RnoINT0029056 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000008609 | Capn3
Description
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Coordinates
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Coord C1 exon
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Length
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Sequences
Splice sites
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Seq C2 exon
GAAATTTGTGAGAATCCCCGATTTATCATTGGTGGAGCCAACAGGACTGACATCTGCCAAGGAGATCTAG
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000008609:ENSRNOT00000011761:1
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.340 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(14.2=28.2)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(11.3=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]