Special

HsaINT0027458 @ hg38

Intron Retention

Gene
Description
calpain 3 [Source:HGNC Symbol;Acc:HGNC:1480]
Coordinates
chr15:42359500-42384552:+
Coord C1 exon
chr15:42359500-42360114
Coord A exon
chr15:42360115-42384482
Coord C2 exon
chr15:42384483-42384552
Length
24368 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CCGGTGAGT
5' ss Score
10.9
3' ss Seq
ATTTCCTTTTTGTTTCACAGGAA
3' ss Score
11.53
Exon sequences
Seq C1 exon
CACTCTCTTTCTCTCTCCCTCTGGCATGCATGCTGCTGGTAGGAGACCCCCAAGTCAACATTGCTTCAGAAATCCTTTAGCACTCATTTCTCAGGAGAACTTATGGCTTCAGAATCACAGCTCGGTTTTTAAGATGGACATAACCTGTACGACCTTCTGATGGGCTTTCAACTTTGAACTGGATGTGGACACTTTTCTCTCAGATGACAGAATTACTCCAACTTCCCCTTTGCAGTTGCTTCCTTTCCTTGAAGGTAGCTGTATCTTATTTTCTTTAAAAAGCTTTTTCTTCCAAAGCCACTTGCCATGCCGACCGTCATTAGCGCATCTGTGGCTCCAAGGACAGCGGCTGAGCCCCGGTCCCCAGGGCCAGTTCCTCACCCGGCCCAGAGCAAGGCCACTGAGGCTGGGGGTGGAAACCCAAGTGGCATCTATTCAGCCATCATCAGCCGCAATTTTCCTATTATCGGAGTGAAAGAGAAGACATTCGAGCAACTTCACAAGAAATGTCTAGAAAAGAAAGTTCTTTATGTGGACCCTGAGTTCCCACCGGATGAGACCTCTCTCTTTTATAGCCAGAAGTTCCCCATCCAGTTCGTCTGGAAGAGACCTCCG
Seq A exon
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NA
Protein Impact

ORF disruption upon sequence inclusion (1st CDS intron)

No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
  C1=0.272 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):

C1:
PF0064816=Peptidase_C2=PU(9.8=28.2)
A:
NA
C2:
PF0064816=Peptidase_C2=FE(11.3=100)


Main Inclusion Isoform:
NA


Main Skipping Isoform:


Other Inclusion Isoforms:
NA


Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event


GENOMIC CONTEXT[edit]

INCLUSION PATTERN[edit]


SPECIAL DATASETS

  • Autistic and control brains
  • Pre-implantation embryo development