HsaINT0145965 @ hg19
Intron Retention
Gene
ENSG00000196876 | SCN8A
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit [Source:HGNC Symbol;Acc:10596]
Coordinates
chr12:52082542-52093575:+
Coord C1 exon
chr12:52082542-52082633
Coord A exon
chr12:52082634-52093353
Coord C2 exon
chr12:52093354-52093575
Length
10720 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTAAGA
5' ss Score
10.77
3' ss Seq
CGGGGATTCTGTCTCCTCAGGCC
3' ss Score
7.08
Exon sequences
Seq C1 exon
GTATATAACAGAGTTTGTAAACCTAGGCAATGTTTCAGCTCTACGCACTTTCAGGGTACTGAGGGCTTTGAAAACTATTTCGGTAATCCCAG
Seq A exon
GTAAGATGGTCCGGGGTTGGTGTTAGGTGTTGGGATAGGGCCCTGACGTGACGTATTGTACTTTTTGTTTTGTTGTGGTTTTGTTTTTTCCTTTGGTGTTTGTGTTTGTGTCTGTGTTTGTCACTTGTGTCTGTGTGTGACCTCCCTTACTACAGATATGTGACAGAGTTTGTGGACCTGGGCAATGTCTCAGCGCTGAGAACATTCAGGGTTCTCCGAGCTTTGAAAACTATCTCTGTAATTCCAGGTGAGAAAATTTGTACATAAGACTGACTTTGCCACATCTCCTCTTTCTCCTCCATTCGTTTTGTCCACCATTCTAAAGCAGCATCAGTACAGTTGATAATGGCCTTGCATTCTGCATGTTTTTCCTGGGAGACATTCTCTGGAATGGCCGTTGGGTCCTCAGGCAGTTTTCTCTGAGTGCTTGCCAGGCATGCAGCCCCCATTCCATCCATGCTATTGAAAAAGCACGTGCTTAAGAATCACTTGGATCTCACCATATTTGAAAAAATTGTCACAGAGCTAGCTGTCTCTTTGTATATAAATCATTTGCTTCCTGGCTCCATGGAATTACAGTAATTTTGACATTTGCCATCATTTCATTGCTTGTGATTTCTAGGCTTCCTATCGCATGGTTTGCTGATGGGACGTTATTCAAAGAATTATACATTTACTATTACTATATTAATGAAATTTTTTAATCACAGAAGAGATCTACCCAGTTAACTAATCCAGTATCAGAGACAAATTTAAGAGACTTGGAGTTAGTGAACTGCACTTAAATAATCACTGTCTATCATGTTCTACTGCTGTCTGTCTCACTAGAATAAGAACCAGTAGACATCTACTGTACATATTCAGGGTTCATTCTCAGACATAAATCCCAATGAAAGCTTATGCAGGCACTGTTAAAAAAAAATCAAAGGTAAGATAAGATACAACTAAAGGTATGGGCAACAAAAAGTATAGAAGTTTGAGGGGGAAAAACAGAATCAGTAGGTGAGTTGAGAGTTAGTTGATTGACAACCTCTTTAAAATTTGTGCCTTTTTCTTTTTGGTTCTGGTTGAGCTAGCCCAGTGGTTCTTAACCTTTTGAAGGTTTTGGATCCCTTTGAGAATCAGATGAAAGTTCACAGACCCCCCCCGAAGCCCATCCATGGACCCCAGGTTAAGATTCCTTAATTTAATTTAAATCATTGCTACTGGGTAATACTTATCTTTCTAAAGACCAGTCTTGAAATCTTAAAGGAAAGATATTTTAGTTAGTATTGTGAGCCTAAGATATACTGGCAGTAACTTGGCAGAGGTGAAGACTGTGTTGTTGCTCTTTGGACTTTAGTTGTGGTCATGGGTTTTCAAGGAAGACTCCGTAGAGACCAGGCTTTCCACAGCAGTTTCGTAGAAATAGGAATGTGGAGAAAGAACAGAGGCATCCTATTCTTATCCTATTCCTATTACGTGGCTCTTCCCCTTGTGGCTGACTCAGAAATATCTCTCTTTTTAAAATTTATTTTTATTTTCTAGAGACAGGGTCTCACTCTGTTGCCCAGGCTGGAGTGGTACGATGATGGCTCACTGCAGCCTTGACTTCCAGGGCCCAAGTGATCCTTCCTTCTCAGCCTTCCAAGTAGCTGAGACCACAGGTGCATGCCATCACACCCAGCTCATTTTTAAAAAAAAATTTTTTTGTAGAGACAGGGTCTCCCTATGTGTTGCCCAGGCTGGCTGCCAACTCCTGGGCTCAAGCAATCTTCCTGCATCAGCCTCCCAAAGTGCTGGGATTACAGGCGTGAACCACTGCATCTGGCCCAGAAATATTTCTTTTTCCCCTTTTTAACATTATCTCAATAGCAGATAGAGAGGGAAGCACAAAGATAGAATCCTGGAGAGGGCAGACTGGAATGTGGTTTACTGAGAACCTCAAAGAAGGTAAATTCATCTTCACCACTTACAAATTTGGGCCATGGAGTTGGCCAGTAAATCAGTGCCCTACCAAAGATGAATTCCTATATTTTTAGCGATGGTAGCTGACTCCCTATCAACCAAAGGCTGGGTGTCAGTTGGAGTATATACTTCTTGGCAAAAAACTACAACCTTAACTTACCAAGATTTAGTTCCTAGCCATTTTAAATCTGCTTAACAGAAAGCTCAGCTCATTCTCCAGACAGCCTCAGATAGCTCATTGATGGTGGCCTAATCTTTAGGCAAGCCCTGTCTTATTTTTTGAGGCATCTGGAATGCCACATCTTTACTTTCCTTTTTCCTATGGTGTCTCTCCTCCTCTGGCCCCTTTTAAATATGATCTTGTGTTTTCTGCTCACTTCCCTCAGCGTACTCTGCAAGGCATCTGTCTCTTTATGTTCCTGTGATCTCAAAACTTCTCTCCCAGAATTAAATTGGAAAGCTGTATTCTATTCACTAACTAGGGCAGCAGATGCTGTCTCTAGTCTAGCTCATAGCTTCTGTCTCTGTCTCTGCTATATGGTTAACTTTTGACCATGGCATTTCTGCAAGATAACTCTTGATTGGTGTCACGTTATTTATTCTTTGTATATATCCTTAATATGTCATGTTATTTATCCTTTATATATATATATATATCTGGAATATATGCAGTATCTAACACAGTGGTGCCTGGCCCATAGTAGTGCTCCATAAATGATTGTAGTAGCAGCACTTATGATTATAAAGAAACCTAAGCCAATAGAAAGGGTTTGTATCAAGATTTAGACATCAGCTTCACAGTTTGAAATAGAGTCCCAGATTCCTATTTCTAGAAGCACCCCCAATTGAGCTGGCTTTGGGAGGCTAACTGGGGTGGAAAATAACATTAAGGGATAGTAAAGCGAATAATAGATCACTGTCAGTAAATGGTATATTTGGTTCTTGAATTAAAAGTGTGGCTCTCAGTCTCAATCTTTTTGCTCCCGATTCTATGTTTTAGAGTTAGCAAGAGAAATCCAGTAATGAAGTTTCCCTCATGGGAAGTTTTCTCTCATCCCATGGGAAATTCTGAAATTGCTGATTATGCTTTCTCCCATAGAGGGCTGTTGTGCTATTCCTACCTGCCTGCTATGCAGTCTCCTTCCAAGGCGGGAGCACCAGTGTATGAGTCAGTGGATCTGGGCCATCTCTTGCTTGGAAGTATGTCATTTTGATTCTTGTGTGGTAGAGCTGGCCCATGATTCCCCCTTAGTAAAAACCATTGTTCTGTATACCAAGTTTTCTCGTGGATCACTTCAGTGGAATTGTTGTTCTCTTTGTCTTCTCCTCTTCCCAGTTTGGTTATAGACTACTGCCAAGGGTGCCAAAAATAGAATGTAAGTGAGAGCAACCACTGACCTGGAGCCTGCAAGGTCTCACAAAGCTCCCTGTGTATCAACTTCCTTTATGAGAGCTTTTCCTTTCCTAGAGCACTCACCCACCCCCAACCTGGGCTGATACTGTCCTTCCTCTTTGTGTCTTTGGTAGATATTCTGAGTATGTCAGGGCCGCCAGGACTCCTGAAGATTGGACAGTAAGGTGCATCAGTTAGCTCTGCCCTTTTCTGTAAGAAATGCTTTGCTTTACAGCTTTCTTGTAGCTCAGAAAAGACCAAACCCACCTTCTGACCCTTTTTACTTTACTTGACTTGGATACATACTATTTATGCTTTCCGTTTTGCTCCAGAGGCAGCAACTTGGAGAACAGTGTACACAAGGTCTGTGCTAAAAGGGTCGGTTATAGAGGAGACCCTTTCTAAATTTTCTTTAGTCTGGAATTTGTCAGGTTCACCTTGACATTGAAATATTCTGCCTAAAAGTTTATATGTCTTAAAACTTTGTTTTCACTTTGTATTTGTCTGAGTCCCGCATAAAGTGAACTTCTAAGTGACTCTGTCAGAAGTTTTGTCCTCTGCATGCTTTGATCATGTGCCACAGGGCTGACATGCCCAAAGAAAGGGTGGGAATCTCGAAAGAGTTTCTCAGGTTCTTCTTAGCAGCATTTAATAGTATAAGTACTAATAGAACTGGTTGAGAGAAACTCACTTGTCAGTTTCTTTTCATTTCTGTCATTTAAATGGCTCCCCCAAAGCACTGCTTATCTGCTGCTCATTAGCACTTATTTAATTTCATTCCACCTTCTTTAGAATTGTACTTTCTTGATTATTTTTCTCTTGGCAATTTTATTTCTCAGCTTTCATTTCTGTTACTTTCACTCCTAACCAGTGGGATCAGACAGGAAGCAGGGAAAATGATAGGCCTTTCTTTTTCCCATCCCAGTATTCACAAAGAAAGCATTTTCTTTAAACGTATACTTTGTGAATGTGGCAATTTCTGCTGCATAATGATGGGAGATATAAACGGTTTTAAGACTATATCCTGACTCATTGTCTCTTTTAAACTATTCTGGTTATTCTCTTGCCTTTGTATTTCTCCTTTTCCCACATTGCTTCTTAGGAAAGATAAAGTTTAACAGTGGTCCTAAGTGAAAAAACACTAAATGCTCACAGGATCCCACTGACCCATCTTTGAGAGCTAGTTTAGTTTTGGTCACACTTTGTGATGTGAATCAGGTCTCGAGTAAATAAATCTAGAGTCCCCCAATCTCTTTCAAATTACTGTTGCTCTAAAGAATCTTCAAGAGCTATCACTGTAGGCTGGGTGCAGTGGTACACACCTATAGTCCCAGCTAATCAGGAGGCTGAGGCAGAGGATCACTTGAGCCCAGGAGTTCGAGGCTGCGTTGAGCTGTGACCACACCTGTGAGTAGCCACTGCATTCCAACCTGGGCAGCATAGTGCGATCTTGTCTCTTAATGAATAAATAAATAAATATTATCATGAGGATTGCAGTTGCAGCAGGAAAAGTCAACACAGCACACTACTTTACCCCTATGCTTTGTCTGAACCCAAGCCTAACTCTGGGAACAGGGCAGTTGTTCTTTCCCTGGGTTGAGAACTGCTTGTTATTGCTACTGAGGCCTGTTTCAATATTAACTTTGTAGGGGAATTAGCT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Seq C2 exon
GCCTGAAGACAATTGTGGGTGCCCTGATTCAGTCTGTGAAGAAACTGTCAGATGTGATGATCCTGACAGTGTTCTGCCTGAGTGTTTTTGCCTTGATCGGACTGCAGCTGTTCATGGGGAACCTTCGAAACAAGTGTGTTGTGTGGCCCATAAACTTCAACGAGAGCTATCTTGAAAATGGCACCAAAGGCTTTGATTGGGAAGAGTATATCAACAATAAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSG00000196876-SCN8A:NM_014191:6
Average complexity
IR-S
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(12.4=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(29.5=100),PF057587=Ycf1=PU(18.7=68.0)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
Associated events
Other assemblies
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]
SPECIAL DATASETS
- Genotype-Tissue Expression Project (GTEx)
- Autistic and control brains
- Pre-implantation embryo development
Other AS DBs:
FasterDB (Includes CLIP-seq data)
AS-ALPS (AS-induced ALteration of Protein Structure, links to PINs)
APPRIS (Selection of principal isoform)
DEU primates (Only for human)