTGGTGATTATGCTAAGTGGAAAACATCTCTTAAGTGGTATTGACCAGGCAGCAAAATACAGTTAAAAAGGACATTATACGATATGTCTTTATTATTAGCTCATATTTTATCTTCTAACTTTATATTAATTTCCATATGATGTAGTTGGTTTTTCCTCAATCTTTCTTAAGCTCATGTCTCCTCCTCCTTTAGGCCAGTATATTTTAATAAATTCATTTTTGGATTGCTTTCTAGTTTGGCAGTGTCAGACAGAAATATGAGGCACAAATGTAAGTCATACGTAGAACTCCAACATTTCTTATAGTCATATAAGTAAAACAAAAGGGAAAAGAAGAAAAATTGATTTTAATGTAAAAGGTCTTAACACAATATTTTTGTTTCAACATGCAATTGATAGACACAGCATCAGCTAGCACTTCTGCATTTCTGTGCTAAGTTTTGGAAGCTGGACGTGGACTTTTTACACTTGTAGCACATTTCATTATGGACTGGCCACACTTCAAGCGCTCGGTAGCCACGTGTGGCTGTTTGCCCCTTGTTGGGCTGCTCAGCCCTGGTGTTAACTACTAACTAAATGGCCCCAGGAGCCTAGAGAAGGCTAACAAAATTTGTGGCCAAAGTCTTTCTGGAGACGTTGGGCTATGAAATAGAATTTTTCTCCCTGAAATCTTTCTGTGAGAGTATTTCAAAATTTCAGCTTGTCCCTCTGTGTACAGTCTTCTGGTAGGGTAGCCAAAGTTACTTTTTTTTAATTTTAATTTTAATTTTTTTGGTGTGGCTCATATATGCTCTTGTAGTTCTATGGATAATTTTTATTTGCTTTTTTTATATGCTGAAAGCACAGTTTTTTTATGTTAATTGAAATTATTTTAAAATTTACATTTTACCTTCAAAAAATCATAATAAAATTTTCACCGTGCTTGCATTTGTATGGTTAAATTATGTTACCATTCTAGGTTACTGTGTCCTATAGACGTAAACACAAAGGTGATTTTTAAAAATTTTTGTCTTAAGTGGATATTAAATAGACTAGCAAAGTTAAAACTTTCTCTAGTTTAAGATTAAATCTAGGTATGGACCTAGGTTGTGTGAGTTAGTCTGGGTTTGGGTAACATATATTAATAGATTTTTAGAAAAATTAGCTTTGCATTAAATAGCTAATGGTTATTATTCCTTGAAAACTGGACACATTTTTTTTCATTAATCTAGAATTTGAGATGGATATAAAATTTGTGAAATTCAGTTTTAAATTTTGTATTATTTATAGCTTATACCATATAATAAACAATCATTATCAATTTTCAGTGATTTTAATCCATGCCTTTAATAATAATTGCCTTGCATCTAGATTAAGAAAAAAATGATATAATGTACACACATATATGTATTTCCTCTCACAATCCTTCCTCCATCCCCCCTCCCCTTCTAATGAAAGGGACTGTTTGCCTGTGGGTGTCTGCATCTGTCTGAATCAGCTGCTATGTGGAGCCCCTCAGAGGACAGCCACGCTAGACTCCTGTCTGCAAGCATCACAAAATATCATTAATAGCATCAGGGATTAGTGCTCGCAGCCCATGGGATGGGTCTCAAGTTGAGCTGGTTATTGGTTGGCCACTCCCTCAGTCTCTGCTTCATCCCCTGGATAAATTTTGGGTTGAAAGTCTTGTGGGTGGGTTGGTGTCCCTCTTGCTCCATAGGGATTCCTGCCTGGCTACAGGAGGTGACCTCTTCAGGCTCCATATCCCCAGTGCTCTGAGTCACAGCTAAGGTCACCACCACTGATTCTTGTGGGCCTCCCTTATCCCAGGTCTCTATCTCCTGGAGATGCTCCCTAACTCTGTCTGCCCCACTGTCAGTTGCAGATTTCCATTTATTCAGTGCTGTTTCTAATATACAACAAAACATTCAAACCAGAGAAGGTAGATGCCATCTATCCTGATTGTTCTATTTTTCAGATGAGGAAGTGAGAGTTCCTGGAGTTGATATTTTATTGTAGCTTTTAGATTTGCTTTGTCTTAGCATATTATACACATTGACTTATCTATCTGTCCACTCACCCACCTATTCATCTATCCATCAACCCATGCACTCAACCATCCATTCTTCCATCTACCCACCCACTCATAAGTTTTCTAGTATGGTTACTACATAGCACAGACAGGATCCAGGACCAGTGGGCTAGTGCTGATTTTCCTTTGTACCTAGGAACTGTTCAACTTGGCCAATTTAATGGAAAAAACATATTTTATAATGTGCATCAAGTAAATCATTGCTAGTCTGAAGTGTTAATTTTCAGCTGCTATTTTTGGTATTTATAAATGCAAACAACATGCACTTTGGTAGCATCAGATGCTCAATAATTAAGTTAATGCCTATGGAATATAACAGACTCATCACACTTTGTACATCCAAGGCTTCTCTATCACTGAGAAAATATCCTTTCCAGTGTTATTTCAAAGATCAGAACAAAGATCTTACTAGTTTTTCAAGTTGATATTTTAATGTGGCTTTTATATTTGTTTTGTCTGTAATATTATATTATATTCACCCATCCATCTATCCACTCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATTCATCCTTTCATCCATCCATCCTTTCATCCATCCATCCTTTCATCCATCCATCCATCCATCCATTCATCCTTTCATCCATCCATCCTTTCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCCATCTAACTATCCATTTGTTTATTTCTGCCATTCTTGGTTATAGACTTTTGTTGGGTACTCTAATTGAAAAAAAGGTTATTTTTCTTTAAGCCAAGACAGACACACCAATTTTAAAATTGTTTGAACAAGTGTGTGAAGTTAATCTATCAAATTCTATCTAAATACATACTAGTGGTATAGTGGTGAGCATAGCTACCTTTCAAATCCTATCTATATTTGAGTTGCAGGTGTCAACGTGATACATATATGTTATTGGGCAGATACTTTTTTAATAATGACTTTTCAGAGAATAGAAAAATATGTATGTACACATTAACAGGTAGTATAAATGTCCTAAAATTTCTGATTGAAACATTTCTTCTGTTTACATTTAATCTAATGTGGCAGAAAACTATACAGACTGCAAGATAAAATTATTGATACCCATAAGCTATAATAACTTCGTTTGAATTTCTCTTGTAATTCAATGATTGCAAGGCCTATAGTTAGGTTATTACAAAGACAAACCTGACAAAACAAGTAAAATGTCTAAATGTCTGCACATTATACAGAAGACACCGAATACATTTCACATAGTATGATCATTCCTACCATACCCTAAATCCTATAGCTTGTGTAACAGAAATCTCATCAGAATTCTACTTTCTTTTCACAGTATTTTGATACTAAAAATATTATGTTTAAGTATAAAATTAAATTACCGGTTATAACTACTCAAGGTTTTGTTTCTTCATGATAAGAAGCCAG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Seq C2 exon
TTGACCCACCTTCCGACTTGAATTTTAAAATTATAGATGAAAATACTGTTCATATGTCATGGGAGAGACCAGTTGATCCAATTGTGGGTTACAGAATAACAGTGGACCCTACAACAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSMUSG00000032332:ENSMUST00000071750:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.125
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
PF0004116=fn3=PU(47.5=95.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Pre-implantation embryo development
- Ribosome-engaged transcriptomes of neuronal types
- Neural differentiation time course
- Muscular differentiation time course
- Spermatogenesis cell types
- Reprogramming of fibroblasts to iPSCs
- Hematopoietic precursors and cell types