HsaINT0027458 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000092529 | CAPN3
Description
calpain 3, (p94) [Source:HGNC Symbol;Acc:1480]
Coordinates
chr15:42651698-42676750:+
Coord C1 exon
chr15:42651698-42652312
Coord A exon
chr15:42652313-42676680
Coord C2 exon
chr15:42676681-42676750
Length
24368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
ATTTCCTTTTTGTTTCACAGGAA
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
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Seq A exon
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NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.272 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(14.2=28.2)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)