RnoINT0168160 @ rn6
Intron Retention
Gene
ENSRNOG00000004268 | Zfp386
Description
zinc finger protein 386 (Kruppel-like) [Source:RGD Symbol;Acc:2985]
Coordinates
chr6:143909822-143915713:+
Coord C1 exon
chr6:143909822-143909948
Coord A exon
chr6:143909949-143914265
Coord C2 exon
chr6:143914266-143915713
Length
4317 bp
Sequences
Splice sites
5' ss Seq
TGGGTGAGG
5' ss Score
6.74
3' ss Seq
CTTGTTTTTATGTATTTCAGCTC
3' ss Score
9.01
Exon sequences
Seq C1 exon
GAACAGTTGACCTTCCGAGATGTGGCTGTTGACTTCTCTCCGGATGAGTGGGAATGCCTGGACCCTCCTCAGCAGAGGCTGTACAGGGACGTGATGGTAGAGAACTACAGAAACCTGGTCTCTGTGG
Seq A exon
GTGAGGACAGCATCCCTGCAGAGCTCCCAGCACACTGTCACCATTTCATGTCTTTCCTTTCAGAAATGTCTGCTGTACCCTGTGCTTTTGATAAGCAATACAAACGTGTGCTTTAAAGAACAGTTGTGGGGTCCATAGCATCCGTAAAAGATGTTCCCATTTATCCTTTCATTCTCCTTTTCCTCTTTCTGGAGTCACTATACATCCTGCCTTTAGATTAGTGGTAATTGCAGCAATTGTATGGCACATAGCACTCTGATCTCCAGCTTCTCCTCAACTTTGATGTGACTGTAGTTTGGAGCTCAACATTGGTGAATTGAAAATGTTATCTTCTGTATCCTTGAGAAGTCACATTTGCACCAATGTGGTTGGATTTTCTCCTGAATCTCTTCTGCTAAGCACATTACTAGGACACAGATCAATTGTTACAGGTACAACCATGGTATAGGTCATGGTCTCTTTATTGATAATCAAGGCTTGCAATCTCTAAGTTATACCTGGTTCCCTCTCTAGAAACACACAAAAGAGTGCTGAGACGTAAAGTGACCAAAGACAGTGTTCCCAGGTGGGTAGGTAGGAATGAATGAAGCAGAGGACACAGGTGAGAAGGAGGTAGGTCCAGGAGCACATACAAGGTTGTGTAGTACTGTACTGCATGTGTATTCCAAATTGTGTCTCTGTGGTTGTCAGGGCAGTGGGTTGCCCTCCCTGTGCTGTTCTGACGAGTGCTGCAGTTGACACCATTACAGGTTGCTTACCTCTCTTTCATGGCTGATGTCTATTTCATTATAGTCAGAGATGAACTTCAGTGATCTCCTGTCTGTCAGGACTTGTTTTGTGCCACCAGGTAATCCAGGTTGATACTGTGTCTGTAAATCTAATTGTTTATGCTATTTTTCAGGATTTGTTTCCTGGTTAGTACTCTACCTAGTTTTGTTTTACATTATGGAAAATAGGAATATGAAATCAGTATTATTTTGGTACTTTCGATATCTTGCTTTGATTCTCAGTGTTTATATCTAAGAAATAGGAAGTGTATTTTATATGTATTTATTACAATTACACTCTCCTAGAAAATGGCCGTTTGTGTTTGTCTTTGTCATCATTTCTGTGGCTTTGATAAGACACCATTACCAAAAGCCGCTTGGGAGGGAAGGGTTTCAGTGTACAGTTCCACATTACAGTGTGGCGCTGAGGGAAGTCAGAGCAAGGACTCAAACAGAGCGGGGACAAGGAGACAGGAAAGGCCCGTGCAGTGTCCAGCTTACTGGCTTGTTCCTCGCTGCCTGTTCAGCCTGCTCTCATACACACTCCAGGACCACCACTACTGGACCGGGCTCCCATATCAGTCATCAGGCATGAAGATGCCCCCTGTGTTTATTCACAAGCCAGTCTTACAGAGCTGTTTCTCACTGAGGGTCCCTCCTCTCTAAAGATTCTAGCTTCTGTCTAGTTGACAAAAAAGAACAAAAAGAAATTGTCAGCGTGGTTATTTTTTTTTTTTCATTAGAGTTAGAGTTTCTAACTTAAATTGTATCTCACTTTCACATATCTTTTCCTGAAAGTATAATTTTTTATACCATAATTATGGTCATGTCAGTTCACTTTGGCCCATTACTTCATGGTGTTTAGCATACCTGAATCCTTACATCTAAATGAGTCTCCTATGTTACAGCATTATTTTCTTTTGTTTTTATGTATGCACTAGTAATCTCTAGTTCATACACATTTTCTTTATACTTACATTTCTCTTTCCTGCAATAGTATTGATAACACAGCTGCTTTGTTTAGATTGTGTCAGTGTATATTAACAGGTTTATAGTTAAGCTTTTGCTTTTGTCTTTTAAATTCTATTCCGAAGTTAAAAGTGTGTTGTGCATCCTCGTAAGTCCGTGGAACTTGATTACTCCGTTTGATTTTCCATAGAGCTTTATGGTTTTATTATTTGTGTTGCCTCATGGTTGTGGGGAAGTCTCGTGGTAATGGTCATTTACAGTGTATATGCCTGTATTTTTCCTTGACTTTGAAGAGTGGGCTGGCTGGGTATAGTATGTTTTAGACTTTGTTCCTTCAGCACGTTCACTGTGTCCTTCATCTTATGTCTGGATTGCAATGCTTTATTTAAGAGCTCCGCTGAGGTCACATTAGAGCATTGTAGAGAGGCCACATCACATTTACTGCTCTCAAGGTTACCTCTGTGACTTGTGAAACAGAGTCTAATGCATGGGGCATTTTTACTCCTTATCTCTCAGCATGTAGCAACTAATTAAGGTGCTTAAATTCTGATGTTTTTCTTCATCATATTTCTTGTTTTCCACCATTATTTCTTACTAAATTCATCACCTATTTTATTTGCTTATAACTGTTTATTTCTTTGTCCATATTCTCATTTTCTTGATTTTAGTATTTTATCATCCATTGTCTTTCAGATGGTTGTTTCTGTGTGTATAATTCATAAATTGGTTTTAAAATGATGGCTTTGCAATATTTTTCATGTTTTTCCCTCTGAGTCACCTCTGTATATTGTGTTAGCATTCGGTGAAATTTGCCCATTAAAAAAGAATCAACAGATTATAACAGGCGTGGGAGGTGATGCATGGCAGCACCTTAAAAACTGAACATGCATTTGTTCCAGCAAAGCCCAACAATAGTAAATCACTCTGTCGATAAGGCCGCCAATAGAGTGTTTATTGCAGCATGATTTAAAGTAGCCAAAATAAAAGTTAATGTCAGTACAAATGCATAAATGTTTCGGGGGTTTAAAAGAGAGCTTAGTATTTAAACCTCTCTTGCTGAGGACCAGTGTGGGTTCCCAGTTCCCACACTGAGCAGCTCACAACTGCCTGTCAGTCTAGTTCCAGAAGGATAGGATGCCTCTGGTATTCACAGGCATCTATACTAACACACGCACACACACACCTCTGGAAATACTTTAAAAAATAAAAAATTTTAAAGATTGTGTGGCCTGTATGCACAGAGGATCATTATTCAGCAATATAAAAAGGAAAATCAAAATCATGTAGTTTTATGCAGCATGGATAAAAATGCAAGACTTAAAATGAAGCCAGTCAGATATAGGAAATGAGCATCCTAATGTGCAGTCTGAAAAGTTAATCTCAGAAATGAAAAGTGAGTACAGGTGGGTGGATGACCGGTGGCTGTCAACTTGGGATTGAGGTAGTACTGGTCAAAGATGAGTATCACTAAAATAAGCAGAAGGCTACTAAACAATTGATGTTTATTAAAGGTCTAGGCTTAATTGAAAAAAACAAGATAGGCATGAGAACATTCAGAATTTTATAGATCATGAGTATATTTAATATCTATTTCTTGAGAATTACTAAAGAAATTGATGGTAACTGTTCAAGTACAAAAATTAAATGATAATGTGTTAAACAGTTTTAGTCATCTCACTATAAATATATACTTCAAAATAGCACACTGTACATGATCATGATAAATAGATTGTTTGTTTTTCAATGAAATCAAACAAACCGAAGTGATTTGGTTTTATATTTAGAATGTTACTTTTTTGTTTTCTGTACAGGATGTCTTCATTCATGCTTTTTTATTATTGAGGACTTCGAAACCTGTCCTTGGGAAACAAACCTGTTATGTGGAGTTATGTGTCCTTATTCAAATTTCATTAGCTAGCATGGGCTCTCTGTCCCTGGTGTCACTTTGGGGTACCAAAAATAGTATTTGCCTTTGGTCTCAGGTTTACAAAACTGTCAGGTAAAATATACCTGGTATCTCCCACTATCTGTCATTGTAGACAGCCAGGTTTCAGACAGGCCCTAAAAAAAAAAGATTCCTCTGTCTCTTTTCTTCCCCCTGATAGAGATGGAGATTTGAATTTTCCTAATTAACTATGCTATATAGAGTAAAGAAGACCTGTGGTTGACAAAAGGAACAAACTTCACTTCCTGATACAGTGAAACTACTTGGCTTTGTGCTTACTTGGGGTACTGTGACTCCTTCCTGGTTATGGGAGGGTGTACAAGTTTAATTTTGTCATTAAGGTGTTTTGTTGTTGTTTTTGTTTTTCATTGGGTTTTGGGGTTTTGTTTTTTTTGGTTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTCATCATGGTTTGGTTTGATTTGATTTGGGGGGGGGGGGTTTGTTGCTGGTTGTTTTGTTTGTTTCTTTGTTTTGTTTTTAAGTTAACTTTCAATCTTTTGCTACTATGATTTCTCCAGCTGTTTCCAATATGGAACTCAAGTATAATTTCACATGTATTTATAAACTGTAGTCACTAGCATTTATTTAATTAATTTGCTTGTTTTTATGTATTTCAG
Seq C2 exon
CTCTTTCTCATCATTGTACCCAGAACTTTTCACCAGAACAGATCCTAAAATATTCCTTCACAAAAGGAACTAATGGAAGTTGTGGCCTTAAGAGTTTATACTTAAGGGAAGATTGTATATATATAGATGAGAGTAAAGCCCACCATGGTAGAGATATGCAATGTCTAATTACAAGCAATACCAAAGATGTCATTGACAGCAGAGATCAAGAACACAAAACCGCTCTGACAATAACTCCTGTGAGGCCAGATACTTTGGATGAGCCAAGTATCTATAACTGTAAATATCCACAGGAAAGTTTTCAGCATGACTTAACTTTGAAAGAAAGTTTGGAAGATCTGATAGATGGGTTAATGTTTCACCCAAACAGTTCCATAGATAAAGAATTAAGAAGCAGAGGACTGATATCAACAAGTGATCAAATTGAGACTTTCTATACTGAAAGATCCTTACTCTTCAGTCAGCAAATAGCTATCTCCTATGACCCAAAGCACAATTCTATTGATTATGGATTGCCTGCTATTGATCCATTATCACATAGCCCAAATGGCGATACAGATGTGTGGGAAAGCCCTTTCATGTATAAGGAAACTAGCAAAGATTTTAGTAGTGAATCTTTACTAAATAACTGCAATGATATTATCTTAGAGAAATCTAGTCAGTATAACAAAATATGTAACGACTTTGACCATTGCTCAAGTCCCAACAAATATCAGTATACTCTTCCAAAGAAGCCTTTCAATTGTGATAATTTCTTTACTCAATGTTCAAAGCTTTCTATCCATCAATATGTTCAAGATAATTGTTACAAGAGTATCGATTGTGACACAATGTTTAATAAAACTTTAAATGTTATTACACATAAAATTCAGCATTCCCAGAAATCCTACAAATGTAATGAATGTGGCAAAGCCTTTAAATATTGCTCAAGTTACAGAAAACACAGAATAATTCACACAGGAGAAAAACCCTTCAAATGTAAAGTATGTGGAAAATCCTTTACCCAATGTGCAAGCCTTAAAAAACATCAGAGAATCCACACAGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAGAAGCTTTAACCACTACTCAATTCTTGGTCAGCACCAGAGGATTCATACAGGAGAGAAACCCTACAAGTGTAAACAGTGTGGGAAATCCTTTACTCAATGTTCAAGCCTTCAGAAACACCAAGTAATCCACACTGGAGAGAAGCCCTTCAGATGTGCAGAATGTGGCAAATCCTTTACGCAAAACTCAACCCTTAGTCAACACCAGAGAATTCATACTGGAGAAAAACCTTACAAATGTGAACAGTGTGGAAAGGCCTTTACCCAATGTTCAAGCCTTAGAAAACACCAGAGAATTCACACTGGAGAGAAACCCTACAAATGTGAAGAATGTGGCAGAGCCTTTAACTGCCGTTCATCTTTTACTAAACAC
VastDB Features
Vast-tools module Information
Secondary ID
ENSRNOG00000004268:ENSRNOT00000005648:2
Average complexity
IR
Mappability confidence:
NA
Protein Impact
ORF disruption upon sequence inclusion
No structure available
Features
Disorder rate (Iupred):
C1=0.000 A=NA C2=0.037
Domain overlap (PFAM):
C1:
PF0135222=KRAB=WD(100=95.3)
A:
NA
C2:
PF0135222=KRAB=PD(0.1=0.0),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.4),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.6),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8),PF134651=zf-H2C2_2=WD(100=4.8)
Main Inclusion Isoform:
NA
Other Inclusion Isoforms:
NA
Associated events
Conservation
Zebrafish
(danRer10)
No conservation detected
Fruitfly
(dm6)
No conservation detected
Primers PCR
Suggestions for RT-PCR validation
F:
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R:
No suggested primer sequences
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INCLUSION PATTERN[edit]