DreINT0085803 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000017338 | kidins220b
Description
kinase D-interacting substrate 220b [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-030131-7824]
Coordinates
chr20:29867080-29877033:+
Coord C1 exon
chr20:29867080-29867300
Coord A exon
chr20:29867301-29876895
Coord C2 exon
chr20:29876896-29877033
Length
9595 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
AGGGTGAGT
5' ss Score
9.25
3' ss Seq
GTCTGTGTGTTGTGTACCAGGGC
3' ss Score
9.1
Exon sequences
Seq C1 exon
ATGTGCGTGCTGCCCGGGAACAGGTAAATATGGCTGGTGTCACCTATCCCACACTGCCTCTGCAGGAGGGCCGTCCCATATCAATGTACAGCCAGCAGTCCTCGGCCTGCTCCCCGACTGCCTCTTTCAACGGCCCGTATAATCCGCCAGGAGTCTCTCCTCAGCCCCACAGCGCATACTTCAGCGGCATGGCTGGACCACAACACCCCTTCTACAATAGG
Seq A exon
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Seq C2 exon
GGCTCAGCTTCGGTGGTCTCAGGCACGCCATCAATTCTGCTCAGCTCGATGAGCACAGATGTCATCTGTGAGCGTGTCAAACTTATCGACGGTATCGATCAGAACCTGATTTCTCAGTATACAGCCACCATTAAGAAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000017338:ENSDART00000146366:24
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.248 A=NA C2=0.022
Domain overlap (PFAM):
C1:
NO
A:
NA
C2:
NO
Main Inclusion Isoform:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]