DreINT0131553 @ danRer10
Intron Retention
Gene
ENSDARG00000005775 | scn8aa
Description
sodium channel, voltage gated, type VIII, alpha subunit a [Source:ZFIN;Acc:ZDB-GENE-000828-1]
Coordinates
chr23:27378539-27384040:-
Coord C1 exon
chr23:27383949-27384040
Coord A exon
chr23:27378764-27383948
Coord C2 exon
chr23:27378539-27378763
Length
5185 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
CAGGTGAGA
5' ss Score
9.22
3' ss Seq
GCATATTTGATATCTCATAGGTC
3' ss Score
7.38
Exon sequences
Seq C1 exon
ATATGTAACAGAGTTTGTGGACCTGGGGAATGTATCTGCGCTGAGAACATTCAGAGTTCTCCGAGCATTGAAAACTATCTCTGTCATTCCAG
Seq A exon
GTGAGACGCAGTTTTGACGCTGAGGTTAACTTTCAGTTTGACCCCCTATTACTATTCAATTTGAAATCGTTTTCGTTTTTGTTGGACGTCTCTCTCTCTTATTATTTTTTTATAGCCAAAATTCATTTTGAGAGGACCATTTAATTTGCTTTTTTCTGAACTCCAAAATGATCAAAAATGGTACTTATACATTTTTGATAGGCTTTGCAGTCTACTATCGATCTCCAGAGTCCTTTAGTTTAAGTCCCCCATAAGAATTTTCAGAGCAGATTAGAGTCATTTAGAAAGCTTTAGTCACCAAACCTGTTACCTCTTTTGTGTAGCCAATAAATGTCTATAAACAAACCCTGAACTGTGTTAAACTTAAGCTGCTTAATTGTTTGTAGGTCGTACACCAACTCAGATCTCTGAGCTAGAAAAGGCTCTGTTATGTTGCAGAGTTTAATTTCAGCTAATTGTAGAATTGTGTGCAAGCTTATAATTAGTTTGATAATCAAATGATCTCTTGATGATTTAAGCGTAACTTTATTAAACATTTTGATTAATTTGAGCTTGTTGTATTGTGTTTTTACTCTTTGATTGCATCCAGCACTCATGTAGTGAAGGCTCTCAATTTTAATAGAGATTTGCTAGTTTATAGACTAGCCTCTATGCAAAATGGATATAATCTTTTGAGAACAGAAATTGGTACCATATTAACATTTTAAATGTTATATTTAAAAGAGCATTTATCTACCAGACTCTTAGCTTTTGGGATGCCCCAAATGTTTGGCCTCCAAAAATGTTGGTTTTCGCCTGAAAAAGAAAAACAGGCAAAATTATGCAACCCTGCCTTATTGTGAATACGTGCCCAGGGCTACATTTTTATGAAATGCGAAATACGTTACTCTGGCAAAGTTGACAAATCCACCAGGATCACTGTCTGCCTTTTTGCAGTGCTCAAATATGTTACTGGGCTATGTTTTCTCATAAATGCCATTTACACGTCCTTCTTAGGCAAATCTGTAAGAAGCTGGCCAGCTTGTGCATAATATATCACCTCCCGATCTATGATTACGTTTTTTGTGGTATTTATTTTGCTGCACGAATAACTGCATGAAAATAATCCTTTATTCGACAATAATAAGTCCCTCTAAACGTCGATTTTGTAGGGATTTTTTACAGTAAAACGGAAAAAATTTCATTGACGTCATTCTGACCCGTAACGTTAGTTTCACTGAGAAACTGCAGCCAAACTTTTGCTGAAGCACGCTTTTGCAGTTTCGCAAACATGTATCCCTGGGCACATACTTCCTATGAACCTGGGTTTAAAATAATTTCTGTATACATAAAATCTATGCTGTGCCACACTGCCCAGCAGTATTTTGTGCTGGGCAATCATTTATTCACTTTCCCTTCAGCCATAGTCACTGCACAGTATGAATCTCACACTAGACACAGAAAACTCTGCGCTATGAAACCCATTCAATTCAATGGCGTGTGCAAACTCTTAAAATGAGACTGCTTTTGTTTCCATGTAAACCACATTAATTTTGTAAAAAAAATGCATTTTGTCATTTGAATTGATGTTTAGTTCATTTTTAGCAGACCTGTGCAGGATTGTTTTGATAAAACTTTGCAAAAGCACAAAAGAAAAGCGTTTACATTTTCAGTACATCGTTGATGTGTGAACACTAAAATACTAAAAAAAGGGGAGAGTCTAAAAACCAAAACAGAGTAGCCTCAATAAAAAACTGTAAAGAGTTAAGGCAGGAATGCATTAAATTCTGTTTATTATATCAGGAAACCAACAGAACTAGCCATGTGTCCTCAGAGCACTAGTGTAGATATTTTTAACAAGCTATGCTTTGTTCCCCAAGATAAAAATTGCATGGCTCTCAGTAAGTTCCCAGAGAACATACTTGTTACTTATTTATGAAGACTGCCAAGCCTAGTTTGTGGACATATTTTATGCTGCATGATGCTTTGGAAGTCACTTGCTTTTATAGTATTAGCCTACTAAGTGCTTGGCTGCCTTTTATTTTTTTGAATATTCATTTTTCTTCACTTTTTTCTTTTATTTGTATGAAACTCACAAATTGCACCTGGAAGTAAAATAACAATCAAATGAGAATAACGCAGACGTCTGTTTCCGAGGAGTTAATTTTGTCTTTGTTTAACGTGTGGGGTTGATTTGCATTTACTTCAGAAGCTTTCCGATAATGTCAGACCTTAACGTCTTGACACAATAGCATCATTTTCAGTGAAAAAAAGAGAATGTGGATTTATTTAGCTGACTAGGTTTTACTGCAAGTCATGTTTGTCAATCTCGTGTTATTTTTAGTCAGGCTTAAGCGTACTCCTCAAATCTCTGAGCCCTGGGAGATTGTTAGATGTTTTGGTTGGGTTTATGGGTGACAAGTTTGTAGCAAATCAATACTAACCTTCATCATCACATATGAGAGACTGCTATGTTTAATGTAAAGCAGTTCTCCTGTTTTTGGGAGGGGGTTATGAAGGGGTCAGTGCAGTTCTCTTGAAGTGTAACTTAGCATTTCTGATGGAGCCCTGGAAGATTTTAACACTGGACTTGTTTTGATCAGCCTTCGAGCCGAAATGACCTGCATGCAAACTTCACCCCTTTAGTCCCTGCCTGCTTTATTCTCCCCATGTCATGGCCCTCTGGTTGTGCTGCAGTATTTATAGACAAATGGATGTCAGGTTGTACTCACTGTTTAAGGGAGTCCTCCCTTTATTGCTTGCAGCCAGGTTATGCTGTGAGACTTTGTTTTTGGAATCATTTAAAAAGGTTTTTGGTTTTGTATGTATTATGAAATGATGTATTGTCCTTTATAGGTACTTATTAAAGACAATTTTTAGTAAAACGATACATTATTAATCTGAATAGTCTGAATGAAGGGATGGCTCCTAAGCAGTATCTATGTAAATAAGCCTGAAGTGTATTTTGTGGTTCTTTTATTTATGAGTTTTCATTATGATTATAAAAAAGGATTCAAGGCATGATTTGAAATAAACAAATACAAGGATGTACAGTTGAAACTCCTATTAATGCCAAAGTCAGCATCTTTATAGGGATAGATGACTCGCAAGTCAAATTTCTGTCATTATTACCTATACTGTTTTGATTTTCTTTCTTGCGTTTAACATAATACAAGTTAGTTTAAGATTGGTGGTAGATGGTACCCTTTGATATTCATAGCATTCTATGGAAGTGAACTGGTACCATCAGCCAACATTTTTAAAAATATATCTTTTTTAATGTTGAACAGAAGAAAGAAACCACACAAGGGAGAGTAAATGATGAGGTAATTTTACCCATGCCTTTAGGCATCCATATCAGTGGTACTCAACTGGTGTTGCATTTTACATTTGCATCATCATGTAAATCAGCAGACAATTATTTTTCACACACAATGCATTAAGCCAAAAGTCATGTTTATGAGTTTATGATATCATGATATTATAATGTGATAATATCATGCGTCATGGTCATGTTGCCATCTGTCGAAATTGGCTTCATCTAAGTGACAGATGACTTTTGAGTATGATATAATGCTTAGCATTTGATATTAACAATAGAAGATCCATGACAGATGCCCAAAGTAGGGCCCGTGGGCCAAAGTTGATTTGGCCCGCCATCCCATCTGAAAAGAGAGTGAGAATGGTGGAGAGGTGGTTGAGGCGAATGCCTTTGACAGATCATAATTTCAAATTTAACGTAACCTTTTGTTTCATTTGTTTTATTGCTGAGCTACAAAAAAGCAAACTGAAATGAAATGATTCAATTAAACACTGTAAATGAATCAGACTTTAAAAATGTAAATACTGTCAGCAAACTGCATAAGACATCTGCCTGCAAATCAACGTAAGCTTGACTAGTGTAATCAGCATTGAACTTGTGTTATAAATGGGATTGTTTATGTTTTACTGTAATAAGTCCATTATAAAATGTTAAAAATGAAACTGCATTCGTCAATATGAATAAAAGCATTATTTTATAGTTAATTTTAAATATTTCCAAATAAATTAGAAAATTACTCATGCTAAATTTATTTTACAGTTTGGCCCACAGCCCTCAATCAACTTTGCTTTTTGGTCCTTTATAGGAAAAAGTTTGGGCACCGCTGTTCTAAAATTTAGATTTAAAAAAGATTAATTGTAATTAAGTATTTAAAATGAATACAATACATTGTTATTTTACATTTGATTAATATTGAGTTTCTGTTCTTTAATGTTGTAGGACTCCACAGAAAACCATAAAAACGATTCATTTTTAGTTTTGCTCTTTTGTATTCATCTATACTTGCAAATTGTTTATTATGTTTTGTGTAGATGTATAAATCTTTTCCATGTGGAGGAATTTATGTATTCTTTTGTGAAAGTATGATTATTTTGCAATATATATTGCAGAAAAACAAAATATTGCAATATTGTGCAGCCCTAGTGTATTACAAGTAACAAGTGCTCCTAATAAAAAAAGTTACCTTAGAGCCTCACCTTACCCTATATTTGGCCCACACCCCTCAAACAAGTTTGCTTTTTGGCCCTTGAAGGAAAAAGTTTGGGCACCCCTGATCTATGAGATGTTTTTTTTTTGCCCATTTCTTTATTTTGTTTGCTCACATGCAAGATAATACAAAACAGCATTAACTAGTTTTGACTTAATAATATGCTTTTGATATATAAATTATATGTTTTGCTTCCCAAAACTTAATCCTAACCCCTATAGAAGCGGTTTCAACCCTGCTTCAACACACATACCTGTAAACAAGCCTGAAGGACTCAGTTCCTTTGATCAGGTGTGTTTAATTAGGGTTGGAACTAAAAAGCTGCGGCCCTCCAGGAACTAAGTTTGACACCTGTGCCCTTTAGCAAGAGCATCTGTTTATTTAATATTATTCAATACTTGAATGCACATACAATGCATAGACAAGGTGGAAAAAAAGTTAATTGCAGTTAGAACATTCATACAAAAAACCAGTTGACAACCACAGATATAC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Seq C2 exon
GTCTGAAGACCATTGTTGGCGCTTTGATCCAGTCTGTGAAGAAGCTGTCAGATGTGATGATCCTCACCGTGTTCTGCCTCAGTGTCTTTGCCCTCATTGGTCTGCAGCTCTTCATGGGGAATCTGCGGCAGAAGTGTGTCATCTGGCCCATCAACATCACAGAAATGTTCCCAGATGTCAATGGCAGCCGTGCATTCAACTGGGACGAGTACATCTTGAATGAAA
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSDARG00000005775:ENSDART00000022042:6
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.000
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0052026=Ion_trans=FE(12.3=100)
A:
NA
C2:
PF0052026=Ion_trans=FE(29.8=100)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Other Skipping Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
No suggested primer sequences
R:
No suggested primer sequences
Band lengths:
Functional annotations
There are 0 annotated functions for this event
GENOMIC CONTEXT[edit]
INCLUSION PATTERN[edit]